William Boones Frau wurde getötet. Er erklärt sich bereit, als Sicherheitschef für die Taelons zu arbeiten, die nun seit drei Jahren auf der Erde sind. Dazu soll er sich einen Chip einpflanzen lassen, der ihm überirdische Kraft verleiht. Doch gleichzeitig würde Boone dadurch zum willenlosen Instrument der Taelons...

Boone versucht verzweifelt, den Mörder seiner Frau zu finden. Hat der Companian Da'an ihren Tod angeordnet oder ist die Widerstandsbewegung für den Mord verantwortlich? Mithilfe seiner übermenschlichen Fähigkeiten befragt William Boone noch einmal sein Gedächtnis...

Boone trifft Julie, eine verwirrte junge Frau, die als Kind beide Hände verlor. Julie hat mithilfe außeridischer Chirurgie künstliche Gliedmaßen bekommen und wird von einem religiösen Führer der Taelons als Wunder vorgeführt. Doch ihre Heilung ist nicht dauerhaft...

Boone untersucht den Fall des Serienkillers James Pike. Pike wurde vor zwei Jahren ein CVI-Chip der Companians eingepflanzt. Seine Resozialisierung schien danach reibungslos zu funktionieren. Doch plötzlich wird der Mann rückfällig...

Bei einem Konzert erkennt William Boone in der Musikerin seine alte Flamme Elyse wieder. Sie gehen zusammen essen und verlieben sich wieder ineinander. Elyse erzählt Boone, dass sie im Untergrund gegen die Companians arbeite. Boone weiß nicht, ob er ihr trauen kann. Wurde Elyse von den Taelons auf ihn angesetzt?

Boone und Lili besuchen die kleine Amish-Gemeinde "Paradise". Die Amischen leben abgeschieden von der restlichen Zivilisation und lehnen den technischen Fortschritt ab. Mehrere Mitglieder der Siedlung sind unter mysteriösen Umständen ums Leben gekommen. Boone findet heraus, dass mutierte Schmetterlinge dabei eine Rolle spielten...

Der totgeglaubte Widerstandskämpfer Jonathan Doors unterbricht eine Sportübertragung im Fernsehen und fordert Millionen Zuschauer auf, sich gegen die Taelons zu erheben. Er behauptet, die "Companians" würden verbrecherische Experimente an Menschen durchführen. Boone nimmt Kontakt zu Doors auf...

Captain Chandler plant eine Marsmission. Als das Projekt von den Taelons gestoppt wird, stiehlt er das Raumschiff seiner alten Freundin Lili. Ungewöhnlich vehement befiehlt Da'an, dass Boone und Lili das Schiff sofort finden müssen. Im Geheimen aber will Boone Chandler helfen, den Mars zu erreichen...

Die Skrills sind außerirdische Lebensformen, die von den "Companians" als organische Waffen benutzt werden. Sie hausen im Labor des jungen Wissenschaftlers Dr. Larry Clark. Als ihre Produktion eingestellt werden soll, verbindet sich ein Skrill mit Clarks Arm und übernimmt die Kontrolle über sein Bewusstsein. Boone versucht den Forscher zu retten...

Während er eine Rede über den Planeten der Taelons hält, wird Da'an gekidnappt. Es stellt sich heraus, dass die Entführer Soldaten einer abtrünnigen Spezialeinheit sind, die ihre Kollegen freipressen wollen. Doch die Synode der Taelons weigert sich, um Da'ans Leben zu feilschen. Boone und Lili versuchen ihn zu befreien...

Das Taelon-Implantat des Agenten Sandoval arbeitet fehlerhaft. Nachdem Sandoval bewusstlos zusammenbricht, erlaubt Da'an, dass sein CVI-Chip entfernt wird. Als er wieder eigenständig denken kann, kämpft Sandoval erbittert gegen die Taelons. Boone versucht seinen Freund vor dem drohenden Tod zu retten...

Ein historisches Taelon-Grab in Irland deckt auf, dass die Taelons die Eroberung der Erde schon seit Jahrhunderten geplant hatten. Boone und Lili machen sich auf den Weg, um den Fund zu inspizieren. In einer irischen Taverne soll Boone erst ein Wett-Trinken gewinnen, bevor man ihm zeigen will, wo das Grabmal ist...

Die Taelons wollen eine neue hybride Kriegerrasse schaffen. Der Forscherin Rho-ha werden menschliche Gene injiziert. Doch bei diesem geheimen Experiment kommt es zu einer Katastrophe: Eine böse außerirdische Kraft nimmt Besitz von Rho-ha. Boone und Lili machen Jagd auf sie...

Die russische Hellseherin Katya übt auf einer Konferenz offen Kritik an den Taelons. Gleichzeitig nähert sie sich Boone und gibt ihm zu verstehen, dass sie über die geheime Widerstandsbewegung Bescheid weiß. Katya will Boone ihr ganzes Wissen über die Taelons weitergeben...

Lili schickt Augurs Computervirus in das System der Taelons und die Wirkung lässt nicht lange auf sich warten. Ein System nach dem anderen bricht zusammen. Lili und Da’ans Shuttle lässt sich nicht mehr steuern, da der Bordcomputer ausgefallen ist. Um die beiden zu retten, muss Boone an den Zentralcomputer der Taelons gelangen

Boone trifft sich mit Doors und Augur, um sie vor der neuen Superwaffe der Taelons zu warnen. Sie beschließen die Waffe zu stehlen, damit sie nicht gegen die Erde eingesetzt werden kann. Doch jemand kommt ihnen zuvor. Lilis Vater, mit dem sie seit Jahren keinen Kontakt hatte, ist Teil dieser Intrige der Taelons.

Die Taelon-Forscherin Rho-ha soll in Washington wegen Mordes vor Gericht gestellt werden. Sie war in einem Krankenhaus mit Major McIntire aneinander geraten. Es ist das erste Mal, dass Menschen einem „Companian“ den Prozess machen. Da’an will, dass Boone und Sandoval die Verteidigung übernehmen.

Erstmals bieten die Taelons interdimensionale Flüge für menschliche Kunden an. Ein taubstummer Junge und seine Mutter werden bei ihrer Reise durch das Portal getrennt. Als der Junge wieder auftaucht, kann er plötzlich sprechen. Boone befürchtet, dass die Taelons das Portal nutzen, um darin Experimente an Menschen durchzuführen.

In einem wissenschaftlichen Labor der Companians wird ein „Code Red“ ausgerufen: Ein verheerendes Virus ist außer Kontrolle geraten und verbreitet sich rasend schnell. Boone ist ebenfalls infiziert, doch er hat eine Idee, wie man Anti-Körper herstellen könnte. Die Zeit drängt, denn eine Gruppe von Neo-Nazis hat das Virus in ihre Hände bekommen.

Ein holografisches Bild der Widerstandskämpferin Rayna erscheint vor dem verblüfften Augur. Rayna erzählt Augur, dass die Taelons auf dem besten Wege sind, alles über die Widerstandsbewegung herauszufinden. Der Spezialagent Michael Sloane soll sich in das Labor der Taelons schleichen und die verräterische Sonde vernichten .

Auf der Suche nach einem versunkenen Schatz finden Taucher einen leuchtenden Kanister. Ihm entschlüpft der Außerirdische Ha’gel und tötet die gesamte Crew. Boone wird an den Ort des Verbrechens gerufen. Er findet heraus, dass Ha’gel der letzte Überlebende einer kriminellen Rasse von Außerirdischen ist …