드디어 도쿄로 돌아온 켄신 일행. 카린과 미언, 사노는 집안 청소에 바쁘고 켄신은 저녁 찬거리를 위해서 물고기를 잡으러 갔다가 어떤 노인을 만나게 된다. 그리고 그로부터 반딧불이의 전설에 관한 이야기를 듣게 되는데…

어느 날 켄신과 카린은 집에 가던 도중, 어떤 노인과 소년을 구하게 된다. 그런데 놀라운 일은 그 소년이 미언과 똑같이 생겼다는 일이었고 거기다 그 소년이 자카라타 왕국의 왕자란 사실을 알게 된다. 결국 병으로 몸져누은 왕자를 대신에 미언이 왕자 노릇을 하게 되는데…

어느 날 사노는 절에 갔다가 쓰러져 있는 개 한 마리를 줍게 된다. 일단 켄신의 집으로 그 개를 데려온 사노. 느실이라고 이름 붙인 그 개는 그 날부터 갖은 사고를 치고 개를 돌려보내기 위해서 사노와 켄신 일행은 주인을 찾기 시작하는데…

어느 날 교토에 의문의 살인 사건이 일어난다. 범인은 예고장을 보내고 살인하는 수법을 쓰는데 그 예고장을 받은 어떤 사람이 아오시를 찾아와 자신을 지켜달라고 하지만 아오시는 이를 거절한다. 이번 일에 흥미를 느낀 미사오는 예고장에 적힌 장소로 구경갔다가 쓰러지고 아오시는 켄신에게 급히 도움을 청하는데…

아오시의 부탁으로 교토를 다시 찾은 켄신 일행. 켄신은 문제의 범인이 비천 어검류를 사용하고 있다는 사실을 알게 된다. 스승인 히코 세이쥬로를 찾아가 사건의 전말을 듣는 켄신. 한편 사노는 길을 가다가 성모님이라 불리는 한 소녀를 구하게 되는데…

시마바라에서 커다란 사건의 조짐이 있다는 얘기를 듣고 그곳을 찾은 켄신 일행. 그곳엔 아마쿠사 쇼고가 신의 나라를 만들기 위해서 비밀리에 세운 마을이 있었다. 그 마을을 찾기 위해서 돌아다니던 켄신과 사노는 어떤 동굴 속에서 수상한 자의 습격을 받게 되는데…

드디어 아마쿠사 쇼고와 맞부딪치게 된 켄신. 켄신과 쇼고는 카린과 유리가 지켜보는 가운데 서로가 가진 비천 어검류로 한판 승을 벌이게 된다. 쇼고의 실력은 소문대로 놀라운 것으로 켄신은 고전을 면치 못하는데…

아마쿠사 쇼고의 마을을 찾다가 동굴 속에서 길을 잃은 사노는 그곳에서 막달레나와 다시 만나게 된다. 하지만 서로의 생각이 다르다는 것을 새삼 확인하는 두 사람. 한편 귀왕은 쇼고를 이용해서 어떤 엄청난 계획을 실행할 음모를 꾸미는데…

아마쿠사 쇼고와의 대결에서 빛을 잃어버리게 된 켄신. 한편 이런 켄신 앞에 미사오가 새로운 정보를 가지고 돌아온다. 그것은 아마쿠사 쇼고가 구세주로 나서게 된 이유. 그리고 귀왕에 관한 것이었는데…

마침내 귀왕의 속셈을 알게 된 사노 일행. 간신히 살아나 켄신과 합류한 사노는 막달레나를 구하기 위해 엘스턴의 저택으로 향하고 베드로는 귀왕의 음모를 전하기 위해 쇼고를 찾아 나선다. 하지만 길을 서둘던 도중 귀왕이 군대를 이용해 쇼고와 마을 사람들을 없애려는 계획을 엿듣게 되는데…

귀왕의 음모로 인한 군대의 공격이 개시된다. 이를 막기 위해 사노는 유리와 네덜란드의 영사인 엘스턴을 만나러 가고 켄신 일행은 성령의 언덕에 있는 아마쿠사 쇼고를 막기 위해 길을 서둔다. 하지만 궁지에 몰린 쇼고는 순교를 결심하고 마을 사람들과 최후의 저항에 나서는데…

