Terence is terug en hij roept Tim Scam, Helga Von Gugen, Boogie Gus en Myrna Beesbottom op om een team te vormen tegen de spies.

Tijdens een schoonmaakbeurt van Jerry's kantoor, ontdekken de spionnen een gadget dat hen per ongeluk twintig jaar de toekomst in stuurt. Terwijl ze daar zijn, ontdekken ze al snel de gruwelijke waarheid dat Mandy Beverly Hills regeert en ze is van plan om iedereen te 'mandyficeren'.

De meisjes ontdekken een geheime samenzwering van ouders die hun kinderen hersenspoelen om model tieners te worden. En het wordt nog veel erger wanneer Alex direct in de val loopt.

Alex wordt naar de Dorsal Academy in Engeland gestuurd nadat ze alleen maar onvoldoendes op haar rapportkaart heeft gekregen. Vervolgens komen de spies erachter dat de directeur van plan is om iedereen in dolfijnen te veranderen!

Een mimespeler is van plan om iedereen in stille mimespelers te veranderen met zijn accordeon na een mislukte poging tot wraak.

Iemand saboteert Mandy's spa machine waardoor ze tot een reus groeit.

Tim Scam stuurt Jerry zijn favoriete chocolade met Terence's DNA om hem kwaadaardig te maken!

Jerry is uitgenodigd om te werken voor een spionagefilm. Maar wat hij niet weet is dat de regisseur een vermomde Lumière is, en dat hij van plan is wraak te nemen op alle andere producenten voor het weigeren van zijn film!

Na een vernedering in de lunchroom wordt Arnold depressief achtergelaten. Wanneer de spies die avond kijken hoe iemand in een gepantserd busje inbreekt, verschijnt Arnold verkleed als superheld en probeert hij de man te pakken te krijgen.

Een voormalige beroemde manicuurster wil wraak nemen op een salon voor het stelen van zijn klanten, door zijn voormalige klanten als volgelingen te gebruiken. Clover wordt onwillig een van zijn volgelingen.

Jerry stuurt de spionnen weg op een vakantie op de WOOHPtanic, maar beseft dan dat de tijd zich herhaalt.

Mannen vallen in een verdwaasde slaap. De spionnen komen erachter dat een seksistische Violet Vanderfleet een onbekende hybride van giftige bloemen heeft gebruikt, de Viola Vanderfleetus, om de mannelijke helft van de beschaving te vernietigen als gevolg van haar eigen mislukte relaties.

De drie rijkste mensen ter wereld worden ontvoerd, dus worden de meisjes gestuurd om de vijfde rijkste persoon, de materialistische Milan Stilton, te beschermen.

Candy Sweet van seizoen 1 "Black Widows" komt terug met haar gloednieuwe DVD die alle cheerleaders hypnotiseert om haar uit de gevangenis te breken! Na het zien van een voorvertoning wordt Clover onwillig een gehersenspoelde cheerleader.

Een kwaadaardige ijsman maakt een speciaal ijsje dat stikstof bevat en dat iedereen die het aanraakt kan bevriezen.

Een voormalig schoonheidspecialist creëert schoonheidsproducten die vreselijke resultaten geven! Sam en Alex hebben ook last van de producten.

De spies kopen nieuwe super coole armbanden, maar de volgende dag blijkt dat deze armbanden alle herinneringen van hun spionnen-leven heeft gewist. Zonder hun kennis van al het spionnen gebeuren gaan ze verder met hun tiener levens.

Sam, Clover en Alex hebben eindelijk hun vorige levens bij elkaar gepuzzeld, maar is het al te laat?

Een blonde juwelendief staat op het punt om een grote juwelendiefstal te plannen op het speciale nachtvenster van Venus die op één lijn staat met andere planeten, waaronder de Aarde. De meisjes vallen helaas voor zijn onstuimige goede uiterlijk...

De trainer van het Beverly Hills-voetbalteam is met pensioen gegaan en wordt vervangen door een nieuwe. Deze nieuwe trainer gebruikt bal met een mind-control chip om het perfecte voetbalteam te creëren. Alex verandert hierdoor in een meedogenloze en gekke speler!

De spionnen worden undercover gestuurd als landarbeiders om een plot te ontmaskeren om mensen in plantaardigachtige wezens te veranderen.

De spionnen worden naar de maan gestuurd om een band te redden.

Wanneer de moeders van Clover, Alex en Sam ontdekken dat hun dochters spionnen zijn, gaan ze helemaal uit hun dak en laten ze Jerry weten dat ze er meteen een einde aan maken. De spionnen gaan terug naar het gewone burgerleven.

Clover, Alex en Sam ontdekken dat Mandy, Caitlin en Dominique allemaal getroffen zijn door een shampoo die hen heeft veranderd in "spionage-moordenaars" die de moeders van de spionnen hebben ontvoerd!

De spionnen zijn door Mandy gevangen genomen, Jerry schakelt de hulp in van de moeders van de spionnen om de meisjes te redden.