어느 평온한 오후. 켄신은 문득 10년 전 막부 말의 쿄토에서 신선조와 싸우던 일을 생각해내고 불길한 느낌에 휩싸인다. 그 이후, 켄신 일행이 잠시 자리를 비운 동안, 사노가 지키고 있는 도장에 손님이 찾아오고 그 손님은 사노를 공격해 중상을 입히고 사라진다. 그 손님의 정체는 바로 켄신의 숙적이었던 신선조의 3번대 조장, 사이토였는데…

사이토와의 대결로 인해 중상을 입은 사노. 사노의 상처를 보고 켄신은 범인이 신선조 3번대의 조장, 사이토의 짓이란 사실을 깨닫는다. 이러한 켄신 앞에 한 통의 편지가 날아들고, 켄신은 편지에 적힌 결투 장소를 찾아가는데 그곳에서 기다리는 건 사이토가 아닌 아룬도란 암살자였다.

신선조의 사이토와 드디어 1 대 1 대결을 하게 된 켄신. 그런데 사이토와대결을 하던 도중, 켄신이 점점 예전의 피도 눈물도 없던 칼잡이 발도제의 모습으로 돌아간다. 이러한 모습을 지켜보며 가슴을 졸이는 카린. 그러나 위기 일발의 순간, 이들을 막는 사람이 나타나는데…

내무 장관인 구보로부터 시시오의 암살을 의뢰 받은 켄신. 하지만 대답을 하기로 약속한 날, 구보가 시시오의 부하에 의해 암살을 당하고 만다. 이 사실을 알게 된 켄신은 마음속으로 어떤 결심을 하게 되는데…

켄신이 교토로 떠난 뒤. 카린은 삶의 의욕을 상실하고 눈물로 날을 지새운다. 한편 사노는 켄신의 뒤를 쫓기로 하지만 사이토에게 저지를 당한다. 니가 가봤자 켄신의 약점만 될 뿐이라는 말에 사노는 내심 충격을 받는데…

교토로 떠난 켄신의 뒤를 쫓아서 카린과 미언. 그리고 사노는 각각의 길을 서둔다. 한편 친구들한테 폐를 끼치지 않기 위해서 홀로 교토로 향하던 켄신은 노숙을 하던 도중 강도한테 당하고 있던 소녀를 구하게 되는데 알고 보니 이 소녀 또한 노상 강도였다.

어느 날 우연히 만난 미사오라는 소녀. 알고 보니 미사오는 스파이 군단의 아오시가 키운 소녀였다. 아오시를 찾아다니던 미사오는 켄신이 아오시에 관해서 알고 있다는 걸 눈치채고 그 때부터 열심히 켄신을 쫓아다니지만, 정작 켄신은 아오시에 관해서 한 마디도 꺼내지 않는데…

결국 미사오와 함께 여행을 하게 된 켄신. 그런데 숲 속에서 빈사의 상태에 빠진 남자를 만나게 되고, 이 남자는 켄신에게 시시오의 손아귀에서 자신의 동생과 마을을 구해달란 말을 남기고 눈을 감는다. 결국 켄신은 무슨 일인지를 알아보기 위해서 마을로 향하는데…

신월촌을 찾아온 사이토에 의해서 시시오가 지금 교토가 아닌 신월촌에 있다는 사실을 알게 된 켄신. 그리고 켄신과 사이토는 드디어 시시오와 대면하게 된다. 시시오는 이들 앞에서 자신의 진정한 야망이 무엇인지를 설명한다. 한편 미사오와 에이지 또한 시시오의 저택에 몰래 숨어들려 하고 있었는데…

신월촌을 찾은 시시오를 만나 그의 야망에 관해서 알게 된 켄신. 하지만 시시오는 켄신에게 교토에서 싸우자면서 뒷일을 세타에게 맡기고 사라져 버린다. 하지만 구보 장관을 암살했던 세타는 만만치 않은 상대. 켄신은 세타가 지금까지 만나왔던 다른 상대들과는 뭔가가 다르다는 것을 깨닫게 되는데…

켄신을 쫓아 교토로 향하던 사노는 숲 속에서 바위를 순식간에 가루로 만드는 안지라는 파계승을 만나게 된다. 사노는 그 비법을 전수 받기 위해서 안지에게 가르침을 구하고 일주일 안에 그 비법을 터득하지 못하면 자신의 목숨을 내놓겠다는 약속까지 하는데…

