Kaoru est une jeune maître de Kendo enseignant à l'école de Kamiya Kasshin. Elle se lance sur les traces d'un terrible assassin qui a sévi sous la Restauration de Meiji et tristement célèbre pour ses exploits, Hitokiri Battosai. En cherchant réparation auprès de ce dernier, elle croise le chemin d'un curieux vagabond...

Sur le chemin du restaurant auquel comptait se rendre Kenshin et ses amis, il fait la rencontre d'un jeune garçon qui détrousse les gens pour survivre. Après qu'on lui ait appris les détails de son passé tourmenté, Kaoru décide de se lancer tête baissée à son aide et va finir par tomber dans un repère de brigands.

Alors que Kenshin s'est absenté acheter du tofu pour préparer le repas, des policiers font leur apparition dans le dojo de Kaoru afin de s'entretenir avec Kenshin. Consciente de la situation, Kaoru charge Yahiko de prévenir Kenshin qu'il est poursuivit par la police.

Un jeune homme du nom de Sanosuke Sagara équippé d'une immense lame zanbato part en quête d'un adversaire de taille suceptible de pouvoir de se mesurer à lui. Lorsqu'il apprend la présence de Battosai sur les lieux, la haine qu'il voue envers les royalistes ressurgit et il décide de défier Kenshin.

Sanosuke faisait partie d'une fausse armée dénommée Sekihotai chargée de recruter des hommes pour le gouvernement au temps de la Restauration, mais elle a été décimée pour trahison. Un seul membre a échappé au massacre, il s'agit de Sanosuke, et il voit un moyen de se venger en abattant Kenshin dans un duel sans merci.

Le gouvernement demande à Kenshin de l'aider à protèger un de ses membres menacé de mort par un tueur en série se faisant appeler Kurogasa (chapeau noir), lequel utilise une dangereuse technique hypnotique.

Kenshin se présente devant Jineï à l'heure exacte de leur rendez-vous. Aussitôt, les deux hommes commencent à se battre. Mais Jineï est déçu par son adversaire qui a perdu de son talent d'assassin...

Sano et Kenshin sont patis jouer aux dés avec quelques amis. Alors qu'ils sont entrain de perdre le peu d'argent qu'ils leur reste, une femme poursuivis par deux hommes entre avec fracas et les supplie de l'aider.

Sano a vu tomber des capsules d'opium de la poche de Megumi et est furieux après elle lorsqu'il apprend que c'est elle qui les a fabriquées. Elle se confie alors à ses nouveaux amis et raconte son triste passé.

Kenshin et ses amis parviennent à entrer dans la grande propriété qui sert de repère au gang de Kanryu Takeda. Ce dernier est très impressionné par la puissance de Kenshin...

On se retrouve plongé au coeur du combat qui oppose Kenshin à Aoshi, le maître des lieux. Les deux combattants rivalisent d'ingéniosité et mettent en oeuvre leurs meilleures techniques mais seul le plus rusé parviendra à vaincre, à moins que la Gatling, une puissante mitrailleuse importée des USA, vienne jouer les trouble-fêtes...

Le jeune et orgueilleux Yahiko s'entraîne de toutes ses forces au maniement du sabre afin de ressembler un jour à Kenshin, son modèle de toujours. Au cours d'un entraînement, il fait la rencontre de Tsubame, petite serveuse qui a maille à partir avec des brigands. Yahiko, pour qui vaincre ces vagabonds est une question d'honneur, va puiser au fond de lui-même toute l'énergie et la force nécessaires pour les affronter...

Pour avoir déserté l'entraînement, un sumotori se fait violemment corriger par ses comparses. Kenshin et ses amis parviennent à le sortir de ce mauvais pas et Kaoru propose même de l'entraîner pour développer ses indéniables capacités de combattant.

Megumi a su se faire une place dans la société et jouit dorénavant d'une certaine popularité grâce à la qualité des soins qu'elle prodigue. Mais arrive un jour un homme doté de pouvoirs quasi mystiques qui parvient avec une facilité déconcertante, devant une foule médusée, à soigner un homme accablé par un mal de ventre foudroyant.

