Kenshin comienza a tener recurrentes sueños de su pasado como guerrero al servicio de los Isshin-Shishi y muy especialmente de su enfrentamiento contra los Shinsengumi. En el presente, un hombre de apariencia enigmática que vende medicinas va al dōjō Kamiya donde se encuentra con Sanosuke quien está allí esperando al regreso de Kenshin y los demás quienes salieron de la casa. El enigmático individuo muestra ser más de lo que aparenta cuando se enfrenta a Sanosuke y lo deja gravemente herido. Cuando Kenshin y sus amigos regresan al dōjō, ven a Sanosuke herido y por supuesto, esto alarma a Kenshin ya que sabe quien lo hizo.

Kenshin piensa seriamente en el regreso de este nuevo individuo que no es otro que Hajime Saito, antiguo capitán de los Shinsengumi quien ahora se hace pasar por un oficial de policía llamado Goro Fujita quien va al dōjō Kamiya supuestamente para cuidar a los amigos de Kenshin. Cuando Kenshin regresa (después de haber sido desafiado por Fujin Akamatsu, el cómplice de Saito quien se enfrentó a Himura y fuera derrotado), ve a Saito sentado en el dōjō y este se presenta como tal, recriminándole a Kenshin todo el peligro en el que puso a sus amigos por cuenta de su actitud de no asesinar y de como lo había estado siguiendo estos años, incluso pudo haber matado a todos en cualquier momento si él lo hubiera querido. Saito y Kenshin comienzan entonces una pelea que dejaron inconclusa desde el Bakumatsu.

Kenshin y Saito continúan con su pelea la cual parece decantar a favor de Saito, pero en un momento dado, Kenshin (para terror de Kaoru), retoma su antigua personalidad de Battôsai y voltea la situación a su favor. Cuando están a punto de matarse, Kawaji, jefe de la policía interrumpe la lucha y le dice a Saito que su misión era probar las capacidades de Battôsai para la misión que había sido encomendado. Junto a Kawaji, aparece su jefe: el ministro del Interior, Toshimichi Okubo quien le explica a Kenshin que la razón por la que mandó a Saito a buscarlo fue para que le ayudara a detener a un peligroso hombre llamado Makoto Shishio. Kenshin entonces es forzado a tomar una difícil decisión: regresar una vez más a Kioto, en donde este mortal desafío aguarda por el, lo que significaría un definitivo cambio en su vida y especialmente, en la de Kaoru.

Kenshin y Okubo quedaron de encontrarse el 14 de mayo para decidir si Kenshin aceptaba la oferta de ir a Kioto para detener a Shishio, pero en ese momento se produce el asesinato de Okubo, perpetrado por uno de los hombres más fieles a Shishio, Soujiro Seta, quien a su vez le advierte a Kenshin que si no desea que le ocurra lo mismo que a Okubo, no debe acercársele a Shishio. Kenshin entonces se da cuenta de lo grave de la situación y decide irse a Kioto sin decirle nada a sus amigos, salvo a Kaoru de quien se despide, dejándola muy triste.

Kaoru se encuentra muy deprimida por el hecho de tener que despedirse de Kenshin quien se marchó a Kioto para protegerlos de la amenaza de Shishio. Hecho que por supuesto molesta profundamente a Sanosuke quien también decide irse a Kioto por su cuenta, pero quien no está deprimido es Yahiko quien trata de buscar ayuda para sacar a Kaoru de la depresión en la que está inmersa y así poder ir a buscar a Kenshin a Kioto por su cuenta. Saito tan pronto se entera que Sanosuke quiere marcharse a Kioto por su cuenta al igual que Yahiko, trata de impedírselos haciéndoles ver que Kenshin decidió irse solo para proteger a sus amigos de la amenaza que representa Makoto Shishio. Sin embargo ni Yahiko ni Sanosuke están dispuestos a oír las palabras de Saito, por lo cual este, a regañadientes no les impide que vayan en busca de Himura.

