Un mystérieux personnage a dérobé des gadgets high-tech dans plusieurs laboratoires secrets. Les espionnes sont dépéchées sur place pour mener l'enquête.

En enquêtant sur d'étranges disparitions, les filles découvrent un cirque rempli de créatures extraordinaires et un Monsieur Loyal particulièrement maléfique.

Un concepteur de logiciels a créé un virus informatique qui transforme tous ceux qui y sont exposés en disciples loyaux : les Spy Girls mènent l'enquête.

Les Spy Girls enquêtent sur la chute inhabituelle de météorites un peu partout sur la Terre. Elles découvrent la responsable : une astrologue jalouse.

Un barman, avide de vengeance, fabrique un café qui rend accro celui ou celle qui en boit. Jerry envoie les filles enquêter sur cette affaire.

Les Spy Girls découvrent qu'un malfaiteur a remonté le temps pour persuader Jerry, plus jeune, de créer un WOOHP différent qui répandrait partout le mal.

Les filles enquêtent sur une princesse riche et puissante, qui kidnappe et enferme des athlètes et des mannequins pour son propre divertissement.

Pour se venger des Spy Girls, un malfaiteur fabrique un robot-morpheur, capable de prendre l'apparence de n'importe quel être humain.

Des barres vitaminées, créées par un ancien Mister Univers, développent dangereusement les muscles des sportifs qui en consomment. Les espionnes mènent l'enquête.

Les espionnes doivent trouver le moyen d'arrêter Arnold qui se retrouve en possession d'une pierre magique qui rend ringards tous ceux qu'il croise.

Un dentiste aigri, qui autrefois connut une renommée mondiale, veut se venger de ceux qui ont ruiné son cabinet en maltraitant la dentition de ses patients.

Les espionnes doivent sauver leur collègue Britney, coincée sur une île qui tient lieu de pénitencier pour les pires criminels que le WOOHP ait arrêtés.

Sam, Alex et Clover enquêtent sur une maladie insolite qui a mystérieusement fait perdre leurs talents à de nombreux adolescents.

Lors de la fête de Noël au WOOHP, un verre d'alcool est renversé sur l'ordinateur central qui se met à attaquer toutes les personnes présentes.

Alors que Sam et Alex la critiquent sur son manque d'enthousiasme au travail, Clover surprend ses amies lors d'une mission, en éliminant le méchant toute seule.

Clover gagne un voyage dans un avion rempli de célébrités, mais le pilote s'avère être un malfaiteur fou qui veut rester dans les airs pour toujours.

Des installations gouvernementales secrètes sont envahies par des insectes, entraînés par un ancien magnat de la désinsectisation, Max Exterminus.

Alors qu'Alex refuse de révéler qui elle préfère, de Sam ou de Clover, un journaliste anglais invente un gaz qui oblige ses victimes à toujours dire la vérité.

Jerry, qui a adopté un mode de vie basé sur le feng shui, ne porte pas d'intérêt à un tremblement de terre qui a lieu à l'autre bout du monde.

Jerry doit se marier avec l'ancienne nourrice des filles. Alors que Clover et Alex sont enthousiastes, Sam trouve cet amour plus qu'étrange.

C'est Halloween et les Spy Girls doivent garder Chucky, un garçon insupportable ; un malfrat profite de l'occasion pour tenter d'éliminer les filles.

Les filles enquêtent sur un professeur de yoga en train d'acquérir un popularité exceptionnelle, ses disciples sont apparemment recrutés par la force.

Un scientifique malfaisant a inventé un appareil qui fait rétrécir le cerveau de la population, pour la faire régresser à un stade primitif.

Jerry propose aux filles de devenir agents d'élite du WOOHP. Elles suivent une formation avec un séduisant jeune homme, mais celui-ci est fait prisonnier.

Accompagnées de Jerry, Sam, Clover et Alex se lancent à la poursuite de Terence et de Dean, afin de les empêcher de déclencher le projet «Droïde-Espion».