Le Jinpu Taï est une organisation souterraine qui lutte contre la restauration de l'ère Meiji et contre l'ouverture du Japon à l'Occident. Elle accuse les politiciens de diverses malversations et bénéficie de la confiance de la majorité des citoyens, qui voient en elle le défenseur de la veuve et l'orphelin. Pour exécuter un haut fonctionnaire, l'organisation tente de recruter un ancien assassin devenu maître d'école...

Hashizume ordonne à la Jinpu Taï de se débarrasser de Sasaki, de Kenshin et des autres témoins gênants. Mais le combat entre Kenshin et Toma est vite interrompu par l'arrivée des hommes de ce dernier, qui apportent un message de Hashizume. Celui-ci a décidé d'éliminer Yamagata, le ministre de la Défense, et l'attire dans un piège. Heureusement, Kenshin est là...

Le cirque Ebisu vient d'arriver en ville et propose une numéro exceptionnel: Marimo, le canon humain. Mais le patron d'un cirque concurrent est bien décidé à saboter le numéro en question afin de récupérer les spectateurs. Heureusement, Yahiko, qui est tombé amoureux de Marimo, décide d'aider cette dernière et il sera évidemment suivi par Kenshin, Kaoru et Sanosuke...

Yahiko, qui prend de plus en plus d'assurance, vient encore de se débarrasser d'un gredin qui faisait du grabuge à l'auberge. Mais ce succès lui monte à la tête et il déclare à Kaoru qu'il veut se battre avec une vraie épée et plus avec un sabre en bois. Gohei, qui cherche toujours à se venger de Kenshin, va attirer ce dernier dans un piège en utilisant Yahiko...

La petite troupe du dojo Kamiya se rend à Izu pour passer quelques jours de vacances chez la soeur du docteur Genzai. Ils font la connaissance du jeune maître du domaine, Yaruto, qui rêve de devenir un homme d'épée aussi fort que l'était son père. Alors qu'il se promène à cheval, Yaruto est attaqué par des bandits. Il est sauvé par un puissant guerrier, Raijuta...

Kenshin a sauvé Yutaro de la noyade et l'a ramené chez la soeur du docteur Genzai pour le soigner. Une fois Yutaro remis, Kaoru lui propose de devenir son maître et de lui enseigner la technique du Kamiya Kasshin. Pendant ce temps, Raijuta continue de faire venir des guerriers Shinko de tout le pays et s'apprête à mettre son plan à exécution...

L'armée attaque la propriété de Yutaro, où les hommes de Raijuta se sont retranchés. Les victimes sont nombreuses de part et d'autre et Kenshin décide alors de défier Raijuta en personne afin de mettre fin au massacre. Yutaro, de son côté, se rend finalement compte que Raijuta l'a utilisé depuis le début.

Nos amis décident de se rendre à Yokohama et pour ce faire, ils vont prendre le train pour la première fois. Une fois installée dans le train, Kaoru pense à tout ce qu'elle va faire à Yokohama tandis que Sanosuke, lui, semble plutôt effrayé. Mais le voyage prend un tournant inattendu quand le train est attaqué par des voleurs.

Sanosuke a décidé d'aider Katsuhiro dans sa lutte, sans rien dire ses amis. A la place, il décide d'organiser une fête au dôjo. Le soir même, alors que Kaoru et les autres se sont endormis sous l'effet de la fatigue et de l'alcool, il se lance avec Katsuhiro à l'attaque d'un ministère. Mais ils trouvent Kenshin sur leur route.

Depuis quelques temps, des pirates appelés les Kairyu écument les parages et un marchand recrute des mercenaires afin de protéger ses bateaux. Kenshin, Sanosuke et Yahiko décident de s'engager afin de gagner un peu d'argent pour enfin se payer un repas digne de ce nom. Bien entendu, le bateau se retrouve bientôt attaqué par les pirates.

Les Kairyu sont de retour sur leur île. Certains d'entre eux souhaitent torturer Kenshin pour s'amuser mais Shura les en empêche. Ginjo, qui supporte de plus en plus mal d'obéir à Shura, décider de rallier secrètement les autres mécontents de son côté et de passer un marché avec le marchand Senboya.

Kenshin s'est précipité dans la cascade afin de sauver Shura et il doit maintenant retirer la balle qui est restée dans sa jambe. Heureusement, il peut compter sur le soutien de deux compagnons restés fidèles à Shura. Lorsque cette dernière reprend connaissance, elle comprend qu'il ne lui reste plus qu'à dissoudre les Kairyu.