Los militares le piden a MacGyver que revise un nuevo sistema de seguridad de alta tecnología en una de sus bases. Surgen complicaciones cuando el ordenador atrapa a MacGyver dentro e intenta matarlo.

Engañan a MacGyver que cree que está ayudando a un hombre para encontrar a su hijo. En realidad, está llevando, sin saberlo, a un atacante a su objetivo.

Un amigo de MacGyver se convierte en suicida después de ser estafado y haber perdido sus ahorros de toda la vida. MacGyver organiza una estafa a la inversa para recuperar el dinero.

MacGyver rescata al hermano pequeño de un amigo en Chinatown que se mezcla con algunos estafadores que lo presentan con el Niño Deseoso, un legendario chico chino místico.

MacGyver y cuatro jóvenes están perdidos en el desierto después de que se avión se estrellase. Las rivalidades de los chicos de la pandilla harán más difícil esta precaria situación.

Jack Dalton solicita la ayuda de MacGyver para rescatar a un botánico en Centroamérica. Una vez allí, MacGyver descubre que el botánico es un viejo amigo suyo.

Una monja y algunos huérfanos están secuestrados por soldados asesinos en Asia Sur-Oriental. Además, resulta que la asistente de la monja es una exnovia de MacGyver.

Dos águilas de oro se encuentran en peligro de extinción y son ayudadas por MacGyver. Él debe confrontar al cazador furtivo que trata, de manera simultánea, de matar a las águilas y eliminar al agente secreto.

Un maestro de sordos, amigo de MacGyver, tiene muchas pesadillas. MacGyver piensa que estas están conectadas a un plan para secuestran un sistema de guía de misiles.

MacGyver y su abuelo tienen planes para ir a ver un partido de hockey. Sin embargo, cuando van a la Fundación Phoenix para coger las entradas, descubren que unos terroristas quieren hacer explotar una bomba.

Un exagente secuestra a la esposa y al hijo de Pete Thornton por venganza. MacGyver y Pete tienen la misión de rescatarlos.

MacGyver ayuda a un desertor ruso a buscar asilo en Estados Unidos. Mientras, Penny Parker, que va a quedar unos días en casa de MacGyver, descubre, casualmente, un complot para asesinar a un funcionario extranjero.

Una embarazada está huyendo de su marido, porque este la quiere matar tras descubrir un oscuro secreto. MacGyver se queda encerrado con ella en una fábrica abandonada.

Unos piratas secuestran a un arqueólogo para que les ayude a encontrar 60 millones de dólares en un tesoro que hay hundido en el fondo del mar. MacGyver debe rescatarle en un océano aislado.

Un informático oculta algún microfilm en MacGyver, que está esquiando de vacaciones. Una avalancha entierra a MacGyver en la nieve e impide a la Mafia que llegue hasta él, pero no por mucho tiempo.

Mientras MacGyver está con su amigo Jack Dalton, dos agentes de la CIA han ido a asegurarse que Jack está muerto. MacGyver se sorprende cuando descubre que Jack no está muerto y que planea asesinarle.

Un hombre vestido del maestro del disfraz amenaza a MacGyver en la tienda y él pensaba que había muerto. Esto hace que MacGyver quiere retroceder hasta la primera vez que se vieron.

Juzgan a un piloto por ser un posible espía de un país centroamericano y MacGyver recibe la orden de ir allí a rescatarlo. Las cosas se complican cuando MacGyver descubre que la hija tiene un secreto.

Organizan una fiesta de cumpleaños sorpresa para MacGyver en la Fundación Phoenix, lo que le llevará al agente a reflexionar sobre sus viejos amigos y sus recuerdos, algo que le hace considerar renunciar a su trabajo.

Una lesión en la cabeza causa amnesia a MacGyver y le hace que se olvide de que ha descubierto la existencia de una bomba en un funeral. ¿Recuperará la memoria MacGyver a tiempo?

MacGyver y una agente que odia se presentan como un matrimonio para infiltrarse en un hospital psiquiátrico de Checoslovaquia para liberar a un activista que pelea por los derechos humanos.