Спокойствие Кэнсина нарушается появлением его старого врага Сайто Хадзимэ, с началом эры Мэйдзи взявшего новое имя и начавшего работать на токийскую полицию. Сайто под видом торговца лекарствами приходит в додзё Каору и наносит серьёзную рану находящемуся там Саносукэ.

Сообщник Сайто по имени Акамацу Арундо обманом заставляет Кэнсина покинуть додзё. Кэнсин быстро побеждает Акамацу в бою и возвращается домой. Тем временем в додзё, пользуясь статусом полицейского, беспрепятственно входит Сайто. Между старыми врагами начинается битва.

В ходе поединка с Сайто Кэнсин начинает постепенно возвращаться в состояние хитокири. Бой прерывается появлением Кавадзи Тосиёси, начальника Сайто, и Окубо Тосимити, министра внутренних дел. Окубо сообщает Кэнсину о появлении в Киото опасного заговорщика по имени Сисио Макото, планирующего свергнуть правительство Мэйдзи, и просит Кэнсина покончить с этим человеком. Кэнсин не даёт прямого ответа.

Срок, данный Кэнсину для решения, подходит к концу, и Каору начинает беспокоиться, что бродячий воин покинет её. После убийства Окубо Тосимити одним из приближённых Сисио, Сэтой Содзиро, Кэнсин прощается с Каору и отправляется в Киото.

Синомори Аоси оказывается захвачен идеей убить Кэнсина ради подтверждения того, что его погибшие подчинённые были «сильнейшими». Сисио Макото, заинтересовавшись Аоси, проверяет его силы. Тот легко убивает четырёх своих противников, но отвечает отказом на предложение Сэты Содзиро присоединиться к Сисио.

По дороге в Киото Кэнсин встречает Макимати Мисао, участницу Онивабан-сю, промышляющую разбоем. Она разыскивает Аоси и остальных, не зная о том, что произошло с ними в Токио. Поняв, что Кэнсину о них что-то известно, Мисао преследует его.

Путешествуя по тракту Токайдо, соединяющему Киото с Токио, Кэнсин и Мисао натыкаются на раненого человека, который вскоре умирает. Его младший брат по имени Эйдзи сообщает, что их родную деревню захватили люди Сисио. Кэнсин и Мисао вместе с Эйдзи и догнавшим их Сайто Хадзимэ направляются в деревню для встречи с Сисио.

В резиденции Сисио Кэнсин сражается с его приспешником по имени Сэнкаку и легко одерживает верх. Мисао и Эйдзи, предоставленные сами себе, пробираются к резиденции, чтобы самостоятельно отомстить Сэнкаку за смерть брата и родителей Эйдзи.

Кэнсин вызывает Сисио на поединок, но тот отказывается, оставляя вместо себя Сэту Содзиро, и покидает деревню. Бой Кэнсина и Содзиро заканчивается вничью, причём Кэнсин ломает свой меч-сакабато. Отряд полиции освобождает деревню от людей Сисио. Кэнсин и Мисао продолжают свой путь в Киото.

Заблудившись в лесу, Саносукэ встречает буддийского монаха по имени Юкюдзан Андзи, владеющего разрушительной кулачной техникой Футаэ но Кивами. Саносукэ осваивает эту технику, тренируясь на пределе возможностей, после чего Андзи показывает ему дорогу в Киото.

Добравшись до Киото, Кэнсин и Мисао встречаются с Окиной, главой киотских Онивабан-сю. Он помогает Кэнсину найти Араи Сэйку, сына кузнеца, выковавшего сакабато. Сэйку отвечает отказом на просьбу Кэнсина сделать новый меч. Вскоре после этого Савагэдзё Тё, один из людей Сисио, похищает Иори, маленького сына Сэйку, и требует выдать ему последнюю работу отца Сэйку, чрезвычайно ценный меч.

Сэйку отдаёт последнюю работу отца Кэнсину, вынужденному выбирать между спасением ребёнка и убийством Тё. Кэнсин принимает решение нарушить свою клятву никогда не убивать, но после нанесения решающего удара обнаруживает, что полученный им меч — тоже сакабато, и таким образом, Тё не убит. Вскоре после этого Кэнсин отправляется к своему бывшему учителю Хико Сэйдзюро.

Хико Сэйдзюро, живущий в окрестностях города под видом гончара, отказывается преподать Кэнсину финальные техники стиля Хитэ́н Мицуру́ги. Тем временем Яхико и Каору, прибывшие в Киото, встречают Мисао и втроём идут к Хико, который после разговора с ними соглашается завершить обучение Кэнсина.

Узнав о том, что произошло с Аоси и его подчинёнными в Токио, Мисао приходит в отчаяние. В это время сам Аоси заключает союз с Сисио. Окина намеревается убить обратившегося ко злу Аоси, но проигрывает в бою с ним. Пока Окина восстанавливает силы, Мисао объявляет себя главой Онивабан-сю.

Кэнсин начинает тренировки под руководством Хико. Тот, сочтя, что Кэнсину недостаёт воли к жизни, и полагая дальнейшее обучение опасным и для него, и для окружающих, пытается убить своего ученика. Однако Кэнсину, осознавшему свой недостаток, всё же удаётся овладеть финальной техникой стиля Хитэн Мицуруги под названием Амакакэ́ру Рю но Хирамэ́ки.

Сайто Хадзимэ прибывает в Киото и находит в тюрьме Саносукэ, арестованного за драку. Вместе они допрашивают Савагэдзё Тё, который рассказывает, что Сисио Макото планирует начать завоевание страны с поджога Киото. Тем временем Сисио собирает свой элитный отряд под названием Дзюппонгатана.

