A série animada seguiu a mesma fórmula da série live-action original da HBO, incluindo a mesma música do tema original, mas regravada com os dobradores dos personagens de desenhos animados. Muitos episódios consistiam em duas histórias de 15 minutos; no entanto, alguns apresentaram um único enredo completo de 30 minutos. A versão animada manteve a tradição das canções originais, com pelo menos uma música por episódio (incluindo algumas recicladas da versão fantoche, como "Let Me Be Your Song").

Em sua execução original, os episódios animados foram marcados por imagens da versão original de marionetes de Uncle Traveling Matt, apresentando o show da oficina de Doc. A versão animada de Fraggle Rock consistia em 13 episódios.