Alex wordt ontvoerd door een duivelse filmmaker. Als Clover en Sam haar ooit levend willen terugzien, moeten de twee helden in zijn nieuwe spionnenfilm spelen...

Een archeoloog doet alsof hij is verdwenen en beraamt een complot om oude magie te gebruiken om zichzelf het eeuwige leven en macht te geven. De spionnen, met de hulp van de assistent van de professor, moeten hem tegenhouden.

Roodharigen beginnen wereldwijd te verdwijnen na een bezoek aan de nieuwe Cutting Edge Hair Salons. Sam denkt dat ze de ideale keuze is om dit te onderzoeken, maar het lijkt erop dat wie er ook achter zit, zijn of haar quotum heeft gehaald. Maar ze hebben nog steeds een tekort aan blondjes en al snel is het aan Sam en Alex om Clover en de andere meisjes te redden voordat 'The Harvest' begint.

De spionnen stellen vast dat hun baas zich vreemd gedraagt en ontdekken dat een kwaadaardige wetenschapper genaamd Dr. V het brein van Jerry heeft overgenomen. Ze worden uiteindelijk gekrompen tot microformaat en redden Jerry in een micro-sub, zoals in de film "Fantastic Voyage".

Zanzibar wint elk evenement in de Olympische Winterspelen ondanks het feit dat ze niet eens traint. De spionnen gaan undercover op de wedstrijden om uit te vinden of de coach van het team een nieuwe en niet detecteerbare methode van valsspelen heeft ontwikkeld.

De meisjes zijn verstrikt in een missie wanneer ze iets leren over een nieuwe cologne van Natalie Valentine. Door deze cologne gaan mannen op zoek gaan naar hun "ware liefde". Zelfs Jerry is onder invloed!

Boy Candy, een boyband die niet langer populair is, ontvoert de leden van de nieuwe populaire band Teensicle en steelt vervolgens hun gezichten. Dit vlak voor een optreden in Rusland.

Frankie Dude, een ex-surfer die zijn teen stootte tegen de pier van een strandresort, krijgt wraak door het vernietigen van resorts op de voorheen geliefde surfplekken. Hij doet dit met behulp van tsunami's. Ondertussen gaat Sam in hongerstaking om te protesteren tegen het feit dat de lunchdame wordt vervangen door een automaat.

Op zoek naar moederdag geschenken vinden Clover, Sam en Alex een flyer over een speciale aanbieding in een kuuroord. Maar als ze daar aankomen, merken ze dat hun moeders zich niet normaal gedragen. Ze komen erachter dat hun aartsvijand Tim Scam uit de gevangenis is ontsnapt en hun moeders heeft overgenomen. Jerry daarentegen brengt moederdag door bij zijn moeder.

Kinderen beginnen overal in Amerika te verdwijnen, inclusief Clover's broederneef Norman. Het enige wat de vermiste kinderen gemeen hebben is dat ze allemaal fans waren van de nieuwe kinderserie "Zooney Land".

Terwijl Jerry aan het vissen is met de president in de hoop een afspraak bij het Witte Huis te krijgen, moeten de meisjes babysitten op Madison, de 11-jarige dochter van de president. Het probleem is dat jaren in aanwezigheid van de media en de geheime dienst zijn, haar in een echte snotaap hebben veranderd. Hierdoor houden de meisjes afstand van haar, waardoor het gemakkelijk is voor een gigantische robotspin om haar te ontvoeren. Een mysterieuze man eist dat een gekke wetenschapper wordt vrijgelaten of anders komt Madison nooit meer thuis!

Schijnbaar gewone vrouwen in heel Amerika blijven worden gek en vallen mannen en niet geïnfecteerde vrouwen aan. Alle geïnfecteerde blijken afstammelingen te zijn van een oude gilde van krijgersvrouwen, die alle mannen en inferieure vrouwen wilden uitroeien. Ze hebben gefaald. Maar iemand doet het idee herleven met behulp van hun nakomelingen, en Sam is een van hen!

