Ο Μαγκάιβερ καλείται από τον στρατό να επανεξετάσει ένα νέο σύστημα ασφαλείας υψηλής τεχνολογίας σε μια από τις βάσεις τους. Επιπλοκές προκύπτουν όταν ο υπολογιστής τον παγιδεύει μέσα και προσπαθεί να τον σκοτώσει.

Έχοντας ολοκληρώσει άψογα την τελευταία του αποστολή, ο Μαγκάιβερ αξιοποιεί την ευκαιρία για να παίξει χόκεϊ με επαγγελματίες. Όμως ο Πιτ του ζητά να λύσει μια διεθνή υπόθεση κατασκοπείας, για την οποία θα πρέπει να συνεργαστεί με έναν πρώην απατεώνα, τον Τζίμι Κένταλ, γνωστό ως "ο εξολοθρευτής".

Ο Μαγκάιβερ, ο Πιτ και μια εμπειρογνώμονας από το Ίδρυμα Φοίνιξ, σχεδιάζουν μια επιχείρηση. Θα προσπαθήσουν να αποσπάσουν χρήματα από έναν απατεώνα, ο οποίος είχε καταχραστεί την εμπιστοσύνη ενός φίλου και συναδέλφου τους, κλέβοντας όλες τις οικονομίες του.

Ένας παλιός φίλος του Μαγκάιβερ, κινεζικής καταγωγής, του ζητά να πάρει τον μικρότερο αδερφό του στην Τσάινα Τάουν. Θα ανακαλύψει ότι το αγόρι, αφελώς, πιστεύει ότι είναι κάποιο είδος θεότητας και ότι μια ομάδα Κινέζων απατεώνων τον χρησιμοποιεί για να εξαπατήσει τον κόσμο.

Ο Μαγκάιβερ συναντά ξανά μετά από χρόνια τον φίλο του Τζακ Ντάλτον, ο οποίος τον πείθει να τον ακολουθήσει σε μια χώρα της Κεντρικής Αμερικής με το πρόσχημα της διάσωσης Αμερικανών βοτανολόγων, αλλά στην πραγματικότητα πρόκειται για κάτι εντελώς διαφορετικό.

Μια καλόγρια και μερικά ορφανά απάγονται από δολοφόνους στρατιώτες στη Νοτιοανατολική Ασία. Ο Πητ και ο Μαγκάιβερ αποφασίζουν να πάνε εκεί διασχίζοντας κρυφά τα σύνορα της Ταϊλάνδης για να τους βοηθήσουν. Επίσης, αποδεικνύεται ότι η βοηθός της καλόγριας είναι πρώην αρραβωνιαστικιά του Μαγκάιβερ...

Ενώ κάνει ανεμοπτερισμό στη Δύση, ο Μαγκάιβερ πέφτει πάνω σε έναν λαθροθήρα που πυροβολεί ένα σπάνιο είδος χρυσαετού. Τώρα, με τη βοήθεια της νέας του φίλης και του γιου της, ο Μαγκάιβερ πρέπει να θεραπεύσει τον αετό και να παγιδεύσει τον λαθροθήρα πριν αυτός σκοτώσει τους τελευταίους αετούς του είδους.

Ένας δάσκαλος βλέπει εφιάλτες με τον Μαγκάιβερ και όταν κάποια από αυτά τα όνειρα γίνονται πραγματικότητα, ο Πιτ και ο Μαγκάιβερ αποφασίζουν να το ερευνήσουν. Ανακαλύπτουν ότι πρώην πράκτορες των μυστικών υπηρεσιών έχουν δημιουργήσει μια μαύρη αγορά κλεμμένων εξαρτημάτων πυραύλων.

Ο Μαγκάιβερ πρόκειται να συναντήσει έναν πληροφοριοδότη, αλλά η συνάντηση πάει στραβά. Η τσάντα του προσγειώνεται κατά λάθος στο αυτοκίνητο ενός ηλικιωμένου ζευγαριού, ενώ ο ηλικιωμένος ηθοποιός ανακαλύπτει ότι είναι γεμάτη χρήματα...

Ενώ βρίσκουν εισιτήρια για έναν αγώνα χόκεϊ στο Ίδρυμα Φοίνιξ, ο Μαγκάιβερ και ο παππούς του βρίσκονται μπλεγμένοι στα σχέδια μιας γυναίκας να ανατινάξει το κτίριο χρησιμοποιώντας μια βόμβα που έφτιαξε η ίδια. Προσπαθούν να δραπετεύσουν, αλλά κλειδώνονται μέσα. Τώρα θα πρέπει να βρουν μια άλλη διέξοδο πριν η βόμβα ενεργοποιηθεί.