Kaoru, ahora más armada de valor, va en búsqueda de Kenshin junto a Yahiko despidiéndose de Megumi y los demás con la promesa de traerlo de vuelta, mientras que Sanosuke lo hace por cuenta propia entrenando duramente. Mientras tanto, Megumi regresa al dōjō y se da cuenta que se está abierto, y en su interior encuentra a Aoshi Shinomori, quien una vez más está dispuesto a desafiar a Kenshin y pide información de su paradero, Megumi se niega y Aoshi la amenaza con matarla, pero repentinamente Saito aparece y le cuenta todo lo acontecido con Kenshin y el complot creado por Shishio.

La chica misteriosa trata de asaltar a Kenshin, pero parece no darle demasiada importancia debido a su aspecto poco agraciado y que no ganaría mucho dinero aun si le roba. Para sorpresa de Kenshin, ella se revela como Misao Makimashi, una guerrera perteneciente a los Oniwabanshu y está buscando a alguien muy especial para ella, Aoshi Shinomori. Misao se da cuenta que Kenshin conoce a Aoshi y muy animada por saber dónde se encuentra, le pide información, pero Kenshin se niega y trata de alejarse constantemente de su lado.

Mientras viajaban a Kioto, Kenshin y Misao encuentran a un samurái moribundo sujetando a un niño en brazos. El Samurái le dice a Kenshin que viene de una aldea que fue tomada bajo el control de Shishio. De primera mano, Kenshin se da cuenta de la crueldad con la que los hombres de Shishio tratan a los habitantes de dicha aldea al ver los cadáveres de los padres del niño que salvaran un momento antes colgados de un palo y ya muertos después de haber sido asesinados por uno de los lugartenientes de Shishio, un hombre llamado Senkaku.

Soujiro recibe en la entrada de la mansión a Kenshin y a Saito, mientras que Misao y Eiji se encuentran afuera esperando la oportunidad para entrar y estar al tanto de lo que sucede, sin embargo los guardias mantienen cada sector vigilado. Kenshin conoce a Shishio y este le cuenta sus planes para conquistar al Japón. Kenshin se prepara para desafiarlo como venganza por haber asesinado a Okubo, pero de repente, Shishio llama a uno de sus sirvientes, quien resulta ser Senkaku, el homicida de los padres de Eiji.

Shishio siente que Kenshin todavía no es digno de enfrentarlo, ya que no despertó su instinto de asesino como lo es de Battousai, especialmente porque no mató a Senkaku y decide marcharse para continuar con su propósito, dejándole su espada a Soujiro para luchar contra Kenshin. Para la sorpresa de todos, el fulminante choque de ambos ataques hace que la espada de Kenshin quede destrozada. Soujiro le advierte a Kenshin que luchará nuevamente contra él. A pesar del resultado, Kenshin y los demás logran alejar al grupo de Shishio de la aldea dejando a sus pocos habitantes a salvo. Saito regresa al cuartel llevándose a Eiji para que sea cuidado por Tokio Tagami, su esposa, para sorpresa de Kenshin y Misao, mientras que estos continúan su marcha hacia Kioto.

Mientras Kenshin, Misao, Kaoru y Yahiko continúan hacia Kioto, Sanosuke continúa entrenando para fortalecer sus habilidades, pero parece extraviarse en el camino. En ese momento, conoce a un misterioso monje budista quien utiliza una técnica destructiva que impresiona a Sanosuke y le anima para que le enseñe. La técnica es denominada Futae no Kiwami, la cual tiene un impacto de doble golpe con un solo puño y es tan poderoso que es capaz de volver polvo el objeto más sólido en una fracción mínima de segundos. Con tal de dominar la técnica, Sanosuke le propone al monje que logrará aprenderla en un lapso de 7 días, pero este le advierte que es técnicamente imposible hacerlo en tan poco tiempo, aun así Sanosuke no da marcha atrás y comienza a practicar.

Kenshin y Misao finalmente llegan a Kioto y se dirigen al Aoiya, que es donde habita ella y el grupo de los Oniwabanshu. Kenshin se cubre su cicatriz con un adhesivo para pasar inadvertido y no involucrar a nadie en peligro. Allí conoce a Okina, el abuelo de Misao, quien le reconoce sin importar que tenga su cicatriz cubierta. Dentro de la casa Kenshin le cuenta a Okina sobre la grave situación que Kioto está pasando gracias a Shishio y lo sucedido con Aoshi y sus cuatro sirvientes. También descubre que hay una posibilidad de reparar su espada rota, su fabricante original es Shaku Arai, el artesano de la espada de filo invertido quien hace tiempo falleció y en su lugar se encuentra su hijo, Seiku Arai, y Kenshin se dirige con Okina a visitarlo. Seiku se rehúsa ya que solo se dedica a fabricar utensilios del hogar y no quiere fabricar armas que hagan daño a los demás, Kenshin respeta su decisión y busca otra manera de reparar su espada.

