Lili Marquette donne naissance à un enfant à moitié Jaridian, avec l'aide de l'énergie vitale de Da'an. Augure se cachant des volontaires, une vieille amie, Street, accepte de le remplacer auprès de Liam et Renee. Sandoval essaie de détruire les preuves de l'existence Jaridian.

Liam et Renee enquête sur Zo'or et sur ce qui le lie à une entreprise biomédicale clandestine.

Le meurtrier du général T'Than conduit Liam à la découverte du sombre projet des Taelons. En même temps, Jonathan Doors revient sous forme cybernétique pour asséner une frappe mortelle sur le vaisseau mère.

Pendant que Liam et Renee enquêtent sur des emprisonnements suspects, un ex-associé de Augure prévoit de voler la réserve d'or de Zo'or à bord du vaisseau mère.

Le ANA dirige les négociations pour l'amnistie des membres de la Résistance. Liam essaie de convaincre Halley Simmons d'accepter l'offre. Sandoval utilise des parasites pour que les volontaires exécutent des missions suicides contre la Résistance.

Les Taelons décident de quitter la terre suite à ce qui s'apparente être une imminente attaque Jaridian.

Renee découvre que son jeune frère sert de cobaye à Zo'or dans une expérience sur l'instinct de survie humain.

À bord du vaisseau mère, Renee est prise en otage par un être mystérieux qui hante les bas fonds du vaisseau.

Liam et Renee enquêtent sur un tueur en série qui assassine les gens durant leur sommeil.

Liam et Renee apprennent la naissance d'un enfant doté d'un CVI.

Un appareil de surveillance neuronal est implanté dans le cerveau de Liam afin de traquer Da'an qui quitte la terre pour un mystérieux "dernier" voyage.

Le vaisseau mère est heurté par une sphère de matière noire.

Zo'or menace d'attaquer la terre après qu'un artefact contenant le secret pour synthétiser l'énergie vitale Taelon ait été volé à bord du vaisseau mère.

Suivant les ordres de Zo'or, Sandoval essaye de capturer Street. Celle-ci découvre qu'elle a la capacité de réfléchir en multi-dimensions et détient du coup la clé pour la survie des Taelons.

Le destin de la terre et des Taelons sera peut-être révélé par trois astronautes découverts en état de stase. Ils semblent venir du futur.

En échange de l'immunité, Sandoval accepte de témoigner contre les Taelons.

Liam et Renee soupçonnent Zo'or d'être l'auteur de meurtres en série.

Renee est prise entre deux feux: son amour et son devoir, quand son petit ami est capturé par les Taelons.

La décision des Taelons de se mettre en état de stase mortelle entraîne une scission entre Da'an et Zo'or, ce dernier refusant de partager l'énergie vitale qu'il a accumulé. De son côté, Liam apprend qu'il ne lui reste plus longtemps à vivre.

Après qu'un rayon d'énergie Jaridian ait transformé plusieurs protecteurs de compagnons Taelons en assassins, Zo'or exige que ces protecteurs lui soient livrés dans les 24 heures ou il ouvrira le feu sur la terre. Da'an envoie Liam pour récupérer ces protecteurs vivants. Sandoval est utilisé par les Jaridians pour détruire la terre.

Le destin des Taelons, et probablement celui de Liam aussi, va dépendre de la découverte de la chambre de régénération de Ma'el. De son côté, Street résout l'énigme de Ma'el qui va permettre la fusion des Taelons et des Jaridians.