반역자들을 처단하기 위해서 성령의 언덕을 점점 죄어오는 군사들. 네덜란드 영사인 엘스턴은 쓸데없는 살생을 막기 위해 애를 쓰지만 총사령관의 결심은 단호하다. 한편 켄신은 아마쿠사 쇼고를 막기 위해 1 대 1 대결을 펼치게 되고 두 사람은 똑 같은 비천 어검류로 숙명의 한판승을 벌이게 되는데…

마침내 모든 사건을 해결한 켄신 일행. 하지만 극형을 받을지도 모르는 아마쿠사 쇼고를 살리기 위해 엘스턴과 켄신은 갖은 노력을 다하고 결국 정부는 이들의 국외 추방을 결정한다. 아마쿠사 쇼고와 마을 사람들은 엘스턴 영사와 함께 네덜란드로 떠나게 되는데…

아마쿠사 쇼고 사건을 해결하고 도쿄로 향하던 켄신 일행은 잠시 어떤 마을에 들러 휴식을 취하게 된다. 하지만 그곳에서 못된 깡패들을 보게 되고 이들의 버릇을 고쳐주려는 순간, 자신을 칼잡이 발도제라 칭하는 어떤 사나이가 나타나 이들을 물리친다.

도쿄로 향하던 도중 온천 마을에 들르게 된 켄신 일행. 하지만 켄신이 지갑을 잃어버리는 바람에 이들은 여기서 한동안 여관 일을 돕게 된다. 한편 이 여관엔 화가 지망생이 한 명 묵고 있었는데 그 사람은 카린을 보는 순간 한눈에 반하고 카린을 모델로 그림을 그리고 싶다 말한다.

집으로 향하던 길을 서두르던 켄신 일행은 괴한의 습격을 받는 한 노인을 구하게 된다. 그리고 우연한 일로 인해 카린은 그 노인이 데리고 있던 제자를 활심류의 제자로 받아들여 수련을 시키게 되는데....

우연한 계기로 해주 선생의 제자와 외동딸을 맡게 된 켄신 일행. 사실, 해주 선생은 막부 말기 때 켄신과 적으로서 대치하던 사이였다. 한편 해주 선생을 찾아간 켄신은 그가 뭔가 숨기는 사실이 있다는 걸 감지하고 그게 무엇인지를 알아내고자 하지만 해주 선생은 입을 굳게 다무는데…

해주 선생의 딸인 연희가 홍규단에게 납치 당한다. 그들의 목적은 해주 선생이 가지고 있는 도쿠가와 막부의 숨겨진 재산. 그들은 이것으로 막부를 다시 부활시키려는 야망을 가지고 있었던 것이다. 한편 연희가 납치당했다는 소식을 들은 대호는 두려운 마음을 다잡으며 연희를 구하러 가기로 결심하는데…

납치 당한 연희를 구하기 위해 약속 장소로 간 켄신 일행. 하지만 연희 모습을 보고 흥분해 뛰쳐나간 대호는 적의 칼을 맞고 쓰러진다. 한편 해주 선생은 도쿠가와의 숨겨진 재산을 찾기 위해 자신의 방을 뒤지고 있는 하진과 부딪치게 되는데…

외출했다가 집으로 돌아온 켄신 일행. 이들을 맞은 건 처음 보는 외국인 신사와 상처 치료를 위해 독일로 떠났던 유타였다. 만나자마자 아웅다웅하는 유타와 미언. 하지만 속마음은 기쁨으로 가득한데… 한편 유타와 함께 온 한스 박사는 왠지 모르게 불안한 모습을 보이고 켄신은 누군가가 이들을 미행하고 있다는 사실을 깨닫는다.

유타와 함께 온 한스 박사가 의문의 집단에게 공격을 받는다. 이유를 알아보던 켄신 일행은 문제의 자객이 흑 기사단이라는 비밀 결사 집단이며 이들은 한스 박사가 알아낸 신비의 영약을 빼앗기 위해서 뒤를 쫓아온 사실을 알게 된다. 켄신 일행은 영약을 찾기 위해서 여행을 떠나는데…

신성한 영약을 찾기 위해 하나 둘씩 수수께끼를 풀어 가는 켄신 일행. 어떤 사냥꾼의 도움으로 문제의 장소를 찾는 데 성공하지만 사실 그것은 켄신 일행을 이용해서 영약을 찾으려는 사나다 닌자 군단의 두목, 세나의 함정이었다.