El sujeto se presenta como Chō Sawagejou, llamado también el "cazador de espadas", y es uno de los miembros del Juppon-Gatana bajo el servicio de Shishio. Kenshin se enfrenta a Chō, pero está en desventaja y no cuenta más que con la vaina de su espada sin filo para defenderse, pero logra golpear a Chō. Okina y Misao son testigos del combate, mientras que Seiku, desesperado por el peligro que corre Kenshin y su hija Iori, decide entregarle a Kenshin la última espada fabricada por su padre. Kenshin sin embargo no la desenfunda, ya que teme convertirse una vez más en Battousai y a su vez matar a su contrincante.

Kaoru y Yahiko son amablemente recibidos en el Aoiya por Misao y Okina y los mantienen al tanto de lo sucedido. Misao se ofrece para llevarla a la casa de Seijūrō Hiko para reencontrarse con Kenshin. Mientras que este encuentra a su maestro y le suplica que debe aprender el principio secreto del estilo Hitten Mitsurugi para derrotar a Shishio, pero Seijuro se niega, por lo poco agradecido que ha sido Kenshin con el y haberlo abandonado. Al rato, Misao, Kaoru y Yahiko, encuentran a Kenshin quien se sorprende mucho al verla. Seijuro se enoja por considerar a las visitas una molestia y decide irse con Kenshin a entrenar. Kenshin le dice a Kaoru que está enojado con ella por el peligro que corre al estar con él, pero al mismo tiempo feliz de verla y le advierte que tenga cuidado con Shishio y su grupo.

Misao está sumamente impactada al enterarse que Beshimi, Hyotokko, Shikiho y Hannya sacrificaron sus vidas para proteger a Aoshi de las manos de Ganryu Takeda, y a su vez que Aoshi persigue a Kenshin en nombre de los cuatro para derrotarlo y concederle el honor de los Oniwabanshu como los más poderosos. Mientras tanto, en el templo de la montaña Hiei, Aoshi llega al escondite de Shishio, pero tan solo quiere saber dónde se encuentra Kenshin ya que no desea unirse al grupo. Shishio le deja la libertad de enfrentar a Kenshin ya que eso facilitaría sus planes, a cambio de eso, Hoji le dice que es Okina el que puede darle información sobre Kenshin. En primera instancia, Hoji envía a un grupo de ataque nocturno conocido como los Fukuro al Aoiya para atacar a Okina, pero este y el resto de su grupo los vencen.

Mientras todos esperan por Kenshin en el Aoiya, él se encuentra con el maestro Seijuro entrenando arduamente. Al mismo tiempo Sanosuke logra llegar a Kioto terminando en la cárcel, siendo descubierto por Saito. Seijuro se muestra decepcionado al no ver ninguna mejoría de Kenshin y lo derriba una y otra vez. Sin embargo, Kenshin logra atacarlo por un mínimo instante, Seijuro considera su derrota y cumple su promesa de enseñarle la técnica secreta del estilo Hitten Misturugi, la cual se basa en el Kuzu Ryu Sen, una técnica base pero muy efectiva, y el Amakakeru Ryu No Hirameki, la más poderosa de sus técnicas.

Kenshin se marcha de la casa de su maestro agradeciendo todo lo que ha hecho por el, pidiéndole el favor de proteger a todos en el Aoiya mientras va en su lucha contra Sishio. En ese momento, Saito junto a Sanosuke se dirigen a la celda de Chō, y lo someten a un interrogatorio. Chō les cuenta todo sobre la llegada del grupo Juppongatana, conocido como "las diez espadas", al escondite de Shishio y su misión de incendiar por completo a Kioto. La policía envía un carruaje para trasladar a Kenshin y este finalmente llega al cuartel.

