De retour chez elle, Kaoru travaille à restaurer le dojo délabré, tandis que Kenshin rencontre un vieux pêcheur qui lui enseigne une leçon importante sur l’amour.

Après être intervenus pour arrêter ce qui semble être un vol, Kenshin et Kaoru rencontrent un jeune prince qui ressemble exactement à Yahiko.

Sanosuke adopte un chien errant, ignorant qu’il détient la clé du complot d’un gang criminel pour faire chanter certains responsables locaux et obtenir un contrôle politique. Et quand le gang le retrouvera, Kenshin et Yahiko rejoindront Sanosuke pour déjouer leur plan.

Alertés par Misao, Kenshin et le reste de la Peace Force arrivent pour aider Aoshi à trouver un mystérieux tueur. L’enquête de Kenshin révèle des preuves reliant le meurtre à un samouraï chrétien et de vengeance qui ont été prédites.

Afin d’éviter d’autres meurtres par vengeance, Kenshin doit affronter Shogo Amakusa, le guerrier chrétien connu sous le nom d’Enfant de Dieu.

Alors que Kenshin se prépare à honorer sa promesse d’arrêter Shogo Amakusa, Sanosuke et lui découvrent une église secrète qui a été construite lorsque les fidèles chrétiens ont été forcés de se cacher.

Alors que ni Kaoru ni Kenshin ne peuvent persuader Shogo Amakusa d’abandonner son plan pour faire avancer la cause chrétienne par la violence, la bataille est sur le point de commencer.

Bien qu’aveuglé par son duel avec Shogo Amakusa, Kenshin cherche à recombattre Shogo dans l’espoir que le battre lui rendra sa vue.

Avec l’histoire du martyre de ses parents, Misao découvre la vérité derrière les prétendus miracles qui déifièrent Shogo Amarusa.

Sir Kaioh dévoile son plan qui n'est autre que d’utiliser les fidèles disciples de Shogo Amarusa pour renverser le gouvernement et contrôler le Japon lui-même.

Alors que Kenshin tente d’arrêter le massacre des chrétiens, Sanosuke est incapable d’éviter la mort de la sœur à la phase finale de Shogo.

Comme Misao et le consul néerlandais demandent à l’armée de retarder leurs attaques, Kenshin aveuglé retient Shogo pour éviter le martyre de ses disciples.

Après la reddition de Shogo, Kenshin demande au gouvernement de ne pas l’exécuter. Par conséquent, lui et ses disciples sont envoyés en exil en Hollande.

Quand la Force de Paix tombe sur un homme se faisant passer pour Kenshin, tout le monde veut que l’imposteur soit exposé au grand jour. Mais Kenshin remarque qu’il utilise ses profits pour s’occuper d’un groupe d’orphelins.

Quand Kenshin perd accidentellement tout son argent, la Force de Paix doit aller travailler dans une auberge pour payer sa facture.

Kaoru propose de former un jeune étudiant qui a été expulsé par son professeur jusqu’à ce qu’il apprenne à se battre.

Alors que Kaoru poursuit la formation de Daigoro, Kenshin est attaqué par le même groupe de bandits que la veille, et le menace de ne pas s'impliquer aupès des aiffaires de Kaishu Katsu.

Malgré la détermination de Kaishu à libérer sa fille par lui-même, Kenshin se joint aux forces de paix et à Daigoro pour un sauvetage.

Bien que Daigoro soit blessé dans la bataille, Kenshin et ses amis libèrent Itsuko.

Le bras presque guéri, Yutaro et son médecin arrivent pour une visite au dojo.

Quand une lettre du Dr. Hans révèle la miraculeuse histoire de cette médecin, Yutaro se joint à la Force de Paix dans le but de la retrouver.

En utilisant les indices laissés par le Dr. Hans, Kenshin et ses amis, sont conduits au sanctuaire caché où se trouve la clé de la miraculeuse guérison.

Après avoir survécu à la chute d'un volcan, la Force de la paix tombe sur une Sanada Ninja blessée qui jure de combattre ses anciens alliés.

Après que leur recherche les aient conduit au médicament cachée, le chef des Chevaliers Noirs indique clairement qu’il n’a pas l’intention d’honorer sa promesse de céder le contrôle du Japon à la Sanada Ninjas.

Alors que Kenshin affronte le chef des Chevalier Noirs, il doit compter sur son intelligence et non sur son épée afin de gagner la bataille.

Alors qu’Aoshi arrive pour ramener Misao chez elle, Kaoru et quelques amis la rejoigne pour une dernière virée shopping. Cependant, les efforts de Sanosuke et de Yahiko pour garder un œil sur leur amis les amènent à être confondus avec un groupe de voleurs.

Suite à une série d’accidents en ville, un maître de Feng Shui blâme un déséquilibre dans le Ki, une force qui maintient toutes les autres en équilibre.

Alors que Kenshin en apprends plus sur le conflit entre les familles Wind et Water pour le contrôle du Ki, les efforts pour construire un chemin de fer sont exposés comme un complot du clan Water pour contrôler le Japon.

Les efforts de la famille Water pour prendre le contrôle du Ki ont laissé Kaoru gravement blessé.

Avec l’aide du chef de la famille Wind, Kenshin sauve la vie de Kaoru. Mais la quête de la famille Water pour rediriger le Ki et prendre le contrôle du Japon avance comme prévu.

Avec l’aide de Kenshin, la famille Wind fait dérailler le plan de son rival de rediriger le flux du Ki et met fin à ses efforts pour dominer le Japon.