ג'ק נכנס לעיר ההרוסה אנדרומדה ומגלה סמוראי אבן ענק מתחת למים, שיורה קרן אופטית, מה שמאפשר לו לשלוט בענק האבן כדי להשמיד את מונדו-בוט.

ג'ק נקלע לדו-קרב עם "דה סמוראי", בריון יהיר שחושב עצמו סמוראי, אך לא מבין מה זה אומר להיות סמוראי אמיתי.

כאשר אלים עתיקים מנסים להשמיד רוע רב עוצמה, הם שולחים חתיכה אחת מהחיה לפזז בחלל. היצירה הזו נוחתת על פני האדמה, ומפיצה את הרוע שלה ברחבי הארץ.

הסקוטי מוצא את ג'ק על סיפון ספינה כשזכרונו וחרבו אבדו. כשהוא מסרב לתת לג'ק לחשוב שהוא אדם פשוט, הסקוטי מחפש את הסיבה לאמנזיה.

כאשר אקו מצטנן ומתעטש על ג'ק, ג'ק נדבק ברוע של אקו שמתחיל להשתלט על כל גופו.

חמישה ציידי ראשים בעלי שם עולמי מתאספים כדי להרוג את ג'ק. הנסיכה מירה, ציידת שישית מממלכה המשועבדת על ידי אקו, משכנעת את הקבוצה לעבוד יחד.

הנסיכה ורבינה והנסיך אסטור נמצאים במסע להצלת עולם הבית שלהם, אך מתרסקים על כדוה"א ונלכדים מיד. למרבה המזל, ג'ק הסמוראי עד לאירועים ועוקב אחריהם.

אחרי שהכל נכשל, אקו מאתגר את ג'ק הסמוראי לדו-קרב. כדי להבטיח קרב הוגן, ג'ק אינו רשאי להשתמש בחרבו בעוד שאקו חייב להילחם בצורת אדם וללא תכסיסים.

כשג'ק עובר את הסתיו, החורף, האביב והקיץ, עליו להילחם בסכנות שכל עונה מביאה.

רובוט ניסיוני מקבל רגשות כניסוי ולכן היה היחיד מסוגו ששרד ללא פגע. אבל אקו מכריח אותו לקחת על עצמו עוד עבודה אחת: לצוד את ג'ק הסמוראי.

סיפור שסופר בפלאשבק בנוגע לאימון הילדות של הג'ק הסמוראי באפריקה, אבל, אפילו כחלק מהשבט הנובי, הנסיך הצעיר אינו בטוח ממשרתים של אקו.

ג'ק מציל תינוק ממפלצות רובוטיות אך מתקשה לטפל בו בחיפוש אחר אמו. לאורך הדרך, הוא מספר לתינוק את סיפורו של מומוטרו.