Als MacGyver mit Pete Thornton die Sicherheitsmaßnahmen für ein chinesisches Artefakt von unschätzbarem Wert überprüft, trifft er auch seine alte Liebe Lisa Kohler wieder. Er dachte, sie sei seit einem missglückten Einsatz tot. Sie ist mit dem Ex-KGB Agenten Major Nikolai Kosoff verheiratet und mit der sowjetischen Kulturdelegation in die USA gekommen. Lisa bittet MacGyver, ihr und ihrem Mann zu helfen, sich abzusetzen. Doch ihr sorgfältig ausgetüftelter Plan schlägt fehl. Ihr Mann wird von sowjetischen Agenten überwältigt. Nicht lange, und auch MacGyver und Lisa selbst werden von General Racoubian, dem sowjetischen Delegationsleiter, gestellt. Er verlangt einen hohen Preis für Lisas Freiheit …

Um Lisa und Kosoff freizubekommen, hat MacGyver zusammen mit seinem Freund Jack Dalton einen kostbaren Ming-Drachen gestohlen. Nachts auf einem weitläufigen Werksgelände soll der Austausch stattfinden. General Racoubian hat MacGyver zwar erzählt, dass Kosoff bei einem Fluchtversuch ums Leben gekommen sei. Aber Lisa ist sich sicher, dass ihr Mann noch am Leben ist. Bei dem Versuch, auch ihn zu befreien, geraten MacGyver und Dalton in eine tödliche Falle …

In einer kleinen Bucht in der abgelegenen Wildnis Alaskas entdeckt MacGyver ein scheinbar verlassenes Schiff. Als er an Bord geht, wird er von einem riesigen, behaarten Ungeheuer angegriffen. Auf der Flucht trifft er Karin, die sich als blinder Passagier auf dem Schiff versteckt hat, um ihren Vater in Alaska zu treffen. Sie berichtet, dass das Monster die ganze Besatzung getötet habe. Bevor er sie in Sicherheit bringen kann, entdecken sie eine Handvoll Männer, die eine Pipeline anzapfen und Rohöl stehlen wollen.

Danny Barrett, ein Freund von MacGyver, wird getötet, nachdem er kurz davor stand, einen ausgeklügelten Juwelenraub aufzuklären. MacGyver schwört, den Fall zu lösen und seinen Freund zu rächen. Gemeinsam mit Dannys Schwester, Nikki Carpenter, tüftelt er einen Plan aus, um Amir Sumal, den Kulturattaché einer ausländischen Botschaft, zu überführen. Sie vermuten, dass sich Sumal hinter seiner diplomatischen Immunität versteckt, um nicht angeklagt werden zu können und die Beute sicher zu verwahren.

Ein streng geheimes Experimentalflugzeug ist hinter der DDR-Grenze abgestürzt. MacGyver und Nikki Carpenter werden hinter den Eisernen Vorhang geschickt, um das Wrack zu lokalisieren und zu zerstören, bevor die Russen es finden. Sie kommen an der Absturzstelle an, aber die Sowjets durchforsten auch schon die Gegend nach den Trümmern. Ihre Probleme werden noch größer, als Peter Starkoss, ein Hellseher, der die russischen Soldaten mithilfe seiner medialen Kräfte zum Flugzeugwrack geführt hat, sich an sie wendet. Er bittet um MacGyvers Hilfe, denn er möchte in den Westen fliehen. Nun muss MacGyver einen Weg finden, seinen Auftrag auszuführen und sie alle drei sicher zurück in den Westen zu bringen …

MacGyver fährt hinunter nach Arkansas, nachdem er eine unheilvolle Nachricht von seinem Freund Jack Dalton bekommen hat, dass er wieder einmal in Schwierigkeiten steckt. Jack ist verhaftet und in ein Arbeitslager eingeliefert worden. Schon kurze Zeit später sitzt auch MacGyver hinter Gittern, weil er sich auf der Suche nach Jack mit dem Sheriff angelegt hat. Im Gefängnis erfährt er dann von seinem Freund, dass er sich absichtlich hat verhaften lassen, weil in der Mine des Arbeitslagers die Millionen-Beute aus einem Bankraub versteckt sein soll. Recht schnell wird klar, dass auch die lokalen Autoritäten auf der Suche nach dem Geld sind und die Gefangenen dazu benutzen, um nach dem Schatz zu graben …

Top-Agent Angus MacGyver hat ein kleines Handicap: Höhenangst. Um die endlich zu überwinden, lässt sich MacGyver zu einer Klettertour mit einer Freundin, Mike, überreden. Die gesteht ihm unterwegs, dass sie mehr für ihn empfindet, als Freundschaft. MacGyver kann ihre Gefühle jedoch nicht erwidern. Kurz darauf stürzt die junge Frau ab. MacGyver ist auf sich gestellt.

