Iedereen in de eindejaars klas van Sam, Clover en Alex krijgt een blackout, wanneer ze wakker worden blijken ze in een replicaschool gevangen te zitten.

Sam, Clover en Alex komen aan in Malibu University, een prachtige school met uitzicht op de Stille Oceaan, maar omdat ze zo laat werden toegelaten op de school zitten ze met een probleem. Sam zit tijdelijk opgescheept met een onbekende kamergenoot.

Terwijl de meisjes de klassencatalogus voor hun eerste semester doornemen, zijn ze blij dat ze een cursus vinden die "Spionage 101" heet. Gezien het feit dat ze echte spionnen zijn, besluiten Sam, Clover en Alex om zich aan te melden en een gemakkelijke 10 te krijgen. Maar hun docent lijkt andere plannen te hebben.

Jerry informeert Alex, Sam, en Clover om een extreem gevaarlijke crimineel te escorteren naar WOOHP's extreem beveiligde gevangenis. De spionnen zijn een beetje nerveus in het begin, totdat ze de schurk ontmoeten. Een oudere, lieve dame met de naam, "De Oma.".

Met Blaine als Clover's officiële vriendje is het liefdesleven van Clover perfect. Ze was er zelfs van overtuigd dat hij "de ware" was. Hoewel haar liefdesleven geweldig is, loopt haar spionnenleven niet zo soepel. Zo begint het er steeds meer op te lijken dat Blaine een schurk is.

Geraldine creëert een holografische beeld van Clover en steelt Sam's essay, ruïneert Alex' auto en steelt een WOOHP wapen.

Het is Griekse week in Mali-U en Clover is hyped omdat ze bij een nieuwe studentenvereniging, Phi Epsilon Phi, of kortweg PEP, gaat toetreden. Sam en Alex zijn niet al te geïnteresseerd, zeker niet als ze ontdekken dat Mandy en haar net zo onaangename neef Mindy, allebei hoopvol zijn voor PEP! De leider van PEP heeft een sinister plan waarbij ze haar makkers moeten hersenspoelen!

Wanneer Jerry besluit dat het tijd is om een beetje R&R in Europa te nemen, neemt hij de meisjes mee naar het Europese kantoor van WOOHP in Parijs - dat zich onder de Eiffeltoren bevindt. Hun eerste missie in europa gaat om een vermiste gymnasten team.

Met weinig gebeurtenissen in de wereld van de spionage besluiten Sam, Clover en Alex om een klein uitstapje te maken naar het Italiaanse platteland. Ze komen aan bij een schilderachtige toscaanse villa die het beeld is van sereniteit. Helaas duurt de sereniteit niet lang.

Voor hun derde en laatste Euro-missie worden Sam, Clover en Alex gestuurd om de mysterieuze verdwijningen van verschillende Europese modecritici te onderzoeken.

Als Sam, Clover en Alex op verschillende plaatsen in Mali-U worden aangevallen, beginnen ze door de aard van de aanslagen te vermoeden dat het de schuld is van vroegere schurken.

Het is een heldere, zonnige dag op de Mali-U campus. Terwijl Sam, Clover, Alex en Britney over het plein slenteren, horen ze plotseling een vreemd geluid. "Woohp! Woohp!" Tot hun grote verbazing kijken ze op om een groep studenten te zien doen wat de officieel gesanctioneerde WOOHP-trainingsroutine lijkt te zijn.

Het waterpeil rond de aarde stijgt, de spies moeten uitzoeken wat er aan de hand is.

Eenn vreemd wezen terroriseert een chique skigebied. Wanneer de spies aankomen om de luxueuze plek te onderzoeken, vinden ze dat ze niet de enige zijn die op de zaak zitten.

De spionnen worden gestuurd om vreemde meldingen van aanvallen op sushi restaurants te onderzoeken!

Kwaadaardige mime Jazz Hands opent zijn eigen themapark: Mime-wereld!

Er worden vreemde aanvallen gepleegd op studenten over de hele Mali-U campus.

Clover neemt een theaterklas in Mali-U, waarna al snel iedereen rond de campus zich raar begint te gedragen. Iedereen die in het toneelstuk zit doet als zijn of haar personage, zowel op als buiten het toneel.

Jerry stuurt de spionnen op een missie waar ze snel een belachelijke schurk vangen die een speciaal serum heeft gemaakt om zichzelf in een real-life versie van Humongo Man te veranderen.

Op de jaarlijkse WOOHP-picknick zijn de meisjes verrast wanneer de 'Meest WOOHP-tastic Agent' award naar niemand anders gaat dan... Clover, voor haar aanhouding van Senor Starchy, een boosaardige schurk die op "het rechtzetten van de wereld" uit is!

Het is zaterdagmiddag en nadat Jerry de meisjes vertelt dat hij geen missie voor hen heeft, worden Sam, Clover en Alex hyped voor een totaal winkeltastische dag in The Groove!

Het is vakantieperiode, maar de Spionnen krijgen geen vakantie. Hun laatste missie is het onderzoeken van een ongeïdentificeerd vliegend voorwerp - recht boven Beverly Hills!

Smerige tornado's, vloedgolven en enorme weggelopen stofhazen teisteren Beverly Hills.

Er is besloten dat de Spionnen worden vervangen door robots, de agenten en Jerry worden gedwongen met pensioen te gaan.

De spionnen volgen de kwaadaardige robot agenten naar Engeland, waar ze ontdekken dat Jerry's moeder verantwoordelijk is voor de ontvoering van Jerry, Mandy, Britney, Dean en Blaine, na per ongeluk boosaardig te zijn geworden door een machine die Jerry aan het testen was.