Kenshin y Saito se reúnen dentro del cuartel y son avisados de un peligro que corre el territorio de Kioto, en el cual Shishio planea incendiarlo por completo. Ambos salen enseguida en un carruaje además de Sanosuke quien se les une. Al llegar el anochecer, todos se encuentran en la costa. Sin embargo, Shishio revela a todos su más poderoso arsenal, el Rengoku, un gigantesco barco metálico de guerra y junto a sus aliados se preparan para iniciar el ataque al pueblo.

Kenshin y Saito planean una estrategia para poder entrar al Rengoku usando a Sanosuke como señuelo y distraer a los servidores de Shishio el mayor tiempo posible. Los dos llegan al barco y Sanosuke corre peligro de ser eliminado por unos cañones que lo atacan, pero gracias al Futae No Kiwami que aprendió del monje Anji, los disparos son fácilmente rechazados, impresionando a Hoji. Como último recurso, Sanosuke utiliza unos explosivos aparentemente simples, pero el impacto resultó ser mayor de lo que todos esperaban y el interior del Rengoku estalla. Shishio se da cuenta del error que cometió al subestimar a sus oponentes, y dan al Rengoku por destruido, luego promete a Kenshin verse en el templo de monte Hiei para la batalla final. Kioto está a salvo del peligro. Kenshin y Sanosuke regresan al Aoiya y nuevamente ve a Kaoru.

Llega el momento del combate final contra Shishio y el Juppongatana. Yumi Komagata se ofrece como escolta para guiar a Kenshin, Sanosuke y Saito. Anji, el monje budista, es el primer oponente que les espera, siendo Sanosuke su rival a pesar de que anteriormente entablaron amistad por aprender de Anji el Futae No Kiwami. Sanosuke se decepciona de Anji y le recrimina el mal camino que ha tomado por formar parte de la agrupación de Shishio, pero Anji lucha no solo por su instinto, sino también por su camino hacia "la salvación", prometiendo destruirlo todo incluso al mismo Shishio y ambos comienzan a luchar. Es muy clara la ventaja de Anji sobre Sanosuke, pues este aprendió la técnica básica con un solo brazo, incluso Anji se golpea a sí mismo para repeler cualquier ataque de Sanosuke, sin embargo, el hace lo mismo y no sufre daño por parte de Anji y aprovecha la oportunidad para asestarle un golpe directo y lo derriba.

Se muestra un epílogo sobre el pasado de Anji, solía vivir con un grupo de jóvenes bajo las enseñanzas de Buda. Vivían de manera muy pacífica hasta que agentes del gobierno golpearon por sorpresa a Anji dejándolo insconciente y posteriormente mataron a todos sus seres queridos incinerando la casa completamente. Cuando Anji volvió en sí, ya era demasiado tarde. Anji, cegado por la rabia y la ira, juró vengarse del gobierno construyendo su propio camino hacia la salvación, filosofía que adoptó a partir de entonces acabando con la vida de los que tanto le han hecho daño. El combate de Anji y Sanosuke continúa, ambos siguen golpeándose continuamente el uno al otro. Terminan exhaustos, y Sanosuke le sonríe a Anji haciéndole entender que a pesar de los errores, vender su alma al demonio y mancharse las manos no es la forma de honrar la memoria de sus seres queridos. Anji recapacita que se equivocó y aunque la pelea quedó inconclusa, reconoce que su mal camino lo llevó a la derrota.

Usui es el segundo oponente en aparecer. Sanosuke se recupera de sus heridas gracias a la medicina de Megumi y el cuidado de Anji. Saito ordena a Kenshin y a Sanosuke que se marchen hacia el siguiente nivel llevándose a Yumi, y estos continúan, la razón de ello es porque Saito lucha contra Usui para vengarse por el homicidio de 50 de sus oficiales y al no estar Kenshin presente, no tendrá duda en matarlo. El Gatotsu de Saito parece no afectar a Usui y con su lanza Saito es herido en sus piernas, pero el arma de Usui también es destruida.

Kenshin y Aoshi vuelven a enfrentarse así como lo han prometido, sin embargo, Kenshin nota que el Aoshi de ahora es completamente diferente al de antes, quien le responde que a cambio de derrotar a Kenshin, abandonó todo, su orgullo, su compasión e incluso a los Oniwabanshu, eligió el camino criminal aun si tuviese que vender su alma a Shishio y perjudicar su futuro, pues eliminar a Kenshin y considerarse el más poderoso es su único objetivo. Mientras tanto, Yumi se escabulle y a escondidas le comunica todo el combate a Shishio a través de un telégrafo.