드디어 교토에 도착한 켄신과 미사오. 켄신은 미사오를 길러준 할아버지 오키나를 만나고 그도 예전에 스파이 군단의 일원으로서 교토의 정찰 임무를 맡고 있었다는 사실을 알게 된다. 그리고 그의 도움으로 부러진 역날검을 대신할 검을 구하기 위해 최고의 도공이라 일컬어진 샤쿠를 찾아 나서는데…

새로운 검을 찾아 검을 만드는 도공 아라이 샤쿠를 찾은 켄신. 하지만 샤쿠는 이미 세상을 떠났고 아들인 세쿠는 검을 만드는 일을 그만두고 있었다. 한편 샤쿠가 만든 마지막 검이 있단 정보를 입수한 십본도의 쵸우는 세쿠의 아들을 인질로 그 검을 빼앗으려고 하고 이러한 사실을 알게 된 켄신은 세쿠의 아들을 구하기 위해 맨손으로 쵸우와 맞서는데....

십본도 쵸우를 물리치고 새로운 역날검을 손에 넣은 켄신. 오키나는 켄신이 찾고 있던 마지막 한사람 히코 세이쥬로의 주소를 알려준다. 자신의 스승인 히코 세이쥬로를 찾아 비천 어검류의 비술을 전수 받으려고 하는 켄신. 바로 그 때 그곳에 켄신을 찾아 교토에 온 카린과 미언이 나타나는데…

자신의 스승인 히코 세이쥬로를 찾은 켄신은 비천어검류의 마지막 비술의 수련에 들어간다. 한편 켄신에게 복수를 하기 위해 교토를 찾은 아오시는 결국 시시오와 손을 잡게 되고 자신의 목적을 위해서 예전의 동료였던 오키나 마저 치려고 하는데…

자신의 스승인 히코 세이쥬로를 찾아 비천어검류 마지막 비술의 수련에 몰두하는 켄신. 하지만 이를 배우기란 쉽지 않다. 스승인 히코 세이쥬로는 켄신에게 비술을 배우기 전에 너한테 빠진 것이 있다며 그게 무엇인지를 알아내라고 하는데...

켄신을 찾아 교토에 왔던 사노는 사이토와 재회한다. 그리고 그와 함께 경찰에 잡혀 있던 시시오의 부하 십본도 중의 한 사람인 칼 사냥꾼 쵸우로부터 시시오의 목적이 무엇인지를 알게 되고, 너무나도 놀라운 사실에 이들은 경악하게 되는데…

비천어검류의 비술을 완벽하게 터득하고 하산한 켄신은 곧장 경찰서로 가 사이토와 합류한다. 거기서 자신을 찾아온 사노와도 재회하게 된 켄신. 하지만 재회의 기쁨도 잠시, 이들은 시시오의 야망을 막기 위해 서둘러 오사카로 향한다. 한편 시시오는 도쿄를 공포의 도가니로 몰아넣기 위해 전함 연옥의 출항을 서두르고 있었는데…

드디어 시시오를 찾아낸 켄신 일행. 하지만 시시오가 타고 있는 전함 연옥의 엄청난 규모에 할 말을 잃는다. 그러나 사노가 가지고 있던 작열탄으로 연옥에 치명적인 상처를 주는 데 성공하고 시시오는 켄신 일행에게 자신의 아지트로 와서 마지막 결전을 치를 것을 제의한다.

마침내 시시오의 아지트를 찾아온 켄신 일행. 이들을 맞이하는 건 시시오의 부하인 유미. 유미는 이들에게 각 방에서 한 명씩, 켄신 일행을 맞이할 십본도가 대기하고 있다는 얘기를 전해준다. 첫 번째 방에서 기다리고 있었던건 명왕 안지. 안지로부터 이중 극점을 배웠던 사노는 안지의 출현에 내심 놀라지만 결국은 자신이 안지와 맞서 싸우기로 결심한다.