Ο Μαγκάιβερ είναι η μόνη ελπίδα για την οικογένεια του Πητ, που κρατούνται όμηροι στον βάλτο της Λουιζιάνα. Απαγωγέας είναι ένας πρώην πράκτορας, ο οποίος θέλει να εκδικηθεί τον Πητ, καθώς τον θεωρεί υπεύθυνο για το θάνατο της γυναίκας και του γιου του.

Ο Μαγκάιβερ βοηθά έναν Ρώσο αποστάτη να ζητήσει άσυλο στις Ηνωμένες Πολιτείες. Εν τω μεταξύ, η Πένυ Πάρκερ, μένοντας στο σπίτι του Μαγκάιβερ για λίγες μέρες, αποκαλύπτει κατά λάθος ένα σχέδιο δολοφονίας ενός ξένου αξιωματούχου.

Είναι τα γενέθλια του Μαγκάιβερ και επιτέλους δίνει στον εαυτό του μια μέρα άδεια. Αποφασίζει να φύγει τα ξημερώματα αλλά σε μια στάση για ανεφοδιασμό, μια έγκυος γυναίκα του ζητά βοήθεια, κυνηγημένη από ένα αυτοκίνητο με δύο ένοπλους.

Πειρατές απαγάγουν μια αρχαιολόγο για να βρουν έναν παλιό θησαυρό που βρίσκεται στον βυθό της θάλασσας. Ο Μαγκάιβερ πρέπει να την βρει και να την σώσει σε έναν απομονωμένο ωκεανό.

Κατά τη διάρκεια των διακοπών του με τον Πητ στα βουνά, ο Μαγκάιβερ γίνεται κατά λάθος μεταφορέας ενός μικροφίλμ που περιέχει αποδεικτικά στοιχεία εναντίον μιας παράνομης επιχείρησης τζόγου. Οι μαφιόζοι παίρνουν όμηρο τον Πητ με την ελπίδα να αναγκάσουν τον Μαγκάιβερ να τους επιστρέψει το μικροφίλμ.

Ενώ ο Μαγκάιβερ βρίσκεται με τον φίλο του Τζακ Ντάλτον, δύο πράκτορες των μυστικών υπηρεσιών έχουν έρθει για να βεβαιωθούν ότι ο Τζακ είναι νεκρός. Ο Μαγκάιβερ διαπιστώνει έκπληκτος ότι υπάρχει σχέδιο δολοφονίας του Τζακ -που δεν είναι νεκρός.

Ο Μαγκάιβερ και ο Πητ αιχμαλωτίζονται από τον Μέρντοκ, έναν επαγγελματία δολοφόνο που αποφασίζει να εκδικηθεί τους δύο στόχους που του είχαν ξεφύγει επτά χρόνια νωρίτερα.

Ένας πιλότος δικάζεται ως πιθανός κατάσκοπος μιας χώρας της Κεντρικής Αμερικής και ο Μαγκάιβερ παίρνει εντολή να πάει εκεί για να τον απελευθερώσει. Τα πράγματα περιπλέκονται όταν ανακαλύπτει ότι η κόρη του κρατούμενου έχει ένα μυστικό.

Ο Πητ οργανώνει μια έκπληξη για τα γενέθλια του Μαγκάιβερ, ο οποίος δυστυχώς δεν έχει καμία εορταστική διάθεση. Περιτριγυρισμένος από παλιούς φίλους, αναπολεί τη ζωή του πριν από την ένταξή του στο Ίδρυμα Φοίνιξ και σκέφτεται να παραιτηθεί.

Ένας τραυματισμός στο κεφάλι προκαλεί αμνησία στον Μαγκάιβερ και τον κάνει να ξεχάσει ότι ανακάλυψε την ύπαρξη μιας βόμβας σε μια κηδεία. Θα καταφέρει να ανακτήσει εγκαίρως τη μνήμη του;

Ο Μαγκάιβερ συνεργάζεται με την Νταϊάνα Ρότζερς για να απελευθερώσουν έναν αντιφρονούντα από την ψυχιατρική πτέρυγα ενός νοσοκομείου της Τσεχοσλοβακίας. Το δίδυμο καταφέρνει να τον βγάλει από τη "φυλακή" ύψιστης ασφαλείας, αλλά τα πράγματα περιπλέκονται όταν η Νταϊάνα αποκαλύπτει τον πραγματικό της ρόλο στην αποστολή...