MacGyver è sulle tracce di un uomo che vende tecnologia americana alla Germania dell'Est, ma anche la mafia è sulle sue tracce...

Un ex-dipendente della Phoenix Foundation tenta il suicidio a causa di una truffa subita in cui ha perso tutti i risparmi di una vita. MacGyver, Torton e una neo-assunta dell'agenzia si attivano per organizzare una truffa ai danni del criminale.

Una vecchia amica di MacGyver, di origini cinesi, gli chiede di andare a prendere il fratello minore a China Town. Scoprirà che il ragazzo, ingenuamente, si crede una sorta di divinità e che un gruppo di criminali cinesi lo stanno usando per truffare altri.

MacGyver accetta la proposta di Torton di fare da tutor ad un gruppo di ragazzi affidati ai servizi sociali in campeggio.

MacGyver rincontra dopo anni l'amico Jack Dalton il quale lo convince a farsi seguire in un paese dell'America Centrale con la scusa di salvare dei botanici americani ma il problema è tutt'altro.

MacGyver e Peter Torton volano in Thailandia per aiutare due volontarie, loro vecchie amiche, da guerriglieri che minacciano le loro vite.

MacGyver è impegnato in una missione per conto della Phoenix al fine di salvaguardare una specie di aquila in via di estinzione.

MacGyver e la Phoenix Foundation partecipano ad un progetto per aiutare bambini sordomuti. L'insegnante di questi fa un sogno in cui vede vari episodi di pericolo tra cui la morte di MacGyver. Questi convince Peter Torton a sottoporre la ragazza ad un esperimento per cercare di rivivere il sogno e comprenderlo meglio poiché con il passare delle ore, MacGyver inizia a convincersi che possa trattarsi di un sogno premonitore.

MacGyver si reca in una località fuori città per incontrare Tony Sullivan, un confidente della Phoenix, che vuole consegnargli qualcosa di non specificato. Nello stesso motel MacGyver fa la conoscenza di una coppia di anziani, la cui auto è stata usata da Sullivan per nascondere una borsa piena di soldi ma una banda criminale è determinata a ritrovare il denaro.

MacGyver e suo nonno si incontrano per andare insieme ad una partita di hockey. Purtroppo Mac ha dimenticato i biglietti alla Phoenix Foundation e quindi prima di andare allo stadio vi si recano. Nella stessa serata purtroppo un gruppo di terroristi è deciso a far saltare in aria l'intero palazzo. Comincerà una caccia all'uomo in giro per i numerosi piani e uffici della Phoenix.

L'ex moglie di Peter Torton e suo figlio, vengono rapiti da un gruppo di terroristi. A peter viene recapitato un video-messaggio in cui chiedono di vederlo nel bel mezzo di una palude. MacGyver si attiva in suo aiuto e di nascosto seguirà i rapitori che nel frattempo hanno preso Peter Torton addentrandosi nella giungla.

MacGyver, di ritorno dalla Siberia per liberare un prigioniero politico, scopre che Penny Parker si è introdotta in casa sua strappando ospitalità. Successivamente, Penny si trova testimone di una scena criminale all'interno di un'abitazione: degli uomini tengono legato un prigioniero sottoponendolo a torture perché confessi qualche segreto.

È il compleanno di MacGyver e finalmente si regala una giornata libera. Decide di partire all'alba ma durante una sosta per rifornimento, una donna incinta gli chiede aiuto, rincorsa da un'auto con due uomini armati.

La Phoenix Foundation viene convocata dal Comando della Marina poiché si stanno verificando numerosi furti di reperti archeologici con tecniche d'assalto alle barche riconducibili a quelle dei Navy Seal.

MacGyver e Peter Torton sono in vacanza presso un impianto sciistico. Tra una discesa e l'altra incontrano un altro turista che, in una caduta, confonde volontariamente le sue racchette (in cui è contenuto un microfilm che può incastrare un criminale) con quelle di Mac.

Jack Dalton è morto. O almeno vuole farlo credere a tutti, soprattutto a dei criminali che sono sulle sue tracce. MacGyver si reca in chiesa dove è esposta la salma ma con sua sorpresa scopre che Jack è vivo e si finge morto all'interno della bara.

MacGyver e Pete vengono catturati da Murdoc, assassino di professione che decide di vendicarsi sui due bersagli che gli erano sfuggiti sette anni prima.

I militari di un paese del Sud America, abbattono un aereo militare americano catturando il pilota, il quale viene accusato di spionaggio e messo in carcere. MacGyver e la figlia del prigioniero si recano in missione per tentare di liberare il pilota.

È il compleanno di MacGyver e, dopo essere ritornato finalmente dall'ennesima missione all'estero, è solo in cerca di riposo. Attraverso un scherzo Jack Dalton lo trascina alla Phoenix Foundation dove è stata organizzata una festa a sorpresa in cui ci saranno tutti i suoi amici e colleghi più stretti, da suo nonno a Penny Parker ed attraverso i ricordi ricapitola alcuna delle sue avventure ma MacGyver comunica a Peter Torton l'intenzione di volersi dimettere dalla Phoenix Foundation.

Tony Braddock, una vecchia conoscenza di MacGyver ed un esperto di esplosivi, lo contatta per incontrarlo e chiedergli aiuto. Braddock viene ucciso ma prima riesce a confessare di aver ricevuto una commessa per preparare una bomba con lo scopo di annientare un'intera unità anti-terrorismo.

MacGyver is forced to work with a ruthless freelance agent to rescue a human rights activist who is being held in a psychiatric hospital in Czechoslovakia. The rescue is an apparent success, until the secret police then kidnap the activist's wife to get him back.