MacGyver accompagna l'amica Penny Parker ad una casa ricevuta da lei in eredità da sua zia Betty. Si scoprirà che la zia Betty era scomparsa nel 1958 e non fu mai ritrovata. Dopo strani avvenimenti e dopo aver ritrovato lo scheletro di Betty, strani avvenimenti costringeranno MacGyver e Penny ad indagare.

MacGyver torna nella cittadina dov'è cresciuto e incontra i suoi vecchi amici d'infanzia. Ma poi dovrà vedersela con i problemi di droga della cittadina. Infatti molti giovani la spacciano e ne fanno uso, tra questi anche i figli dei suoi amici. MacGyver dovrà salvarli, convincere i ragazzi che la droga non è la giusta strada e affrontare vecchi e dolorosi ricordi del passato.

MacGyver deve aiutare una famiglia Hamish, che gli ha salvato la vita, a difendersi da chi ll vuole espropriare la fattoria.

MacGyver è impegnato a salvare l'amico Peter Thornton e una suora da dei ribelli dell'America Centrale che li tengono prigionieri.

MacGyver deve testare un nuovo motore ecologico prodotto dalla Phoenix Foundation per la vettura del proprio team automobilistico. Il pilota del team, amico di MacGyver si fa male e "Mac" accetta a malincuore di sostituirlo nella corsa. Ma dei loschi individui spinti dai propri interessi metteranno i bastoni tra le ruote a MacGyver.

MacGyver deve esaminare l'amico e capo Pete Thornton in un corso di sopravvivenza e indicare se ha l'idonietà per continuare il lavoro alla Phoenix Foundation. Si imbatteranno in due spacciatori di droga armati.

MacGyver dovrà vedersela con un evaso psicopatico. Scoprirà che a tirare le fila c'è un altro criminale che ha convinto l'evaso a ricreare una procedura mistica vichinga e così uccidere la ispettore della omicidi che l'aveva imprigionato.

MacGyver aiuta l'amico Jack Dalton a ritrovare sua madre, ma dovrà vedersela con le cattive amicizie di quest'ultima.

MacGyver è invitato dall'amica Penny Parker alle prove di un musical dov'è protagonista, ma dovrà vedersela con il vecchio nemico Murdoc. Dopo aver superato una trappola tesagli da quest'ultimo, riesce a salvare Penny e l'amico Peter Thornton. Crede di aver eliminato per sempre Murdoc, ma poi si scopre che questi riuscito a scappare di nuovo.

Il figlio di Peter Thornton, Michael, torna a lavorare per la Phoenix Foundation, ma in realtà lavora per il pericoloso criminale "Papillon". MacGyver dovrà salvare Michael da Papillon e catturare quest'ultimo.

MacGyver deve aiutare un'amica a recuperare il figlio rapitole dall'ex-marito, il cui zio è un boss mafioso italo-americano. Dovrà quindi recarsi nel ranch canadese del boss per salvare il ragazzino.

MacGyver collabora in un centro di recupero per giovani. Un ex membro di una banda di teppisti, che ora frequenta il centro, viene incastrato per un furto. Il direttore del centro, amico di MacGyver, indaga per difenderlo, e viene ucciso.

MacGyver aiuta una giovanissima prostituta a liberarsi del protettore e riavvicinarsi al padre.

Circolo polare artico 1944. Un aereo con equipaggio russo e americano e 500 lingotti d'oro a bordo è costretto ad un atterraggio di fortuna. Anni dopo MacGyver dovrà guidare la missione di recupero di quell'oro.

Gli amici di MacGyver, Pete Thornton e Jack Dalton, subiscono un lavaggio del cervello e vengono programmati per commettere l'assassinio di un presidente africano in visita nella loro città. MacGyver dovrà trovare la parola chiave e catturare i cospiratori.

Un gruppo di terroristi ruba un'apparecchiatura che produce onde elettromagnetiche e minaccia di mandare la città nel caos. Ma trovano MacGyver e Peter Thornton sulla loro strada.

Steve, un marine che aveva salvato la vita a MacGyver restando gravemente ferito con danni cerebrali, viene congedato perché inabile. Decide allora di rubare dai laboratori Phoenix un campione di antrace, da vendere a dei terroristi. Toccherà a MacGyver salvarlo e recuperare l'antrace.

Jack Dalton convince i suoi amici MacGyver e Peter Thornton a seguirlo nella ricerca di un filone d'oro. Mentre ricordano i vecchi tempi, un killer cattura prima Pete, poi Jack. MacGyver cerca quindi di salvare i suoi amici e catturare il criminale, che si rivelerà una vecchia conoscenza.