MacGyver se rend dans un laboratoire de recherches top-secrètes pour y tester le nouveau système de sécurité, assisté entièrement par ordinateur. Mais le système se dérègle et devient autonome, piégeant sa créatrice, Jill Ludlum, et MacGyver.

Après avoir réussi brillamment sa dernière mission, MacGyver en profite pour jouer au hockey avec des professionnels. Mais Pete vient lui demander de résoudre une affaire d'espionnage international, sur laquelle il devra s'associer avec un ancien arnaqueur, Jimmy Kendall, dit "le liquidateur".

MacGyver, Pete et Joanne Remmings, une experte de la fondation Phénix, préparent une opération. Ils vont tenter de soutirer de l'argent à un arnaqueur qui avait lui-même abusé de la confiance d'un de leur ami et collègue en lui dérobant toutes ses économies.

Paul Chan est le fils, âgé de 14 ans, d'un ami de MacGyver. Pour le sauver du destin inquiétant que lui réserve une légende vieille de quelques centaines d'années, MacGyver doit faire face à de dangereux Chinois et de puissantes superstitions.

Pete demande à MacGyver d'accompagner des adolescents lors d'une randonnée dans un coin sauvage et désertique. Il est chargé de surveiller quatre chefs de bande qui essayent de se démarquer du groupe. Mais lors du retour, leur avion s'écrase.

MacGyver accepte d'aider son ami, Jack Dalton, et l'accompagne pour une mission de sauvetage en Amérique Centrale. Arrivé sur place, il a la surprise de découvrir qu'il doit libérer Michelle Foster, une ancienne amie, prisonnière d'officiers de police corrompus.

Une ancienne amie de Pete, la soeur Margaret Parnell, et un ancien amour de MacGyver, Debra Easton, sont sur la liste noire d'un régime oppressif d'Asie du Sud- Est. Pete et MacGyver décident de s'y rendre et traversent secrètement les frontières thaïlandaises afin de sauver les deux femmes et les jeunes orphelins dont elles s'occupent.

Un professeur d'école fait des cauchemars sur MacGyver et lorsqu'une partie de ces rêves se réalise, Pete et MacGyver décident d'enquêter. Ils découvrent que des anciens agents de la CIA ont monté un marché noir de pièces de missiles volées.

MacGyver suit les informations de son indic et se rend dans une petite ville du sud-est pour enquêter sur une organisation du crime. Il se retrouve associé à un couple de personnes âgées, qui est entré en possession de faux billets fabriqués par l'organisation, et maintenant pour chassé par eux.

MacGyver et son grand-père se rendent à la fondation Phoenix un dimanche soir pour récupérer les billets d'un match de hockey oubliés sur le bureau de Mac. Ils se retrouvent piégés à l'intérieur du bâtiment par un groupe de terroristes qui prévoit d'y faire exploser une bombe.

MacGyver est le seul espoir de Pete et de sa famille, retenus en otage dans les marécages de la Louisiane. Leur tortionnaire est l'ancien agent Franck Bonner, qui souhaite prendre sa revanche sur Pete, qu'il considère comme responsable de la mort de sa femme et de son fils.

La ravissante Penny Parker, en visite chez MacGyver, découvre par hasard une chambre de torture dans le garage d'une maison de banlieue. MacGyver et Pete, eux, tentent d'éclaircir le complot qui se trame contre un informateur, qui menace de mettre à jour un réseau de trafiquants.

Lorsque Elaine Harryman menace son mari de dévoiler son réseau clandestin de criminels, il jure de la réduire au silence. Mais les circonstances amènent Elaine à rencontrer MacGyver, qui décide de la protéger, elle etl'enfant qu'elle porte.

Le lieutenant commandant Nelson enrôle son ami de longue date, MacGyver, afin de lutter contre des voleurs utilisant des tactiques secrètes de l'Armée. Après avoir dérobé quelques pièces d'un trésor du 18ème siècle, les malfaiteurs enlèvent l'archéologue Barbara Ortaga, pour lui soutirer les indications de l'emplacement du reste du trésor.

En vacances avec Pete à la montagne, MacGyver devient porteur, sans le savoir, d'un microfilm contenant des preuves contre une opération illégale de jeu. Les truands prennent Pete en otage dans l'espoir de forcer MacGyver à leur restituer le microfilm.

Jack Dalton est en ville et, comme à son habitude, il s'est mis dans une mauvaise situation. Il travaillait comme messager entre deux agents de la CIA enquêtant sur une taupe et Jay Michaels, le suspect numéro un, a décidé de l'éliminer.

MacGyver et Pete voient leur passé remonter à la surface quand ils se retrouvent pour la seconde fois en face du terrible assassin Murdoc. C'est en le traquant sept ans auparavant que Pete et MacGyver s'étaient rencontrés. Murdoc, que tout le monde croyait mort, est revenu pour se venger.

Le pilote Joe Henderson effectue ses livraisons de routine lorsqu'il s'écrase à San Perez, en Amérique Centrale. Capturé par le gouvernement, il est accusé d'espionnage et menacé de mort. Face à l'incapacité du gouvernement, MacGyver est envoyé là-bas pour le ramener sain et sauf aux USA.

Pete organise une surprise pour l'anniversaire de MacGyver, qui n'est malheureusement pas d'humeur festive. Entouré d'anciens amis, il se remémore sa vie avant d'appartenir à la fondation Phoenix et envisage de démissionner.

MacGyver découvre un complot qui se trame contre les dirigeants de la brigade antiterroriste Omega Force et devient leur cible numéro un. Blessé à la tête par ses poursuivants, il devient amnésique. Pete et les meurtriers se battent pour être les premiers à le retrouver.

MacGyver s'associe avec Diana Rogers pour libérer le dissident Anton Dubcek du service de psychiatrie d'un hôpital tchécoslovaque. Le duo réussit à le faire sortir de cette "prison" de haute sécurité, mais tout se complique lorsque Diana révèle son vrai rôle dans cette mission...