십본도의 첫 번째 자객이자 자신에게 이중극점을 가르쳐 준 안지와 맞서 싸우게 된 사노. 갖은 고생 끝에 안지를 쓰러뜨리지만 승리의 기쁨도 잠시. 안지는 불굴의 정신력으로 다시 일어선다. 그리곤 자신이 명왕이 될 수밖에 없었던 이유를 켄신 일행에게 들려주는데…

시시오의 아지트에 돌입한 켄신 일행은 두 번째 자객인 우스이와 맞서게 된다. 심안을 쓰는 우스이는 무서운 상대. 사이토는 그를 자신이 맡겠다며 켄신과 사노를 먼저 보낸다. 한편 아오이 정에 남아있던 카린 일행 앞엔 3명의 십본도가 나타나 대결을 요청하는데…

아오이 정의 위기 소식을 듣고 앞길을 서두르던 켄신. 그런 켄신 앞에 드디어 아오시가 나타난다. 미사오와의 약속과 재대결의 약속을 지키기 위해 아오시와 맞서는 켄신. 하지만 인간의 마음을 버리고 악귀로 변한 아오시는 엄청난 힘으로 켄신을 궁지에 몰아넣는데…

드디어 아오시와 맞서게 된 켄신. 하지만 켄신의 처절한 외침이 얼어 붙어있던 아오시의 정신을 깨우고 이들은 정정당당한 한판 승을 벌이기로 결심한다. 한편 아오이 정에 남아있는 사람들을 해치러 간 십본도는 드디어 카린 일행과 맞붙게 되는데…

아오이 정을 습격해온 십본도와 맞서 싸우게 된 카린 일행. 누구나가 다 열세로 보는 가운데 십본도 비상의 헨야와 맞서 싸운 미언은 놀라운 투지로 상대방을 물리치는 데 성공한다. 한편 대낫의 하리와 맞서 싸운 카린과 미사오는 궁지에 몰리면서도 끝까지 희망을 잃지 않는데…

십본도의 헨야와 하리를 물리치고 한시름을 놓은 카린 일행. 그런데 그곳에 십본도의 마지막 자객, 사이치와 후지가 나타난다. 엄청난 덩치를 가진 후지의 모습에 경악하는 카린 일행. 이제는 정말 마지막이라고 절망한 순간 켄신의 스승인 히코 세이쥬로가 나타나 위험에 빠진 이들을 구해준다.

드디어 천검의 세타와 맞서게 된 켄신. 세타는 축지라는 놀라운 기술로 켄신을 궁지에 몰아넣는다. 하지만 켄신과 맞서면 맞설 수록 세타의 마음속에서 꼬리를 무는 의문들. 세타는 살생을 하지 않은 켄신의 행동에 의문을 가지게 되는데…

켄신과 맞서면서 세타는 자신의 어린 시절을 떠올린다. 강한 자는 살고 약한자는 죽는다. 세타가 이러한 신념을 가지게 된 데에는 어렸을 때 자란 집에서 받은 모진 구박이 원인이 되었던 것이다.

계속되는 세타와 켄신의 대결. 하지만 마침내 세타는 켄신의 천상용섬 앞에서 무릎을 꿇게 된다. 자신의 인생에 관한 해답은 스스로가 찾아야된다는 켄신의 말에 시시오 곁을 떠나기로 결심하는 세타. 그리고 켄신은 마침내 시시오가 기다리는 방으로 향하는데…

드디어 시시오가 기다리는 방에 도착한 켄신. 그리고 켄신과 시시오는 마침내 숙명의 대결을 벌이게 된다. 칼끝에서 불꽃을 일으키는 비검 염령으로 켄신을 몰아붙이는 시시오. 거기에 켄신의 공격은 시시오한테 통하지 않는데…

시시오가 사용하는 최고의 비검 염령. 시시오가 자유자재로 구사하는 화염검이 집요하게 켄신을 쫓고 괴롭힌다. 그리고 두 번째 위기가 찾아오는데…

켄신이 쓰러지고 사이토가 쓰러지고 사노도 쓰러졌다. 그리고 최후의 희망 아오시가 시시오 앞에 섰다. 힘을 잃어버린 검이 불러일으킨 것은 긍지인가 아니면…

시시오와의 싸움을 마치고 아오이 정으로 돌아온 켄신 일행. 교토엔 드디어 평화가 찾아온다. 중상을 입은 켄신을 위해 도쿄에서 미나가 달려오고 그 후로 한달 후. 십본도의 쵸우가 찾아와 붙잡힌 십본도들의 행방에 관해서 알려준다.

시시오와의 싸움을 끝내고 건강을 되찾은 켄신 일행은 도쿄로 돌아가기로 한다. 켄신은 교토를 떠나기 전 어떤 무덤에 성묘를 하고 카린과 미사오는 아쉬운 이별의 정을 나누는데…