신성한 영약을 찾기 위해 신전 안으로 들어선 켄신 일행. 하지만 적의 함정에 빠져 죽을 위기에 처한다. 하지만 유타의 기지로 간신히 살아난 켄신 일행은 우연히 구하게 된 사나다의 닌자, 카이의 도움으로 다시 신전 안으로 향하는데…

신성한 영약을 찾기 위해 신전 안에 들어선 켄신 일행을 공격하는 사나다 3인방. 하지만 카이의 조언과 켄신의 활약으로 적을 무사히 물리치고 이들은 다시 흑 기사단을 쫓는다. 한편 마침내 신성한 영약을 찾아낸 멜더스 중위는 이용 가치가 없어진 세나를 처치하려 한다. 하지만 슈나이더가 이를 가로막고 서는데...

마침내 신성한 영약을 찾아낸 켄신 일행. 하지만 거기엔 흑 기사단의 멜더스 중위가 버티고 서 있었다. 결국 멜더스 중위와 한판 승부를 벌이게 된 켄신. 하지만 멜더스 중위를 이기는 대신 신성한 영약의 재료인 꽃들이 전부 다 불타게 된다. 켄신 일행은 무너지는 유적속에서 간신히 탈출하는데…

도쿄에서 놀고 있는 미사오를 데리러 가기 위해 연지와 화영, 그리고 아오시가 도쿄를 찾는다. 하지만 미사오는 아오시가 자신을 위해 데리러 온 게 아니라며 투정을 부리고 교토에 돌아가지 않겠다며 고집을 부린다. 결국 카린의 설득으로 마음을 고쳐먹은 미사오는 도쿄에서의 마지막 추억을 만들기 위해 친구들과 시내 구경을 가기로 하는데…

어느 날 마을에 우물이 마르고 사람이 다치는 괴이한 사건들이 연속해서 일어난다. 그리고 그러한 일이 일어난 곳엔 한 명의 풍수사와 좌백이라는 장사꾼이 나타나 요괴를 쫓기 위한 비석을 세우고 돌아간다. 한편 다애 네 가게에도 갑자기 불이나 모든게 다 타버리는 사건이 벌어지고 잠시 후 좌백이 나타나 비석을 세우라고 권유하는데…

갑자기 켄신 일행을 급습한 의문의 사나이들. 주술에 걸려 꼼짝 못하는 켄신 일행을 진풍이란 사나이가 나타나 구해준다. 진풍은 자신을 바람의 일족이라 소개하며 물의 일족과 관련된 자신들의 역사를 들려준다. 그리고 그들이 이 나라를 노리고 있다며 켄신 일행에게 도움을 청하는데…

카린이 물의 일족의 수장인 영수의 저주를 받고 쓰러진다. 몸이 썩어들어가는 이 저주를 풀기 위해선 무사시노에 있는 신성한 샘물을 가져와 뿌리는 수밖에 없다. 이 샘물을 찾기 위해 진풍과 함께 무사시노로 향하는 켄신. 한편 사노는 월강과 함께 물의 일족이 깔아놓은 새로운 진을 찾아 나서는데…

용맥을 막기 위해서 닛코로 향하는 켄신과 진풍. 이들은 용맥을 막을 수 있는 유일한 방법인 비취의 문장을 찾아나선다. 하지만 간신히 찾아낸 비취의 문장은 가짜로 바꿔치기 당해있었고, 한편 물의 일족은 마지막 표적인 원로원을 공격하기 위해 최후의 진을 짜기 시작하는데…

도쿄를 집어삼키려는 용맥을 막기 위해 물의 일족의 수장인 영수와 맞서게 된 바람의 일족, 진풍! 하지만 힘들게 물리친 영수가 자신의 목숨과 맞바꿔 진을 완성시키고 켄신 일행이 찾던 비취의 문장이 영수의 부하인 좌백의 손에 있다는 사실을 알게 되는 바람에 켄신 일행은 절망에 빠진다. 하지만 이에 굴하지 않고 켄신이 최후의 공격을 감행하는데…