XVI век. История мультфильма уводит зрителя в XVI век, в Японию. В начале века злой демон по имени Аку нападает на одно большое японское селение, уничтожая всё на своём пути. И тогда один молодой самурай попросил трёх мудрецов выковать волшебный меч, наделённый силами добра. Самурай сразился с Аку, который умел перевоплощаться в разных животных, и силы добра победили силы зла. Аку ушёл в горы и окаменел там, а молодой самурай стал предводителем всех самураев и ниндзя. Прошло восемь лет. Во время солнечного затмения, Аку снова восстал из камня. В это время самурай постарел, у него появился маленький сын. Аку снова нападает на те же селения, но на этот раз старому самураю не удалось взять волшебный меч, и он сдаётся, прося жену увезти малыша на обучение. Маленький самурай уплывает на корабле от мамы. Волшебный меч остаётся у матери. Самурай-сын странствует по всему миру, встречая искусных мастеров и многому обучаясь. С ними он обучается искусству верховой езды, ниндзюцу, дзюдо, греко-римской борьбе, кунг-фу и прочим единоборствам. И вот новый самурай возвращается на родину, которая уже полностью во власти злого Аку. Мама, постаревшая, отдаёт ему волшебный меч. Он освобождает отца и других узников. И храбро сражается с Аку. Сам демон Аку пытается перевоплощаться то в осьминога, то в скорпиона, то в жука, но он не может противостоять могучему самураю. И вот, когда юный самурай пытался нанести смертельный удар, Аку применил хитрость: он открыл портал в будущее и бросил туда Самурая. Самурай попадает в необыкновенное будущее, весь мир в котором принадлежит Аку.

После событий, описанных в первом эпизоде, прошло много веков. По воле Коварного Аку храбрый самурай попал в будущее из XVI века в XXI век. Сначала он упал на летающие машины. (пародия на Пятый элемент) В этих машинах сидели роботы-убийцы, и они хотели уничтожить самурая. Тогда самурай сам уничтожил несколько машин, упал на землю и не разбился, прыгая по машинам. Это увидела местная «шпана», восхитилась и дала самураю прозвище — Джек. Самурай Джек пошёл в местный паб и заметил, как всё изменилось в мире. Он встретил на своём пути много отвратительных тварей и чудовищ, которых ему пришлось убить. Но здесь он нашёл себе новых друзей — говорящих собак-археологов, которые вели раскопки по велению Аку и узнавали много нового о своей родословной и истории собак древности. Джек очень понравился им, и они решили рассказать ему правду:

Через 25 000 лет после исчезновения юного самурая Аку завладел всем миром. Но ему мало было одной планеты — он хотел повелевать вселенной, потому сотрудничал с контрабандистами с разных звёзд и галактик, чтобы захватить эти звёзды и галактики. Появлялись новые чудовища и мерзкие твари, которые заправляли многими учреждениями, а добрые существа, как собаки, друзья человека, или сами люди, работали с утра до ночи и с ночи до утра.

Тогда Джек прилетел с собаками на звездолёте туда, где собаки занимались раскопками и постоянно мучились. Джек поставил себе задачу: защитить собак будущего и освободить их.

Когда Джек согласился спасти собак-археологов, подданная Аку (официантка бара, где самурай столкнулся с псами-археологами) подслушала их разговор и рассказала всё Аку. Тогда повелитель зла Аку решил наслать на собак и Джека огромные полчища жуков-роботов (жукоботов). Но Джек не испугался: вместе с Ротти, Дрейфусом и Огюстом они создали свою армию и оружие, для унистожения жуков. Эти оружия были сделаны из острого красного кристалла, который собаки добывали для Аку. И вот Джека одели в доспехи, дали ему флаг и оружие и отправили сражаться с жуками. Джек отличался особым умом и знал, что роботы не настолько умны, как кажутся. Куда бы Джек не пошёл, везде были ловушки для роботов. И так тысячи роботов были сокращены до сотен. Но вот ловушки кончились. И Джеку пришлось пустить в ход меч отца. Он выпустил на жуков всю свою ярость, гнев и силу. Даже когда он испачкался в масле с ног до головы, он не перестал драться, и порубил всех жуков на куски. Такой битвы у него никогда не было. И он поднял гордо флаг, где был начертан знак самурая и собачий след. Собаки предложили ему остаться, но Джек лишь поблагодарил их и сказал, что у него свой путь, и что он должен сам истребить нечисть, если не в прошлом, то в будущем… Таким образом он стал странствовать по миру, надеясь вернуться назад.

Джек по дороге встречает учёных, которые строят космический корабль, чтобы сбежать от Аку. Они соглашаются помочь Джеку вернуться в прошлое, если он поможет им сразиться с отрядом роботов Аку. Самурай Джек спасает учёных космонавтов от пришедших уничтожить их роботов-богомолов и отправляются в космос.

Джек ищет магический камень, о котором ему рассказывали Вулли и который поможет ему вернуться в прошлое. Джек добрался до какого-то восточного города и там он нашёл хозяина лавки, который был знаком с Вулли и знал где находится этот камень. Но тут в лавку пришли приспешники Аку, которые начали сражаться с самураем. Там же Джек встречает женщину-воина по имени Айкра (Аку), тоже "ищущую" этот камень. Она помогает сразиться с роботами Аку и она вместе с самураем убегают от приспешников Аку. Айкра (Аку) рассказала ложную информацию самураю, что её отец был заточен злобным Аку в огненное кольцо за то, что тот боролся с ним. Как только Айкра и Джек добрались через препятствия до этого камня, Айкра разбила камень, и оказалось, что она - Аку. Аку в очередной раз обманул самурая.