Кэнсин догадывается, что Сисио планирует использовать поджог Киото в качестве прикрытия для морского обстрела Токио. Сайто, Саносукэ и Кэнсин отправляются в Осаку, ближайший портовый город, и находят в гавани «Рэнгоку» (Чистилище), боевой корабль Сисио, готовый к отплытию.

Саносукэ повреждает корабль Сисио, используя бомбы, которые дал ему перед походом в Киото Цукиока Цунан. Сисио предлагает Кэнсину встретиться для решающего боя в своей штаб-квартире, и Кэнсин соглашается. Онивабан-сю во главе с Мисао и отряды полиции предотвращают пожар в Киото.

Саносукэ, Сайто и Кэнсин отправляются в штаб-квартиру Сисио. Первым их встречает Юкюдзан Андзи, научивший Саносукэ кулачной технике Футаэ но Кивами. Он обменивается ударами с Саносукэ, которому удаётся повергнуть своего учителя на пол.

Андзи и Саносукэ продолжают бой. Буддийский монах считает, что мир можно спасти, только очистив его от тех, кто не заслуживает спасения, но Саносукэ убеждает Андзи, что его способ спасения мира неверен. Андзи проигрывает бой.

Сайто принимает вызов Уонумы Усуя, слепого фехтовальщика. Усуй обладает исключительным слухом, который он именует «Око Сердца». Из боя с ним Сайто выходит победителем и убивает врага. Тем временем люди Сисио окружают Аойю, гостиницу, которую Онивабан-сю содержат в качестве прикрытия.

В штаб-квартире Сисио Кэнсин встречает Синомори Аоси, которому обещал бой ещё в Токио. Аоси твёрдо намерен убить Кэнсина, чтобы доказать, что его подчинённые были сильнейшими бойцами. Кэнсин и Аоси начинают поединок.

Бой между Аоси и Кэнсином продолжается. Кэнсину удаётся убедить противника в неправильности его намерений и выиграть схватку. Аоси избавляется от одержимости местью и возвращается в своё прежнее состояние.

Люди Сисио нападают на Аойю. Яхико одерживает верх над бойцом по имени Карива Хэнъя, способным парить в воздухе, а Каору и Мисао побеждают вооружённого огромной косой Хондзё Каматари. Третий из нападающих, толстяк Ивамбо, сбегает с поля боя. На место побеждённых приходят хитрый старик Сайдзути и великан Фудзи.

При виде Фудзи защитники Аойи теряют надежду на победу, но вовремя появившийся Хико Сэйдзюро побеждает великана, спасая Аойю и её обитателей. Тем временем Кэнсин готовится к сражению с Сэтой Содзиро.

Кэнсин и Содзиро начинают бой, причём последний оказывается сильнее за счёт полного отсутствия эмоций и одной из своих техник под названием Сюкути, позволяющей ему двигаться с очень большой скоростью. Кэнсин получает несколько серьёзных ран, когда Содзиро рвёт шнурок на своей обуви и, чтобы завязать его, останавливает бой.

Завязывая шнурок, Содзиро вспоминает день, когда он встретил Сисио и подавил все свои чувства, чтобы стать сильным и убить приёмную семью, которая очень плохо с ним обращалась. Содзиро снова обретает эмоции, что даёт преимущество Кэнсину, способному угадывать намерения оппонента по его эмоциональному состоянию.

Содзиро и Кэнсин используют друг против друга свои сильнейшие техники: Кэнсин — изученное ранее Амакакэру Рю но Хирамэки, а Содзиро — атаку под названием Сюн Тэн Сацу. Кэнсин выходит из боя победителем, однако Содзиро разгадывает секрет его главной техники и сообщает о своём открытии Сисио.

Кэнсин вступает в поединок с Сисио, который, благодаря некоторым особенностям своего меча, может применять в бою техники, связанные с огнём. Сисио легко блокирует атаку Кэнсина и зубами вырывает кусок мяса из его плеча.

После новой атаки Сисио Кэнсин теряет сознание от утомления и потери крови. Сайто и Саносукэ пробуют сразиться с Сисио, но тот без усилий расправляется с ними. После этого на поле боя появляется Аоси, перешедший на сторону Кэнсина.

Сисио побеждает Аоси, но вмешательство командира Онивабан-сю даёт Кэнсину время прийти в себя. Кэнсин продолжает битву с Сисио, одной из особенностей которого является необычно высокая температура тела, не позволяющая ему сражаться более нескольких минут.

Температура тела Сисио начинает сказываться на его состоянии. Комагата Юми, женщина Сисио, пробует защитить своего возлюбленного, но погибает от его руки: он пронзает Юми своим мечом, убивая её и раня Кэнсина. Пытаясь покончить с ним, Сисио самовоспламеняется от перегрева и сгорает дотла. Садодзима Ходзи, советник Сисио, потрясённый смертью своего руководителя, взрывает штаб-квартиру.

Саносукэ и Аоси, избежав взрыва, приносят ослабевшего Кэнсина в Аойю, где за ним ухаживает приехавшая из Токио Такани Мэгуми. Месяц спустя, когда Кэнсин и его друзья окончательно оправляются от ран, им наносит визит Савагэдзё Тё и сообщает о судьбе членов Дзюппонгатаны.

Саносукэ показывает Яхико место, где проходила битва с Сисио. Мэгуми объясняет Каору серьёзность ран Кэнсина, в то время как сам Кэнсин приносит цветы на могилу некой женщины[12]. Через несколько дней после этого Кэнсин и его друзья возвращаются в Токио.