C'est l'heure de la remise des diplômes au Lycée de Beverly Hills, mais alors que la cérémonie commence, toute la promotion, incluant Sam, Clover et Alex, s'évanouit mystérieusement ! Quand ils se réveillent dans le lycée, les élèves ne sont pas certains de ce qu'il s'est passé.

Les Spies arrivent à l'Université de Malibu. Clover et Alex ont été placées dans la même chambre, Sam est temporairement avec une autre colocataire. Elle commence à la trouver étrange, elle ne dort jamais, est très compétitive, et semble excessivement jalouse du succès de Sam en cours. Quand les étudiants les plus intelligents commencent à disparaître, Sam devient suspicieuse.

Alors que les filles regardent la liste des cours, elles sont ravies de voir qu'il y a un Cours d'Espionnage. Le professeur les choisit pour un exercice de reconstitution d'un illustre évènement d'espionnage du passé. Il s'avère en fait que cette reconstitution n'était qu'un stratagème du professeur pour obtenir cette arme secrète et ainsi faire porter le chapeau aux filles.

Jerry convoque les filles pour une mission de la plus haute importance : elles doivent transporter un criminel extrêmement dangereux vers une prison de très haute sécurité du WOOHP : une grand mère octogénaire de bon tempérament. Utilisant ses aiguilles à tricoter comme des nunchakus, elle évince les Spies une par une, les éjectant du véhicule et prenant la fuite avec !

Maintenant que Blaine est officiellement son petit ami, Clover est plus heureuse que jamais. Alors que les filles sont envoyées en mission pour appréhender un méchant qui travail toujours en solo, Clover est soudainement attaquée par un inconnu. Quand Sam et Alex examinent les indices, elles commencent à penser l'impensable, c'est Blaine qui en a après Clover !

Avec Blaine est en mission secrète, Clover tente de se remonter le moral en faisant les trucs qu'elle adore faire. Quand elle retourne à l'appart, Sam l'accuse de s'être appropriée un de ses devoirs et Alex l'accuse d'avoir emprunté sa voiture et de l'avoir accidentée ! Clover n'en croit pas ses oreilles. C'est comme si le monde s'écroulait de nouveau autour d'elle.

C'est la semaine associative à Mali-U et Clover va postuler pour intégrer une nouvelle association d'élèves, Phi Epsilon Phi. Alors que Clover commence à fréquenter l'asso, Sam et Alex la trouve changée. Et quand d'autres assos sur le campus se font attaquer mystérieusement, elles commencent à suspecter le PEP, tout comme le pin's de l'asso que porte Clover.

Pour leur première mission européenne, Jerry envoie les filles enquêter sur la disparition d'une équipe de gymnastes Roumaines. Mais le temps qu'elles arrivent à Bucarest, l'équipe est de retour saine et sauve. L'entraîneur de l'équipe affrime à Sam, Clover et Alex que c'était une fausse alerte.

Sam, Clover et Alex décident de faire une petite excursion dans la campagne italienne. Malheureusement le calme n'est que de courte durée. Soudain, les Spies sont attaquées et se cachent. Après inspection, il s'avère que l'attaque ne leur était pas destinée. Elles sont au beau milieu d'une querelle entre deux frères pizzaïolos.

Pour leur troisième et dernière mission en Europe, Sam, Clover et Alex sont envoyées pour enquêter sur de mystérieuses disparitions parmi les critiques de mode Européens. Alors qu'elles enquêtent, elles découvrent que le designer de chaussure Français, Yves Montblanc, est en cause. Pour se venger des critiques qui ont "cassés" sa dernière ligne de chaussures, il les a kidnappés.

Quand Sam, Clover et Alex se font attaquer dans divers endroits du campus, elles commencent à penser que d'anciens méchants sont en cause. Cependant, quand Jerry leur annonce que les méchants suspectés sont toujours dans leur cellule au WOOHP, les filles restent perplexes.

Alors que Sam, Clover et Alex marchent dans le campus, elles entendent un étrange bruit. "Woohp! Woohp!". Les filles sont sous le choc en découvrant qu'un groupe d'élèves fait ce qui s'avère être un enchaînement de techniques secrètes du WOOHP ! Comment l'enchaînement de techniques secrètes du WOOHP est-il connu du grand public ?

Le niveau des mers de la planète monte dangereusement. Pendant cette enquête, elles réalisent que le phénomène est causé par un homme et elles découvrent que le coupable n'est autre que le Capitaine Hayes. Son plan ? Rassembler les gens les plus riches et célèbres dans son hôtel et faire monter le niveau des mers pour qu'il soit avec eux pour l'éternité.