Воин вместе с роботами-солдатами пытались захватить башню с источником царя Отрика, который может исполнить одно самое заветное желание, но этого не удалось сделать из-за охраняющих крепость слепых лучников, которые уничтожили своими стрелами целую армию. Зимой того же года, воин в баре начал рассказывать эту историю, произошедшую осенью. Эту историю услышал самурай Джек и сразу отправился на остров. Оказалось, что эти три слепых лучника стреляют при возникновении любого шороха или шага. Тут самурай вспомнил про то, чему его учили и сразу же побежал сражаться с тремя лучниками, которые по ушкам немного напоминают кенгуру. Самурай сумел добраться на верх башни и одолел лучников. На лучников попали их же стрелы и оказалось, что это обычные люди. Самурай решил попросить желание у источника, чтобы он вернул его в прошлое для одоления Аку, но лучники остановили самурая, рассказав историю о том как они нашли этот источник и что он с ними сделал. Они рассказали, что долго искали источник, что он сделал их великими воинами и за это лишил зрения, разума и сделал их своими рабами и стражами. Услышав эту историю самурай разгневался на источник и уничтожил его... В итоге самурай освободил трёх лучников от тьмы источника.

После того, как ни один из воинов не сумел остановить Джека, Аку создает духа из пылающей ненависти Джека для очередной попытки уничтожить самурая. В итоге дух погибает.

Джек услышал в кафе-забегаловке рассказ старого моряка о том как он нашёл машину времени у морских обитателей Трицеракуинов. Самурай отправился туда, но старый моряк сказал, что на это пойдёт лишь только храбрец. Самурай переплыл все преграды и попал в подводный город Трицеракуинов, которые его радостно приняли и накормили своей едой. Трицеракуины рассказали, что их город был на поверхности океана до появления Аку и что они вели торговлю с жителями суши. После пира самурай поспешил отправиться к машине времени, но это оказалось ловушкой. Вдруг появился Аку. Трицеракуины объяснили свой подлый поступок тем, что им нужно, чтобы Аку "освободил" их город из глубин океана. Аку своего обещания не сдержал и Трицеракуинам пришлось отстаивать боем своё право на жизнь на поверхности океана. Они решили освободить самурая из проткнутого Аку шара, чтоб тот не захлебнулся и самурай сразился с Аку. Аку сбежал и самурай освободил их город из глубин океана на его поверхность. Трицеракуины попросили прощения и самурай простил их, потому что даже добрые сердца становятся злыми в руках Аку. В благодарность Трицеракуины дали самураю с собой много рыбы-суши.

Джек слышит таинственный голос и пытается найти его источник. После прохождения горных ловушек он был вызван на бой древним вулканический монстром. Монстр рассказал, что он жил во времени самурая Джека на месте где этот вулкан и был скандинавским воином. Этот воин жил очень хорошо, у него были друзья, семья и всё остальное, но вскоре появился Аку и сжёг дорогое ему царство. Воин пошёл в схватку с Аку, но Аку не убил его, участь оказалась страшнее смерти. Аку заточил воина в камень, лишив его права умереть достойно. Вскоре Аку вернулся и ради забавы забросил воина в глубину вулкана, где через тысячи лет воин встретился с самураем Джеком в виде вулканического монстра. Выслушав историю воина, Джек сразился с ним и этим освободил воина от заклятия Аку. Воин снова стал человеком, сразу же стал стариком и умер. Перед смертью воин попросил самурая Джека положить на него меч и воин отправился в Вальгаллу покоиться с остальными великими воинами.

Джек встречает шотландца на мосту через болото, где они противостояли армии роботов-аллигаторов и тяжело вооруженных механических машин. Сначала Джек сражается с шотландцем, но позже у них появляется общая проблема, и приходится действовать сообща.

Джек присоединяется к группе гангстеров и соглашается помочь им украсть кристалл (камень Нептуна), дающий власть над всей водой мира. Гангстеры рассказали, что в глубокой древности Аку пытался захватить этот камень, чтобы зло правило миром, но древние духи Земля, Ветер и Огонь не дали ему это сделать. Разумеется, если Аку не смог украсть этот камень, то и никто не пытался это сделать. Джек достал этот камень, отправился с гангстерами к Аку и начал сражаться с ним. Прежде чем Джек мог нанести уничтожительный удар для Аку, гангстеры стукнули Джека по голове. Когда Джек очнулся, замок Аку испарился и он оказался в офисе у гангстеров. Джек стал уговаривать везти его к Аку назад, но они не смогли его отправить обратно из-за исчезновения замка Аку. Камень Аку они не отдали, потому что Громила засунул его в шляпу во время драки Аку и Джека. Джек сказал свою настоящую цель присоединения к ним. После этого Джек оставил гангстерам камень, а те стали продавать воду, используя его.

Аку случайно увидел через свой экран, как дети, которые живут в его стране, передразнивают его (Аку). Разумеется, Аку это разочаровало и взбесило, потому что он много веков держал в страхе весь мир. Единственное, что утешило Аку, что старики ещё боятся и уважают всемогущего Аку. Аку решил рассказать этим детям сказку о своём "появлении" и красной шапочке в виде Аку. Детям от этого радостнее не стало, но рассказ сказок Аку оценили хорошо, правда они попросили рассказать о самурае Джеке. Аку согласился рассказать о самурае, но он начал рассказывать сказку о "Джеке и трёх медведях" , "О Джеке и трёх поросятах" и так далее. Разумеется самурая он показал как отрицательного героя. В итоге дети его достали и он сказал последнюю фразу: "Довольно, вот вам самая правдивая история: Жили-были могучий всесильный колдун и жалкий маленький самурай...и колдун убил самурая. Конец!!!". Как только Аку улетел, дети придумали свою хорошую и добрую сказку о Джеке.