Kenshin reconoce que el estado mental de Aoshi es sumamente débil pues solo quiere complacer sus propios fines egoístas al precio de dejarlo todo para ser el más poderoso. Aoshi no se inmuta ante sus palabras y continúa atacando pero Kenshin le hace reconocer la realidad y Aoshi recapacita, pero quiere superarlo a cambio de terminar la pelea, Kenshin está de acuerdo y finalmente aparece el Aoshi de siempre. Sanosuke descubre que Yumi le comunica todo lo sucedido a Shishio y alarma a Kenshin, pero es muy tarde, ambos utilizan sus técnicas más poderosas entregándolo todo para ganar.

Yahiko es bombardeado y cortado por Henya continuamente quedando malherido. Sin embargo, no se da por vencido, ya que su principal inspiración y motivo de lucha es Kenshin a quien ha visto en sus constantes batallas, y utiliza la ondas explosivas de Henya como propulsión para elevarse sobre el y logra golpearlo hasta hacerlo caer. Yahiko sale victorioso pero queda insconciente. Es el turno de Kaoru y Misao de hacerle frente a Kamatari. Ambas inician un ataque sorpresivo aprovechando el peso de la hoz de Kamatari, pero no da resultado ya que la bola de acero encadenada a la hoz golpea salvajemente a Misao y cae en el techo, mientras Kaoru es atacada con las ondas cortantes de la hoz.

Fuji y Saitsuchi aprovechan que todos están exhaustos y se preparan para destruir. Yahiko se recupera y les pide a los demás que no se rindan, pues su creencia en Kenshin lo impulsa a seguir luchando. Fuji usa su gran espada para matar a Yahiko, pero inesperadamente Hiko Seijuro aparece y le hace frente a Fuji. Seijuro conversa con el reconociéndolo como un verdadero guerrero y no como un objeto manipulado por Saitsuchi y este se enfada convenciéndolo que solo debe obedecerlo a el por salvarle la vida.

Kenshin llega a la habitación e inmediatamente descubre que no puede predecir los movimientos de Soujiro pues él no muestra emociones. Le dice que él usa su espada sin filo para proteger a los más débiles y no para matar, pero Soujiro le dice que de ser así por qué no lo salvó a él, lo cual despierta una duda en Kenshin.

Se revela que Soujiro vivía con la familia de su padre, ya que era huérfano de madre, pero al haber nacido fuera del matrimonio era maltratado y despreciado y obligado a trabajar duramente. Él siempre sonreía pues así se aburrían de golpearlo. Una noche vio como Shishio asesinaba a un polcía; Shishio le dijo que si lo escondía y le daba vendas y alimento, él no lo mataría y le dio su espada para que se defendiera, inculcándole de ese modo su ideal de "el más fuerte sobrevive". Cuando la familia se dio cuenta de que Soujiro lo escondía, decidieron asesinarlo y hacer creer que fue Shishio; pero para defenderse, Soujiro los mató. Luego decidió ir con Shishio para hacerse más fuerte. Kenshin aún sigue sin predecir las habilidades de Soujiro ya que se encuentra confundido por no haberlo protegido y ahora sus movimientos se muestran más feroces.

Kenshin y Soujiro enfrentan sus mejores técnicas y Kenshin logra ganar con su Amakakeru Ryū no Hirameki. Él y Sanosuke siguen hasta la última habitación, donde se encuentra Shishio. Mientras tanto, Soujiro le cuenta a Yumi el secreto del Amakakeru Ryū no Hirameki (que consistía en que el pie izquierdo se adelanta) y le pide que tome el pasadizo y le informe a Shishio como su regalo de despedida, pues él va a buscar su propia verdad.

