Becket a accouché de Liam, qui grandit et atteint sa taille adulte en quelques heures seulement. William Boone a trouvé une fin tragique, et Liam assiste à ses funérailles. Il sauve Da'an de l'attaque d'une sonde et devient son protecteur...

Augure met volontairement la vie de Da'an en danger lorsqu'il le déconnecte de la communauté. Ce faisant, il le transforme en une créature primitive monstrueuse que le Synod veut éliminer.

Après avoir accidentellement voyagé dans le temps et vu l'avenir, Liam se précipite au QG de la résistance pour tenter d'empêcher un massacre, généré par une expérience Taelon sur la manipulation des esprits.

À la suite du sabotage de leur navette, Liam et Augure se retrouvent projetés dans un univers parallèle. Ils y rencontrent Maiya et font une découverte surprenante sur leur dimension.

Augure est victime d'un chantage, ce qui l'oblige à se soumettre à une expérience des Taelons. Il est alors transformé en guerrier programmé pour combattre les Jaridians.

Une sonde Jaridian perturbe la communauté des Taelons, obligeant les extraterrestres à s'en prendre durement à tous ceux qui sont soupçonnés d'appartenir à la résistance. Ils utilisent des humains pour créer une nouvelle force spirituelle.

Des créatures qui se nourrissent de l'énergie d'autres espèces envahissent la Terre, en passant par les portes inter-dimensionnelles des Taelons, et menacent de détruire la planète.

Le CVI de Siobhan Beckett tombe en panne, annihilant son envie de servir les Taelons. Lorsqu'il apprend que Beckett a disparu, Liam Kincaid jure de tout faire pour la sauver.

Maiya, souffrante, doit fusionner avec son double dimensionnel, Isabel, avant que les Taelons ne l'utilisent pour détruire le mouvement de libération.

Joyce, la fille du docteur Belman, participe à une expérience de bio-ingénierie Taelon, qui la transforme en un hybride extraterrestre très dangereux.

Liam tente de sauver Lili, retenue en otage par un évadé Jaridian dans un vaisseau Kimera abandonné.

Sparrow, scientifique génial mais handicapé, s'associe à Da'an pour créer des clones biologiques, dans le but de transférer son esprit dans un corps sain.

La Résistance combat un nouveau groupe Humano-Taelon qui fait rajeunir les personnes âgées, et leur implante de faux souvenirs pour les transformer en fervents Compagnons.

Un scientifique renégat invente une machine à téléporter miniature et commence à assassiner les Taelons et leurs collaborateurs.

Un combattant de la Résistance ressort de l'ombre et prend la navette volée de Lili pour attaquer l'ambassade des Taelons à Washington.

Les résistants découvrent que les Taelons forment en secret des jeunes volontaires qui pourraient servir de soldats d'infanterie pour leurs guerres dans d'autres mondes. Ne sachant comment les contrer, les résistants tentent de mettre fin à cet enseignement guerrier.

Lili essaie de se sevrer d'une drogue très dangereuse qui pourrait provenir d'une ancienne tombe Taelon.

Liam est soupçonné de sabordage lorsqu'un Karilian endommage le vaisseau de ravitaillement et laisse les Taelons bloqués dans un espace interdimensionnel.

Augure tombe amoureux d'une femme magnifique qui l'engage pour fabriquer d'impressionnantes armes qu'elle vend à ses clients Taelons.

Une sonde Jaridian pénètre dans l'atmosphère terrestre. Malgré l'ordre donné par Zo'or, Da'an ne peut la détruire et la sonde s'écrase sur Terre. La Résistance s'en empare, mais elle est rapidement arrêtée par des membres de l'armée agissant sous le secret et contre les Taelons. À leur tête, Le major Liam Kincaid. Augure, Liam et Julia collaborent pendant que la sonde délivre un message de paix envers l'humanité.

Le président Thompson est blessé au cours d'un débat avec Jonathan Doors par un militant Taelon. Julia, qui était présente dans la salle avec une arme à feu, est arrêtée. Joshua Doors, qui n'a pas pardonné à son père son attitude vis-à-vis de sa mère, le trahit en le dénonçant comme le commanditaire de l'attentat. Au même moment, les Taelons mènent une vaste opération contre la Résistance. Doors, Augure et Liam, poursuivis par un hélicoptère, sont contraints de se cacher. Da'an est appréhendé. Lili, pour protéger le réseau, tente de détruire le vaisseau mère.