Penny Parker, eine gute Freundin von Angus MacGyver, hat von ihrer Tante ein altes Haus geerbt. Dort soll es spuken. MacGyver findet im Garten die völlig verweste Leiche von Tante Betsy Parker, die vor 25 Jahren spurlos verschwand. Penny vermutet, sie wurde ermordet. Ein Verdacht, den Macgyver schnell bestätigen kann. Gemeisam mit Penny macht er sich auf die Suche nach Betsys Mörder.

Für ein Jubiläum kehrt MacGyver in seine Heimatstadt zurück. Dort hat er sich vor 25 Jahren mit seinen Kumpeln Neil und Chuck verabredet. Sie wollen sich an dem Ort treffen, an dem ihr Freund Jesse einst tödlich verunglückt ist. MacGyver quält nach wie vor das traumatische Ereignis. Da geraten Neils und Chucks Söhne mit einem Drogenhändler aneinander. Das Drama von einst droht sich zu wiederholen.

Unterwegs nach Pennsylvania verunglückt MacGyver mit seinem Jeep. Eine Religionsgemeinschaft nimmt den Verletzten auf und pflegt ihn gesund. MacGyver zeigt sich erkenntlich. Die Gemeinde nämlich soll einer neuen Straße weichen. Als die kleine Tochter des leitenden Ingenieurs in einen Brunnenschacht stürzt, schlägt MacGyvers Stunde.

Rebellen haben Pete Thornton in Mittelamerika in ihre Gewalt gebracht. Von mitinhaftierten Nonnen erfährt er, dass Rebellenführer Rafael ein Attentat auf Präsident Monteyo plant. Inzwischen erhält MacGyver den Auftrag, Pete zu befreien. Pilot Jack Dalton soll ihm bei dieser brandgefährlichen Aktion helfen. Als Waffenhändler getarnt machen sie sich auf den Weg.

Die Phoenix Foundation will ihr neues Baby, einen Automotor aus Kunststoff, beim nächsten Rennen einsetzen. MacGyver soll damit als erster über die Ziellinie fahren. Das aber will Kontrahent Mr. Strickland verhindern. Der Geschäftsmann braucht den Sieg, um seinen drohenden Konkurs abzuwenden. Kurzerhand macht er sich an den Bremsleitungen seines Gegners zu schaffen.

Frauenmörder Eric Cross flieht aus einer psychiatrischen Anstalt. MacGyver wird einer Sonderkommission der Polizei zugeteilt und trifft auf seinen alten Widersacher Lieutenant Murphy. Zur Zusammenarbeit verdonnert finden die beiden heraus, dass Genforscher Dr. Zito Cross bei der Flucht geholfen haben muss. MacGyer entdeckt: Cross ist eine Marionette des psychopathischen Forschers.

Jack Dalton hält MacGyver mal wieder in Atem. Jack hat seine Mutter Francine aufgespürt, die ihn als Kind zur Adoption freigegeben hatte. Gemeinsam mit ihrem Boss Bandel ist Francine des Börsenschwindels angeklagt. Aber sie besitzt Beweise, die sie ent- und Bandel belasten. Der lässt Jack kidnappen, um seine Mutter unter Druck zu setzen. Und hier kommt MacGyver ins Spiel.

Penny Parker, eine gute Freundin von Angus MacGyver, wurde für ein Rock-Musical gecastet. Sie soll die Hauptrolle spielen. Bei den Proben aber ereignen sich einige mysteriöse Vorfälle. Penny wird beinahe von einem herabstürzenden Bühnenbild erschlagen. MacGyver zögert keine Sekunde und geht der Sache nach.

Dave Edwards, ein Computer-Ingenieur der Phoenix Foundation, wurde ermordet. Zuletzt hatte er an einem streng geheimen Regierungsprojekt gearbeitet, an dem Bau eines Radarabwehrsatelliten. MacGyver geht der Sache nach und entdeckt, dass Thorntons Sohn Michael in die Sache verstrickt ist.

