Il malvagio demone Aku attacca la patria del figlio dell'imperatore; il giovane viene mandato da sua madre a allenarsi per combattere Aku.

Il Samurai si ritrova nel futuro e deve trovare un modo per sconfiggere Aku. Nel frattempo, decide di farsi chiamare Jack dalla gente del posto e si unisce a un gruppo di cani archeologi che sono stati costretti da Aku a scavare per estrarre delle gemme che aumenterebbero i suoi poteri.

Aku manda un'armata di insetti-drone per uccidere Jack e i cani archeologi. Jack posiziona delle trappole e con l'aiuto dei suoi amici, elimina l'armata.

Jack incontra un gruppo di persone tiranniche chiamate Chritchellites, che hanno usato la tecnologia per rendere schiave delle creature ritenute feroci chiamate Woolies. Lui poi diventa amico dei Woolies. In cambio, il loro leader concede a Jack la sua saggezza.

Jack incontra un gruppo di scienziati che stanno costruendo una navicella spaziale per fuggire da Aku. Questi accettano di aiutare Jack a tornare indietro nel tempo se lui li aiuta ad abbattere il blocco di Aku.

Jack cerca una gemma che secondo quello che gli hanno detto gli Woolies gli permetterebbe di viaggiare indietro nel tempo. Jack incontra una donna di nome Ikra, anche lei alla ricerca dello stesso oggetto; quest'ultima, dopo aver distrutto la gemma, si rivelerà essere Aku.

Jack scopre un'isola che possiede un pozzo che può esaudire ogni suo desiderio ma è sorvegliato da tre infallibili arcieri.

Jack cerca l'aiuto di una razza progredita di anfibi, i Rana-pesce, che hanno una macchina che potrebbe essere in grado di mandarlo indietro nel tempo. Aku lo ostacola con l'aspetto di numerosi mostri marini.

Jack ode una voce misteriosa chiamarlo, e cerca di identificarne l'origine. Dopo avere attraversato una terra irta di trappole, deve confrontarsi con un antico mostro di lava poi rivelatosi un antico guerriero vichingo maledetto da Aku, desideroso di raggiungere il Valhalla.

Jack incontra lo Scozzese per la prima volta: i due non vanno per nulla d'accordo ed ingaggiano un duello, ma sono costretti a collaborare per liberarsi da un comune nemico: coccodrilli cacciatori di taglie.

Jack si unisce ad un gruppo di gangster per aiutarli a rubare un cristallo che darebbe ad Aku il controllo assoluto delle acque e quindi sul pianeta. Naturalmente Jack ha un piano tutto suo.

La storia su i viaggi di Jack fa il giro del mondo, facendo di lui un eroe agli occhi dei bambini. Questo fa infuriare Aku, così racconta tre fiabe, ciascuna con protagonista una versione malvagia di Jack, nel tentativo di portare i bambini dalla sua parte.