L'équipe retourne à la plage où le tueur en série Gregory Yates avait enterré ses victimes quand un autre corps est découvert. Rollins rend alors visite à Yates en prison pour obtenir des aveux, mais il fournit à la place des informations qui conduisent l'équipe à un suspect différent : le médecin légiste de l'Unité. Pendant ce temps, Barba s'inquiète de la possibilité que Yates fasse appel de sa condamnation en cour de justice.

L'équipe décide de faire une seconde enquête dans les meurtres de Yates lorsque le corps démembré de sa fiancée est découvert sur la rive. Les indices conduisent alors au médecin légiste, Carl Rudnick, qui a omis de divulguer ses liens du passé avec Yates. Après que le sergent Benson ait placé Rudnick en état d'arrestation, Barba pousse l'équipe à recueillir le plus de preuves contre le médecin légiste afin d'obtenir une condamnation. Avec un procès imminent, Rudnick engage deux avocats de la défense pour affronter Barba en cour. Pendant ce temps, Rollins découvre qu'elle est enceinte et en informe Benson.

Avery est une adolescente transgenre de 15 ans qui semble bien dans sa peau. Passionnée de photo, elle décide d’aller au parc après le lycée. Mais elle croise la route de Darius et deux de ses amis, qui ne comprennent pas pourquoi elle porte une jupe et la bousculent en l’insultant. Au cours de la bousculade, Avery bascule du haut d’un pont et les garçons prennent la fuite. Comme il s’agit d’un délit à caractère discriminatoire, l’unité spéciale est prévenue et se charge de l’affaire, promettant aux parents d’Avery de mener l’enquête à son terme. Grâce à des vidéos retrouvées sur les réseaux sociaux, les policiers retrouvent les trois garçons qui ont bousculé Avery.

Un enfant de 4 ans est retrouvé errant dans la rue. Lorsque les enquêteurs parviennent à l'identifier et à retrouver sa mère, ils découvrent dans l'appartement familial sa soeur de 8 ans, enfermée dans une cage, battue et affamée. Ils la conduisent à l'hôpital, mais la petite fille décède. Benson décide de faire inculper l'employé des services de protection de l'enfance qui n'a averti personne. Il accuse à son tour sa hiérarchie de l'avoir poussé à ne pas faire les visites réglementaires et à établir de faux rapports pour faire du chiffre et atteindre les objectifs de productivité. L'adjoint du chef de la police en charge de la communication met la pression sur Dodds, le supérieur de Benson, pour que l'unité spéciale renonce à cette enquête qui embarasse fort la ville.

Benson est appelée sur les lieux d’un crime : une femme et sa petite fille ont été violées chez elles et le mari, frappé et forcé à regarder ces atrocités. Le suspect est un homme grand et armé, extrêmement dangereux. Le retrouver est une priorité pour les autorités. Grâce à plusieurs témoignages, ils remontent la piste d’un homme qui s’enfuit en voyant les policiers. Toutes les équipes se lancent donc à sa poursuite et finissent par l’abattre devant un immeuble. Ils affirment qu’il était prêt à leur tirer dessus, mais aucune arme n’est retrouvée sur lui. Le jeune homme finit par succomber à ses blessures et on découvre juste après que son ADN ne correspond pas à celui du violeur.

La mère d’Amanda Rollins est venue à New York pour aider sa fille à la naissance du bébé. Le nouveau sergent, qui est le fils de Dodds, le chef-adjoint, arrive à l’unité spéciale. Ils doivent justement enquêter sur une nouvelle affaire : un flûtiste russe est accusé par une violoniste qu’il accompagnait en tournée, de l’avoir violée à l’hôtel où ils résident. Lui prétend qu’il a passé la soirée avec une de ses «fans», une escort-girl qui lui a volé sa flûte, d'une valeur de 50 000 dollars. Quand la prostituée en question essaie de revendre l’instrument à un prêteur sur gages, grâce aux images de vidéosurveillance, Amanda reconnaît sa sœur, Kim. Elle est en fuite car elle est déjà sous le coup d’un mandat d’arrêt pour le meurtre de son petit ami. Amanda entend régler l’affaire toute seule en livrant sa sœur à la police, mais Kim lui échappe. Pendant qu’Amanda essaie de coincer sa sœur, Tutuola couvre sa coéquipière, mais cela met Benson en porte-à-faux vis-à-vis du sergent Dodds.

