Na segunda temporada, que começa com a segunda parte do último episódio da primeira, as espias tentam desvendar os emigmas do vilão Marco Lumière. No final do episódio, Alex, que tinha sido sequestrada, é salva enquanto o vilão é preso. Num dos episódios da temporada, as mães de Alex, Sam e Clover são controladas pelo vilão Tim Scam (que já tinha participado na série na primeira anterior). O vilão Sebastian Saga, primeiro vilão apresentado na série, também regressa nesta temporada num ep. A agência S.P.I., uma rival da WOOHP, acaba a resolver todos os casos da WOOHP, mas no final as Espias descobrem a farsa e a agência acaba por fechar!