Ha'gel, un Taelon primitif et violent enfermé dans sa cellule, est libéré sur Terre. Boone et Sandoval sont chargés de la détruire pendant que Beckett enquête sur des agents Taelons soupçonnés d'appartenir à la Résistance.

La Résistance est en danger. En effet, les Taelons sont en train de télécharger les informations contenues dans la sonde. Ces dernières concernent le groupe de rebelles.

Ne'eg vient de succomber à un virus contracté alors qu'elle étudiait une sonde extra-terrestre. Le virus attaque indifféremment les Taelons et les Humains. L'équipe de la résistance se lance dans la recherche d'un vaccin avant que la maladie ne décime toute l'humanité.

Les Taelons mettent à disposition du grand public, un système de voyages interdimentionnels permettant à quiconque de traverser le territoire en moins de 10 minutes. Mais des voyageurs, des scientifiques réputés et des personnages influents, sont enlevés au passage par les Taelons, qui effectuent sur eux diverses expérimentations...

Le scientifique Taelon Ro-ha est accusé d'avoir tué le major. Il est jugé pour meurtre à Washington. Boone et Sandoval sont désignés pour le défendre. Mais Zo'or est l'un des membres du jury, et il parvient à convaincre les autres jurés qu'il faut condamner le Taelon à mort.

Les Taelons mettent au point une arme terrible qui ne tarde pas à être dérobée. Lili, effondrée par la mort de son père, tente de localiser les voleurs. Ce faisant, elle est arrêtée...

Da'an sauve la vie de Lili après le crash de leur navette, causé par un virus informatique paralysant le système informatique des Taelons.

Un médium russe devient une cible en raison de ses connaissances sur l'occupation terrestre des Taelons.

L'expérience de création d'un nouveau guerrier hybride effectuée par les Taelons tourne au désastre lorsque un ancien extra-terrestre maléfique est ramené sur terre.

En Irlande, une ancienne tombe Taelon contenant le corps d'un Compagnons nommé Ma'el, est découverte et révèle leur présence sur Terre depuis des siècles.

Sandoval retrouve sa femme après un dysfonctionnement de son CVI qui le libère du contrôle des Taelons et prend en otage Da'an.

La résistance lutte contre une sonde extra-terrestre qui étudie la Terre.

Da'an est enlevé par un groupe de soldat qui prétendent que les taelons ont sacrifié leur unité lors d'expériences biologiques.

Lorsqu'une arme mortelle biomécanique est volée dans le laboratoire de recherche des Taelons, Boone doit la retrouver avant qu'un désastre ne se produise.

La navette de Lili est volé par un de ses anciens amis dont la mission sur Mars a été annulée par les Taelons. Boone est chargé de retrouver la navette.

Jonathan Doors réapparaît comme chef de la résistance, après avoir simulé son assassinat dans le premier épisode, conduisant une attaque médiatique contre les Taelons. Note : Il s'agit de la première apparition de Zo'or.

Boone et Lili mènent une enquête sur des morts humaines mystérieuses dans une communauté Amish. Ces décès semblent être provoqués par un objet extra-terrestre.

Boone se retrouve dans une position délicate lors de l'inauguration du Conservatoire de Musique Taelon, retrouvant un ancien amour qui clame être contre les Taelons.

Boone découvre que les Taelons ont testé en premier leurs implants CVI sur des criminels lorsqu'un l'un d'eux apparaît et essaye de tuer Da'an et fait resurgir une vieille légende Taelon.

Une jeune femme, soignée par les Taelons, se retrouve partagée après sa guérison entre les Compagnons et l'Eglise des Compagnons. Cette Eglise est fondée par des humains qui assimilent la technologie Taelon à des miracles.

Boone poursuit le meurtrier de sa femme, déterminé à savoir si ce meurtre a été commandité par le compagnon nord-américain Da'an ou la résistance.

Le Capitaine de police William Boone est recruté par les Taelons, également connus sous le nom de "Compagnons", pour devenir chef de la sécurité et des relations inter-espèces mais est amené secrètement à rejoindre le mouvement de la résistance humaine.