Aku, zły zmiennokształtny demon, niszczy królestwo młodego księcia, a jego rodzice wysyłają go na wygnanie. Po latach intensywnego treningu i otrzymaniu mistycznego miecza i szat samuraja, książę powraca chcąc uwolnić swój lud od sługusów Aku. Pokonuje on Aku w walce, ale przed ostatecznym uderzeniem, ten rzuca zaklęcie, które wysyła go w przyszłość.

Uzbrojony w różne bronie i pułapki, Jack w pojedynkę pokonuje żukoboty Aku. Następnie przysięga walczyć z uciskiem demona, dopóki nie będzie mógł powrócić do przeszłości.

Jack nawiązuje kontakt z plemieniem stworzeń, które wykorzystują swoją technologię, by ujarzmić grupę dzikich bestii zwanych „Woolies”. Jack ma przeczucie, że coś tu jest nie tak, coś czego nie widać na pierwszy rzut oka.

Samuraj Jack zaprzyjaźnia się z kolonią naukowców budujących statek kosmiczny, aby uciec od tyranicznych rządów Aku. Jack zgadza się pomóc im w ucieczce, walcząc z blokadą, która orbituje wokół planety, w zamian za podróż w czasie do domu.

Utalentowany wojownik o imieniu Ikra dołącza do Jacka, gdyż szuka magicznego klejnotu, który mógłby odesłać go z powrotem do jego czasów. Jednak prawdziwe motywy Ikry mogą zniweczyć poszukiwania Jacka.

Jack dowiaduje się o potężnej studni życzeń, która może przenieść go z powrotem do przeszłości, ale musi znaleźć sposób na pokonanie trzech śmiercionośnych łuczników, którzy ją chronią.

Rozgniewany niepowodzeniami łowców nagród i najemników w pokonaniu Jacka, Aku wykorzystuje wewnętrzną ciemność samuraja, aby stworzyć lustrzane odbicie, którego jedynym celem jest zniszczenie go.

Kiedy Jack słyszy opowieści o rasie płazów żyjącej w podwodnym mieście Okeanos, która posiada wehikuł czasu, wyrusza do miasta i jest witany przez jego Tricerakiny, jednak nie jest przygotowany na straszną niespodziankę.

Wezwany przez tajemniczy głos dobiegający z pobliskiego wulkanu, Jack pokonuje wiele przeszkód i pułapek, aby znaleźć króla Wikingów przekształconego w gigantyczną figurę skalną przez Aku, który nalega, aby Jack zabił go w bitwie, aby mógł dotrzeć do Walhalli.

Przekraczając pozornie niekończący się most, Jack spotyka Szkota: silnego, choć impulsywnego, stereotypowego szkockiego wojownika, który również dzierży zaklęty miecz. Ich kłótnia przeradza się w walkę, która powoduje, że oboje spadają z mostu. Po uświadomieniu sobie, że Aku wyznaczył za nich nagrody, łączą siły, aby uciec.

Jack łączy siły z kilkoma gangsterami, aby zbliżyć się do Aku. Jedynym sposobem na to jest zdobycie mistycznego klejnotu strzeżonego przez trzy żywiołaki.

Chcąc osłabić popularność Jacka wśród swoich poddanych, Aku gromadzi dzieci z całego świata w swoim pałacu i opowiada im serię „bajek”, z których wszystkie przedstawiają go jako bohatera, a Jacka jako złoczyńcę.