L'unité spéciale enquête sur des abus sexuels perpétrés sur mineures au sein d'une famille de dix enfants, très religieuse et suivie par une émission de télé-réalité. Une jeune fille âgée de 13 ans, enceinte, accuse le caméraman de l'émission. Celui-ci ayant subi une vasectomie, il ne peut être le père du bébé et accuse à son tour le fils de la famille, qui a déjà été condamné pour des attouchements. Son casier de mineur avait été scellé par le juge local, membre de la même communauté fermée que les parents et leur pasteur.

Alors que Benson est au parc avec son fils, des parents déclarent la disparition de leur fille, Lily. L’unité spéciale s’en charge sur la demande de la mère de Lily, qui travaille pour le bureau du procureur. Fin et Dodds pensent d’abord à une fugue d’adolescent, mais malheureusement, ils retrouvent le cadavre de Lily sous un pont. La légiste prélève du sperme et de l’ADN sous les ongles de la victime et effectue une recherche filiale. Elle s’aperçoit qu’un homme, ayant un ADN identique à celui du tueur à 50%, a déjà été arrêté. L’équipe part l’interroger. Il leur apprend qu’il a été adopté.

Lewis Hodda, un homme arrêté pour le kidnapping de Wyatt Morris, un enfant âgé de 7 ans, est aussi soupçonné du viol et du meurtre du petit Hector Rodriguez, qui remonte à 1999 mais qui, pour l’instant, demeure impuni. Alors qu’il devait plaider coupable, Hodda prétend que Benson l’a fait passer aux aveux sous la contrainte et qu’il n’a pas tué le petit Rodriguez. Il refuse de plaider ce qui avait été négocié avec Barba. Il y aura donc un procès, mais puisqu’il est revenu sur ses aveux, l’accusation n’a plus de preuves directes. De plus, la maman du petit Wyatt, qui a été sauvé alors qu’il était détenu par Hodda, refuse que son fils revive ce cauchemar en témoignant au procès. C’est pourtant lui qui pourrait identifier formellement son ravisseur...

Phoebe, une jeune professeure de lycée, a une liaison avec deux de ses élèves. Un troisième, Zach, reçoit des sextos avec des photos d'elle dénudée et une proposition de rendez-vous pour un départ en avion. Les parents de Zach, qui sont divorcés, alertent l'unité spéciale, qui parvient à retrouver la professeure dans un hôtel du Vermont. Elle est avec un autre jeune homme, âgé de 21 ans, qu'elle vient d'épouser. La jeune femme et son avocat proposent un accord au substitut en échange d'informations : elle pense que les photos d'elle, qu'elle avait envoyées à ses amants, ont été transmises au coach de lutte du lycée.

Chris Roberts invite Abby Stewart à la fête de l’école. Ils s’embrassent et elle accepte de le suivre au labo photo, où le garçon a visiblement décidé de passer aux choses sérieuses. Abby lui demande de ralentir un peu. Quand Abby rentre chez elle, elle file dans sa chambre sans dire un mot de la soirée à ses parents et fond en larmes… Quelques jours plus tard, Maître Calhoun vient trouver Olivia pour lui demander de s’occuper d’Abby. La jeune fille dit avoir été violée lors de la soirée dansante, mais la police locale n’a pas voulu donner suite à sa plainte. Olivia accepte et se rend chez les Stewart, où Abby explique les circonstances du viol. D’autres membres de l'unité spéciale interrogent Chris chez ses parents, mais celui-ci nie en bloc : il n’a pas eu de relation sexuelle avec Abby...

Libby, une jeune femme sous l'emprise de la drogue, est abordée dans un café par trois jeunes, qui lui proposent de la ramener chez elle. Ils finissent par l'emmener car elle n'est pas en état de résister. Arrivés à son immeuble, ils essaient de s'introduire chez elle, mais ils sont mis en fuite par un voisin. Ils retournent dans la cour et l'agressent sexuellement. Des voisins entendent du bruit, mais aucun n'intervient ni n'appelle la police, et la jeune femme n'est retrouvée que le lendemain matin, blessée et souffrant d'hypothermie. Les enquêteurs peinent à trouver un témoin car les voisins, gênés, prétendent tous n'avoir rien vu, ni rien entendu.