Es ist ein etwas anderes Homecoming für MacGyver: Er ist von seinem Mentor Professor Julian Ryman gebeten worden, an seiner alten Universität als Schiedsrichter bei einem sogenannten Hinderniswettbewerb zu fungieren. Die vier besten Physikstudenten haben dabei ihr Zimmer so zu verbarrikadieren, dass es nur mit Scharfsinn und Witz gelingt, die Tür aufzubekommen. Der Druck auf die vier Finalisten ist hoch – besonders für Rymans Sohn David, der unbedingt gewinnen will, um endlich von seinem Vater anerkannt zu werden.

Erst wird MacGyvers neuer Kollegin Nikki Carpenter die Brieftasche gestohlen, dann wird sie Opfer eines Mordversuchs. Nur langsam erkennt MacGyver, dass hinter beiden Straftaten die gleichen Terroristen stecken, die gerade ein Postamt in die Luft gesprengt haben. Mit knapper Not gelingt es ihm, das nächste Bombenattentat auf das Justizgebäude zu verhindern.

Ein Satellit ist abgestürzt. MacGyver soll aus den Trümmern eine Kapsel mit Bakterienkulturen bergen. Die war von der Wissenschaftlerin Sandra Milhouse heimlich ins All geschickt worden. Das dürfte bald auffliegen. Denn an der Absturzstelle sind bereist 900 Schafe verendet. Peter Thronton ordnet an, dass die Kapsel sofort zerstört wird. Das aber will Sandra unbedingt verhindern.

Thornton, Leiter der Phoenix Foundation, wird Sicherheitschef für den bevorstehenden Staatsbesuch von Präsident Amundy. Zuvor aber soll er die Entschärfung einer Atombombe überwachen. Als dabei etwas schief geht, lässt Thornton sich pensionieren. Sein Nachfolger wird der fanatische Terroristenjäger Webber. MacGyver schöpft Verdacht: Sabotierte Webber Thornton, um an seinen Job heranzukommen?

MacGyver erklärt sich bereit, vertretungsweise, die Eiskockeymannschaft seines alten Colleges zu trainieren. Das Team hat gute Erfolgshancen und mit Derek Kirby einen begabten Spieler. Doch Derek ist bekannt für seine harten Aktionen. Erst als er einen gegnerischen Spieler verletzt, sieht er ein, dass er mit fairem Spiel weiter kommt. Der Erfolg gibt ihm schließlich Recht.

Jack und MacGyver fliegen die reiche Erbin Elena und ihre für 32 Millionen Dollar neu erworbenen Juwelen nach Toulon. Bei der Ankunft stellen sie fest, dass die Juwelen zwar echt sind, nicht aber die vermeintliche Erbin.

MacGyvers Untersuchungen über den Bau eines Yachthafens in einem Naturschutzgebiet haben ergeben, dass eine Umweltkatastrophe eintreten würde. Als er sich in seinem Urteil nicht umstimmen lässt, setzen die Fanziers des Bauprojekt, die schöne Profikillerin Deborah auf ihn an. Selbst MacGyver kann ihren Reizen nicht widerstehen.

MacGyver ist mal wieder in Sachen Umweltschutz unterwegs. Während er Wasserproben nimmt, stößt er auf einen Einsiedler. Dessen Hund ist nach dem Genuss von Quellwasser verendet. MacGyver findet bald den Schuldigen: eine Giftmüllentsorgungssfirma. In einer dramatischen Aktion macht er die Umweltsünder unschädlich.

Bei seinem Freund Jack Dalton lernt MacGyver den alten Indianer Two Eagles kennen. Two Eagles möchte, dass Dalton ihn zu einer Höhle begleitet, in der die Indianer früher ihre Zeremonien abgehalten haben. Auf dem Weg dorthin wird der Indianer von zwei Ganoven entführt. Denn er weiß, wo sich die sagenumwobene und wertvolle Wolfsmaske befindet. MacGyver und Dalton nehmen die Verfolgung auf.

MacGyver hilft seinem Freund Jack bei der Reparatur eines alte Flugzeugs. An Bord entdecken die beiden Männer ein Baby mit einer Nachricht von Jacks Exfreundin Katie: das Kind sei Jacks Sohn und er solle sich jetzt um ihn kümmern. Als Mitgift findet sich ein Bündel Hundert-Dollar-Scheine. Die aber entpuppen sich als Falschgeld, hinter dem skrupellose Gangster her sind.

Karen, eine alte Bekannte MacGyvers, ist Ranger in einem Naturschutzgebiet. Bei ihr will sich der Agent ein paar Tage ausspannen. Doch daraus wird nichts. Zwei Wilderer machen ihm einen Strich durch die Rechnung. Gemeinsam mit Karen versucht er, denen das Handwerk zu legen. Doch die drehen den Spieß einfach um und machen Jagd auf Karen und MacGyver.

Mr. Chung bittet die Phoenix Foundation um Hilfe. Er fürchtet, dass seine international operierende Firma demnächst von einem Kartell aus Tokio geschluckt werden könnte. Unterwegs zu einem Treffen mit MacGyver wird Chung bei einem Bombenattentat schwer verletzt. Er fleht MacGyver an, der Agent möge seinen Enkel, den Erben des Imperiums, schützen.