Feestjes in Beverly Hills zetten de feestgangers er aan toe hun omgeving te vernietigen. Wanneer de spionnen onderzoek doen, ontdekken ze dat Sebastian, die uit de gevangenis is ontsnapt, wraak neemt door de plaatsen te vernietigen die de spionnen dierbaar zijn.

Het nieuwe en super efficiënte spionagebureau, "Super Protectie International" zet WOOHP buiten de deur. Hierdoor komt Jerry zonder baan, en laat Alex en Clover hartzeer achter. Sam denkt dat er iets mis is met S.P.I, maar kan ze zonder bewijs anderen haar laten geloven?

Dieren beginnen menselijke intelligentie te ontwikkelen, terwijl mensen zich dierlijk gaan gedragen. Kunnen de spionnen de gekke wetenschapper tegenhouden die dit veroorzaakt? Nu de Clover zich als hond begint te gedragen moeten ze haar uit de buurt van de brandkranen houden?

De Spionnen gaan kamperen in een afgelegen saskatchewan bos om de rommelige maar alarmerende boodschap te onderzoeken van een TV-nieuwsploeg die verdween terwijl ze onderzoek deden naar houthakkers, boeren en wandelaars die in het gebied verdwenen zijn.

Alex blundert steeds vaker en omdat ze op hun laatste missie werden vergezeld door een nieuweling, agent Britney, Bedenkt Alex dat het voor haar gedaan is, en ze neemt ontslag voordat ze ontslagen kan worden.

Sam en Alex vonden het vreemd dat een worstelaar en een bibliothecaris van persoonlijkheidskenmerken wisselden, maar het wordt ronduit verontrustend wanneer Clover en Jerry zich als elkaar gaan gedragen.

Clover heeft een date met een voetballer, en weet Sam en Alex mee te slepen om met tweedle-dee en tweedle-dumber te gaan. Wanneer de meisjes worden weggeroepen voor een missie. De meisjes worden in een val gelokt wanneer de schurk ontsnapt door de liftschacht. Ze bungelden op de 75ste verdieping, zonder gadgets herinneren ze zich aan de goede oude tijd bij WOOHP.

Terwijl ze uitkijken naar een leuk weekendje weg van WOOHP, wordt de skitocht van de school een ramp wanneer Sam, Clover en Alex een kamer delen met Mandy. Als dat nog niet erg genoeg is, is een van hun oude vijanden ontsnapt en op zoek naar wraak. Ze moeten voorkomen dat ze worden gedood, en Dr. Gelee te vangen zonder een van hun klasgenoten te tippen dat er iets vreemds gebeurt.

Zonder enige reden verschijnen er datingcabines uit het niets. Alle meisjes in Beverly Hills, Sam, Alex en Mandy inbegrepen, zijn er verslaafd aan en krijgen er erg lekkere vriendjes bij. Maar Clover vermoedt dat er iets mis is en besluit om het tot op de bodem uit te zoeken, zelfs zonder de hulp van Jerry.

Wanneer Sam op de Brain Busters show is, gebeurt er iets mysterieus! Sam vergeet ineens alle antwoorden en ze verliest. Alex en Clover vermoeden dat er iets anders aan de hand is dan een spelshow. Ondertussen probeert Jerry tests uit te voeren op Sam, maar ze ontsnapt. Alex en Clover vinden een intelligentie-zuigend apparaat in de capsules.

Helga Von Gugen is terug met haar nieuwe kledinglijn, Mystique. Het zuigt het leven uit iedereen die het waagt te dragen.

Een high-tech speelgoedfabrikant gebruikt militaire microchips om zijn actiefiguurspeelgoed realistischer te maken. Onbedoeld begint het speelgoed voor zichzelf te denken en is het gericht op wereldheerschappij.

De meisjes overtuigen Jerry om hen een onofficiële opdracht te geven waarbij ze undercover gaan in een TV Studio. Het is hun taak om de vermiste ster van hun favoriete soap, "Spies Of Our Lives", te vinden. Wat veel gevaarlijker blijkt te zijn dan ze hadden verwacht.