MacGyver muss den Sohn seiner Mitarbeiterin retten: Mary Ruth hat bei ihrer Scheidung das Sorgerecht für den achtjährigen Tommy zugesprochen bekommen. Damit konnte sich ihr Exmann nicht abfinden und kidnappte seinen Sohn. Das tat er mit Hilfe seines Onkels, eines mächtigen Mafia-Bosses. MacGyver nimmt es mit dem Gangsterkönig auf.

Hin und wieder hilft MacGyver in einem Jungendclub aus. Booker Wilson und seine Frau Cynthia betreuen hier drogengefährdete schwarze Kids. Einer von ihnen, Roy, soll einen Lkw gestohlen haben. Der Diebstahl ist Wasser auf die Mühlen der Stadtväter und -mütter, denen das Zentrum ein Dorn im Auge ist. MacGyver versucht die Wahrheit ans Licht zu bringen.

Bei einem Kongress lernt MacGyver ein junges Mädchen, Jennifer, kennen. Die Minderjährige wird offenbar von einem Zuhälter zur Prostitution gezwungen. MacGyver nimmt die Ausreißerin auf und benachrichtigt ihren Vater. Der aber verliert beim Anblick seiner Tochter die Beherrschung und schlägt zu. Tief verletzt nimmt Jennifer wieder Reißaus. MacGyver jagt ihr hinterher.

Ein russisches Flugzeug wird entdeckt, das 45 Jahre zuvor mit einer Ladung Gold im Wert von 100 Millionen Dollar über der Arktis abgestürzt ist. MacGyver ist Teilnehmer einer sowjetisch-amerikanischen Expedition, die den gewaltigen Schatz bergen soll. An der Absturzstelle findet er Beweise, dass der Absturz kein Unglück, sondern Sabotage war. Kurz darauf ist ein Schatzsucher tot.

Die Phoenix Foundation schickt fünf ihrer Leute zum Wandern. Stressabbau steht auf dem Programm. Unter ihnen auch Angus MacGyver. Die ruhigen Tage in der Natur werden jedoch von Mördern gestört, die bei einem Gefangenentransport türmen konnten. Drei von MacGyvers Kollegen fallen ihnen zum Opfer.

Der Präsident von Kimbala kommt. Thornton ist für die Sicherheit des Staatsgastes verantwortlich. Der soll am Abend Angus MacGyver und Jack Dalton einen Orden überreichen. Nachts zuvor aber wird Dalton von der Polizei schlafwandelnd aufgegriffen. Mit Hilfe einer Psychologin findet MacGyver heraus: Dalton wurde einer Gehirnwäsche unterzogen. Und er ist nicht der einzige.

MacGyver und Freund Pete Thornton geht auf einer Heimfahrt der Sprit aus. Prompt bringen vier Terroristen die beiden Agenten in ihre Gewalt. Die wollen die ganze Stadt lahmlegen, wenn ihr Boss, der Ermittlern ins Netz ging, nicht freigelassen wird. MacGyver glaubt, dass die Terroristen eine neue, streng geheime Superwaffe des Militärs in Händen halten. Die gilt es auszuschalten.

Steve Morrison, ein pensionierter Agent, will sich an seinem ehemaligen Arbeitgeber, der Phoenix Foundation, rächen. Verbündete sind schnell gefunden: Im Auftrag mächtiger Dunkelmänner stiehlt Steve eine Ampulle höchst gefährlicher Milzbranderreger aus US-Beständen. Die Tat bleibt nicht unentdeckt und MacGyver schaltet sich ein. Er muss unter allen Umständen verhindern, dass die Substanz das Land verlässt.

MacGyver, Thornton und Dalton machen ein paar Tage Urlaub in der Wildnis. Dalton ist ganz besessen von der Idee, beim Goldwaschen reich zu werden. Da wird Thornton von einem Maskierten entführt. Dalton soll Hilfe holen, während MacGyver hinter dem Kidnapper herjagt. Aber auch Dalton geht dem Unbekannten ins Netz. MacGyver ist auf sich gestellt.