Penny Parker le pide a MacGyver que le acompañe a inspeccionar una vieja casa que heredó de su casa, un domicilio aparentemente embrujado.

MacGyver regresa a su ciudad natal y le atormentan los recuerdos de un accidente de tiro de cuando era niño. Mientras él está allí, ayuda a dos adolescentes a luchar contra los traficantes de drogas locales.

En medio de la nada, MacGyver se ve involucrado en un accidente de coche. Por suerte, le encuentra una familia Amish y le ayudar a recuperarse. MacGyver decide ayudar a la comunidad Amish para hacer frente a un equipo de construcción que pretende obligarles a abandonar su tierra.

Pete cae preso durante un golpe de estado realizado por los rebeldes en Barraca. MacGyver debe meter en la lista a Jack para que le ayude a rescatar a Pete.

MacGyver se convierte en el conductor de carreras de la Fundación Phoenix cuando este está ciego. Un exrival de MacGyver también participa en la carrera y quiere ganar, a cualquier precio.

MacGyver y Pete van al desierto para perfeccionar sus habilidades de supervivencia. Allí descubren la existencia de un avión de la DEA estrellado y tienen que lidiar con los traficantes de drogas responsables.

Un asesino ha escapado y MacGyver tiene que buscarle pero, en realidad, es el peón de un criminal intelectual que todavía se encuentra encerrado y planeando vengarse de la detective que lo encarceló.

Una vez que Jack Dalton encuentra a su madre, a la que no ve desde hace muchos años, descubre que es una fugitiva. La policía, un cazarrecompensas y un corrupto funcionario del gobierno están decididos a ser los primeros en atraparla.

Penny Parker se convierte en la artista principal de un nuevo musical. MacGyver sospecha que puede ser un montaje de su arquienemigo para atraparlo.

Pete está en problemas cuando descubre que el empleado de la Fundación Phoenix que vende información clasificada es su hijo.

El hijo del compañero de trabajo de MacGyver es secuestrado por el padre del niño, que se lo lleva a Canadá. MacGyver debe ir y recuperar al muchacho de la casa del tío del mismo, un poderoso jefe de la mafia.

Ray, un exmiembro de la organización, se mete en problemas con la policía y el dueño de una tienda. Con la ayuda de MacGyver descubre una comunidad racista en el vecindario que rodea al club.

Una prostituta adolescente está tratando de dejar a su proxeneta y volver con su familia. Como MacGyver la ayuda a conseguirlo, ella le reconoce que su padre abusa de ella y la culpa por la muerte de su esposa.

Se sospecha que un avión derribado durante la Segunda Guerra Mundial en el Ártico contiene mucho oro. Un equipo ruso-estadounidense va a recuperar el oro pero está desaparecido y MacGyver piensa que un soldado estadounidense es el responsable del accidente.

MacGyver lleva a un grupo de empleados de la Fundación Phoenix a un viaje recreativo al desierto, pero se entera que alguien del grupo podría ser un criminal que ha escapado.

La ceremonia de entrega de premios, organizada por parte de una nación africana que recibió ayuda de MacGyver y Jack, es el escenario de una trama de asesinato del líder de dicha región con Jack como el asesino involuntario.

MacGyver y Pete Thornton son capturados como rehenes de un grupo de terroristas que pretenden golpear una ciudad con un arma de pulso electromagnético, que paralizaría a toda la ciudad.

MacGyver debe detener a un exmiembro Navy Seal, que una vez salvó su vida, de usar un vial robado de ántrax.

MacGyver, Jack y Pete van a relajarse en una expedición de oro panning. Desafortunadamente, una mujer que formó parte del la vida de MacGyver los acecha y tiene intenciones de asesinarles como plan de venganza.