Un scientifique fait une découverte incroyable en Antarctique : un genre de Yéti congelé dans un bloc de glace ! Mais quand les Spies arrivent pour enquêter dans la station de ski, il s'avère qu'elles ne sont pas les seules sur l'affaire. Elles font la rencontre de Martin, un enquêteur du paranormal qui travaille pour Le Centre, une organisation top secrète un peu comme le WOOHP !

WOOHP a reçu des informations sur des attaques dans divers restaurants de sushis de la ville. Les filles sont envoyées pour enquêter et découvrent des indices plutôt inhabituels. Quand elles arrivent sur la scène, le restaurant est attaqué par des Pieuvres/Sushis géantes ! Elles combattent les créatures mutantes puis les suivent jusqu'à un étrange laboratoire sous-marin.

Alex et Clover sont sous le choc en voyant Sam rencontrer Jazz Handz ! Elle la suivent jusqu'à un laboratoire secret, où elles la voient voler une puce électronique. Clover et Alex n'arrivent pas à le croire ! Alors que Sam quitte le laboratoire, elles l'interceptent et l'amènent au WOOHP pour son propre bien. Mais Sam n'est pas prête à se rendre sans se battre.

Sam met ses amies au courant de ce qu'elle sait sur le dernier projet de Jazz Handz : Mime World. Même si elle sait qu'il prépare un sale coup, elle ne sait pas exactement quoi, mais elle est quasiment certaine que la puce électronique qu'elle a volé pour Jazz Handz dans l'épisode précédent a un rôle à jouer.

Alors que d'étranges attaques surviennent à l'encontre d'étudiants de Mali-U, Jerry demande à Sam, Clover et Alex d'enquêter, ce qui est carrément pratique car elles vivent sur place ! Après une petite enquête, les filles découvrent que les victimes des attaques sont tous des athlètes de Mali-U et que toutes ces attaques ont été faites par la même créature.

Jerry envoie les Spies en mission pour capturer un méchant ridicule qui a créé un sérum spécial le transformant en Humongo Man version géante, sa figurine préférée ! Virgil découvre une fiole du sérum que les Spies ont fait accidentellement tomber, il décide de se transformer en une "super version" de lui-même pour être à la hauteur d'Alex !

Lors du pique-nique annuel du WOOHP, les filles sont surprises d'apprendre que le prix de l'agent le plus Fantastique du WOOHP est attribué à Clover. Mais tout ceci monte vite à la tête de Clover qui agit de façon hautaine face à ses amies. Jerry n'a d'autre choix que de séparer les Spies qui ne s'entendent plus.

Les filles ont quartier libre pour aller faire du shopping toute la journée au Groove ! Comme par magie, elles découvrent qu'il est quasiment vide, ce qui leur donne un accès facile à toutes leurs boutiques préférées. Tout est parfait jusqu'à ce que les filles tentent de partir. Elles découvrent qu'elles sont enfermées à cause d'un champ de force invisible qui entoure le Groove !

Les filles sont briefées pour leur mission : enquêter sur un objet volant non identifié au-dessus de Beverly Hills. Quand les filles arrivent sur les lieux, elles sont soulagées de voir qu'il ne s'agit ni plus ni moins d'un ballon météorologique, sans danger, jusqu'à ce qu'elles s'approchent et qu'il commence à leur tirer dessus !

Jerry envoie les filles enquêter sur d'étranges évènements qui se déroulent dans Beverly Hills, tornades de crasse, crues de boue, énormes moutons de poussières géants. Les filles découvrent que quelqu'un tente de salir délibérément leur ville !

Jerry est contacté par une société qui veut acheter le WOOHP et privatiser la lutte contre le crime avec son armée de droïdes. Lorsqu'il convoque Sam, Clover et Alex pour les informer que leur vie de Spies va se terminer, les filles sont choquées. Les filles découvrent que depuis l'arrivée des droïdes à Beverly Hills, le crime et la délinquance n'ont fait qu'augmenter !

Alors que les filles tentent de trouver des indices sur l'endroit où se trouve Jerry, elles décident de se rendre chez lui. Sur le chemin, les rues de Beverly Hills sont en proie à des activités criminelles chaotiques. La piste d'un droïde les mène en Angleterre, et plus précisément chez la mère de Jerry, dans son sous-sol.