CROSSOVER: "Donner pour reprendre" (New York, unité spéciale S17E14) / "L'enfant maudit" (Chicago P.D. S03E14)

Alvin Gilbert est un photographe réputé dans le milieu de la mode. Lors d'une séance avec Sally, une jeune femme rêvant de devenir mannequin, il l'a viole. Cette scène se déroule sous les yeux de son assistante, Nora, qui prend des clichés de l'agression, justifiant une "expérience artistique". Pendant l'interrogatoire de la victime, Benson remarque une blessure sous son oeil. Elle soupçonne son petit-ami, manager et ancien coupable de blessures conjuguales, d'en être à l'origine.

Toute l'équipe est sur l'enquête d'un ancien boxeur, suspecté d'avoir eu des relations sexuelles avec des mineurs. Lors de l'arrestation du suspect, le boxer propose un arrangement à Barba. Il veut bien leur livrer des noms de pédophiles qui mettent des vidéos pornographiques sur le net.

Quand un manque de preuves conduit Barba à déposer des accusations de viol contre un acteur populaire; Rollins prend les choses en mains.

L'unité spéciale, en planque, surveille une soirée où de jeunes filles semblent sexuellement abusées. La soirée dégénère ce qui les oblige à intervenir. Ils tombent nez à nez avec la brigade des moeurs qui prétend être en mission d'infiltration. Une bonne soeur, présente ce soir-là, affirme à Benson que ces policiers sont, en réalité, corrompus. Ils auraient violé les jeunes femmes à plusieurs reprises alors qu'ils étaient en service. D'autre part, les enquêteurs découvrent que les victimes viennent de la même école catholique dont le conseiller d'orientation est le cousin de Tucker.

Benson est suspendue suite aux accusations portées sur Tucker par le Père Eugène. L'unité spéciale continue d'enquêter sur le trafic des mineures de l'école catholique. Soeur Nina et une élève, Natalia, fuient l'église. Elles sont rapidement poursuivies par une mystérieuse camionnette. Natalia est retrouvée à l'hôpital suite à une overdose. Intérrogée par les enquêteurs, elle avoue qu'un prêtre noir a violé et tué Nina dans la forêt, avant de la ramener dans le Bronx et de lui tendre une seringue remplie de drogue. Plus tard dans la nuit, l'unité spéciale retrouve le corps de Nina...

Sofie Nowak, 25 ans, se fait sexuellement agressée alors qu'elle rentre, un soir, chez elle. Le mode opératoire de l'agresseur est similaire à deux autres viols perpétués dans le quartier. Carisi infiltre un foyer pour SDF et criminels sexuels sortis de prison qui vient d'ouvrir tout près de là. Mais le père et les frères de Sofie, assoifés de vengeance, tentent d'intimider Carisi devant le foyer. Un autre résident, Richie, vient lui porter secours. Pourtant, l'homme a été aperçu par la voisine de la victime, quelques minutes avant le viol.

Une jeune modèle est violée par un photographe dune maison de mode renommée qui demande à son célèbre frère de faire disparaître les charges.

"L’élue de son cœur" est une émission de télé-réalité : des jeunes gens sont enfermés dans un triplex. Leur but est de former un couple et d’atteindre la finale. Il ne reste plus que trois jeunes hommes et quatre jeunes femmes en lice, dont Gigi et Melanie, qui convoitent toutes les deux Ryan. Elles espèrent bien être l’élue de son cœur pour la grande finale. Lors d’une émission en direct, John Valentine, le présentateur, revient sur la soirée que les deux jeunes femmes ont passée en tête-à-tête avec Ryan. Après une promenade en calèche romantique, Mélanie et Ryan sont revenus au triplex et sont allés dans "La chambre des rêves". Des images prises par une caméra à vision nocturne montrent les deux tourtereaux au lit, mais Mélanie affirme n’en avoir aucun souvenir. Elle n’aurait jamais passé la nuit avec Ryan avant le mariage. Elle l’accuse donc de viol devant dix millions de téléspectateurs.

Un surveillant pénitentiaire est arrêté pour avoir agressé sexuellement des femmes détenues à l'intérieur de la prison mais aussi à l'extérieur. Le syndicat qui le soutient cible Barba et le SVU.

Lorsque l'enquête sur l’agent pénitentiaire Gary Munson s’approfondit, lui et son syndicat prennent des mesures drastiques qui menacent la vie de Barba et de l’équipe d’Olivia.