Lors de l'installation d'un système de sécurité pour une galerie d'art d’œuvres chinoises, MacGyver rencontre Lisa, un ancien amour qu'il croyait disparu. Elle demande à MacGyver de l'aider, elle et son mari, à passer à l'Ouest.

A la demande d'agents du KGB, MacGyver doit voler un objet d'art chinois de grande valeur. C'est la rançon qui est exigée contre la vie de son amie Lisa. Mais à la suite de la trahison de cette dernière, la tête deMacGyver est mise à prix.

Lors d'une excursion dans les contrées désertiques du Nord, MacGyver secoure une fillette effrayée et seule, à bord d'un bateau mystérieusement abandonné. Il découvre dans le même temps une opération secrète, mise au point dans le but de piller les réserves de pétrole d'un pipeline.

Danny Barett a été tué parce qu'il tentait de dévoiler une opération de contrebande de diamants. MacGyver et la soeur de Danny suspectent un attaché culturel, l'Emir Sumal, de se cacher derrière son immunité diplomatique pour diriger ce trafic.

MacGyver et Nikki Carpenter sont envoyés en Allemagne de l'Est pour empêcher les Russes de retrouver, avant eux, les restes d'un avion expérimental Top Secret. Arrivés sur les lieux, ils constatent que les Russes fouillent déjà les décombres du jet...

Répondant à l'appel de son ami, Jack Dalton, MacGyver se rend en Arkansas. Là, il doit affronter les autorités locales, qui veulent se servir d'eux pour retrouver le butin caché d'un cambriolage de banque.

Lors d'une randonnée en montagne, MacGyver retrouve son pire ennemi, Murdoc, toujours vivant, et bien décidé à se venger. Il se sert de Nikki Carpenter pour attirer MacGyver.

MacGyver retrouve David Ryman, le fils de son ancien professeur de physique, en compétition avec trois autres étudiants sur un projet scientifique. A l'annonce des résultats, MacGyver enquête...

Des terroristes internationaux menacent de bombarder la ville si leur leader n'est pas relâché. MacGyver découvre que Nikki est liée, d'une étrange manière, à ces terroristes...

Un satellite contenant les restes d'une expérience biologique s'est écrasé, détruisant toute la faune alentour. MacGyver essaye de stopper une scientifique désireuse de poursuivre des expériences néfastes à l'environnement.

A la suite d'un incident survenu lors d'une opération de démantèlement d'une tête nucléaire, Pete décide de démissionner. MacGyver soupçonne le nouveau directeur de l'agence Phoenix de comploter contre un leader politique.

De retour au Minnesota, MacGyver tente d'aider un jeune hockeyeur prometteur à réintégrer sa place au sein de l'équipe nationale. L'agressivité de Derek sur la glace l'empêche d'aller au bout de ses capacités.

Jack Dalton entraîne une fois de plus son ami MacGyver dans une folle aventure qui les mène en France. Ils se retrouvent accusés de complicité dans une affaire internationale de bijoux volés.

MacGyver empêche la construction d'une marina qui pourrait être néfaste à l'environnement. Il devient dès lors la cible d'un tueur, qui commence par le rendre temporairement aveugle, afin de le piéger plus facilement.

Toberman est le témoin des agissements d'une entreprise déversant des produits toxiques dans un fleuve. Toberman accepte de témoigner mais l'entreprise tente de le discréditer en se servant de son passé au Vietnam.

MacGyver et Jack ont promis à un vieil indien de le ramener sur la terre de ses ancêtres pour qu'il communie avec l'esprit du loup, une dernière fois. Deux malfaiteurs le kidnappent, espérant qu'il va les conduire à l'endroit où est caché un masque légendaire de grande valeur.

Un bébé, abandonné dans le hangar de Jack, laisse supposer qu'il en est le père. Mais Jack découvre une liasse de faux billets au fond du couffin. MacGyver va l'aider à retrouver la mère et éclaircir cette histoire.

MacGyver rend visite à Karen, un ancien amour, et apprend qu'elle est maintenant la gardienne d'un parc national. Découvrant le cadavre d'un grizzly, Mac se retrouve au centre d'un trafic d'animaux.

Des menaces de mort pèsent sur le directeur d'une entreprise internationale de transport maritime. MacGyver et Pete se chargent de retrouver son unique héritier, un garçon de 14 ans qui n'a jamais vu son grand-père.