Au trecut cincizeci de ani de când Jack a ajuns în viitor, iar sabia îi lipsește. Și-a pierdut speranța de a se întoarce în timpul lui și este bântuit și măcinat de halucinații cu părinții lui, regatul său și o persoană misterioasă călare. Samuraiul salvează o mamă și fiica ei de niște gândaci roboți și învinge un robot asasin muzical, care a distrus un sat pentru a-i atrage atenția lui Jack. Între timp, șapte fete sunt crescute și antrenate pentru a deveni "Fiicele lui Aku", un grup de asasini cu scopul de a-l ucide pe Jack.

Aku s-a săturat de a-l mai urmări pe Jack și renunță la orice speranță de a-l învinge, din moment ce nu mai poate îmbătrâni (un efect secundar al călătoriei în timp). "Fiicele lui Aku" îl iau prin surprindere pe samurai într-o ambuscadă și îl dezarmează. În timp ce se ascunde, Jack se ceartă cu o versiune a sa mai tânără, imaginară, în privință cu rostul luptei sale. Fuge în ruinele unui templu, fiind urmărit de "Fiice". Încercând să scape din templu, după o luptă cu una dintre ele, Jack o omoară în timp ce este înjunghiat în abdomen. Oripilat de moartea ei, Jack distruge templul și sare într-un râu din apropiere.

Samurai Jack is gravely injured, but still decides to face one of the deadliest foes he's ever faced, Assassins from the Cult of Aku.

Samurai Jack fights to save a group of enslaved people from being harvested as the power source for a monstrous Mega-Robot.

Ashi's search for Samurai Jack helps her to see his effect on the world after encountering numerous people and places where he has changed things for the better

Jack and Ashi overcome a series of dangerous physical and spiritual tests in order to recover Jack's sword.

The burgeoning relationship between Jack and Ashi takes a turn after they are hunted by one of the galaxy's deadliest creatures.

Samurai Jack's worst fear is realized when he faces off against Aku; the demon makes a shocking discovery about Ashi that puts her in grave danger.

The fate of the entire universe hangs in the balance as Samurai Jack faces Aku.