Yumi ha llevado a Kenshin y Sanosuke hasta la Sala del Fuego, la cual está en la azotea después de cruzar un puente. Allí se encuentran Shishio y su administrador. Shishio cuenta que su objetivo es explotar el petróleo luego de tomar el control de Japón y derrocar el gobierno Meiji. Se desata la lucha, aunque Kenshin está en desventaja por las peleas contra Soujiro y Aoshi. Shishio utiliza técnicas basadas en la pólvora de sus guantes y el aceite humano en su espada, para encenderle fuego. Logra lastimar mucho a Kenshin y lo muerde en el hombro alegando que los más débiles son su alimento.

Kenshin no puede emplear su Amakakeru Ryū no Hirameki pues el secreto ha sido revelado. Shishio lo ataca con la pólvora de sus guantes y causa una pequeña explosión que deja inconsciente a Kenshin. Llega Saito y se enfrenta con Shishio, aunque este lo ataca en las heridas que tenía en las piernas y logra vencerlo. Luego, Sanosuke lo enfrenta con sus puños pero también resulta inútil ya que Shishio le quiebra los puños. Al final llega Aoshi Shinomori.

Aoshi lucha contra Shishio porque siente que hizo perder tiempo y energías a Kenshin y que le dará tiempo para regresar. Shishio no entiende de lo que habla ya que piensa que Kenshin está muerto y logra vencer también a Aoshi. De repente las hojas empiezan a moverse y se dice que es la reacción con el espíritu de la espada de Kenshin. Kenshin recuerda a Kaoru y eso le da fuerzas para seguir luchando y enfrenta a Shishio con todo lo que tiene y le asesta un buen golpe con la espada.

Yumi se interpone entre Shishio y Kenshin pues el cuerpo de Shishio no puede controlar su temperatura y no puede tener actividad física por más de 15 minutos y ese tiempo ya se había excedido. Mientras Yumi está rogando a Kenshin que no ataque a Shishio, este le atraviesa su espada y a la vez logra herir a Kenshin. Yumi muere feliz de haber podido ayudar a Shishio y Kenshin le reprocha porque fue capaz de sacrificar a alguien que ama por su deseo de poder. Shishio se prepara para atacar pero su temperatura ha subido tanto que su sangre se evapora y termina quemándose. Cuando Kenshin, Sanosuke, Aoshi y Saito se van, Hoji se vuelve loco al ver que Shishio ha muerto y destruye las rejillas de ventilación de las calderas que controlan la refinería ocasinando un fuego para que todo sea destruido y ellos mueran, sin embargo todos logran escapar menos Saito, cosa que enfurece a Sanosuke al no ser capaz de terminar su duelo pendiente.

Han escrito a Megumi para que vaya a Kioto a tratar a los heridos y ella asiste inmediatamente. Un mes después, todos están sanando favorablemente. Mientras Aoshi pasa todas las mañanas en el templo, los demás van al Shirobeko (la versión de Kioto del Akabeko de Tokio) y allí se encuentran a Chō, quien fue liberado por la policía y exonerado de su expediente a cambio de trabajar como espía para beneficio del gobierno. Chō les cuenta a todos sobre el destino de cada uno de los miembros del Juppongatana, quienes impresionaron al gobierno con sus habilidades y fueron perdonados. Henya trabaja como espía aéreo en el ejército. Saitsuchi siendo un habilidoso hombre para las negociaciones, trabaja con el ministro de relaciones exteriores.

Kaoru siente que todos han permanecido en Kioto lo suficiente, además de todos los sucesos que ha marcado la vida de Kenshin en su lucha contra Shishio, por lo que deciden regresar a Tokio. Antes de ello, cada uno toma rumbos diferentes como una despedida. Kenshin va al cementerio a dejar flores a la tumba de una mujer de su pasado y al mismo tiempo se despide de Seijuro. Megumi conversa con Kaoru sobre el peligro que Kenshin corría estando muy malherido y que para la próxima vez todos deben estar más preparados. Yahiko se dirige al monte Hiei para ver la escena de la batalla contra Shishio hecha cenizas encontrándose con Sanosuke, pero en realidad Sanosuke aún sigue tras los pasos de Saito porque deseaba terminar su pelea inconclusa. Aoshi y Kenshin prometen volver a verse, mientras que Saito jura que volverá a encontrarse con Kenshin para continuar con su lucha. Finalmente, Misao se despide de todos en el tren dirigido a Tokio y Kenshin siente que por fin ha vuelto a casa.