Quand le diabolique Aku revient pour s'attaquer au Japon, le jeune fils de l'empereur est emmené dans des contrées lointaines afin de suivre un entraînement digne d'un guerrier. Après ça, il peut ainsi manier l'épée magique de son père afin de stopper Aku qui étendre son pouvoir à travers le monde entier.

Aku a envoyé le samouraï dans un futur lointain où il domine le monde. Le samouraï doit maintenant trouver un moyen de revenir dans le passé tout en s'adaptant à son nouvel environnement. Il se fait désormais appeler Jack.

Jack, le samouraï, est confronté aux sbires d'Aku. Pour se défendre, il devra utiliser tout ce qu'il a à sa portée.

Alors qu'il chassait pour se nourrir, Jack croise de minuscules Tridonites et les aide à capturer un Pure Laine qui s'est échappé. Mais alors qu'il est invité à dîner au sein de leur village, le samouraï commence à avoir des doutes.

Jack rencontre un groupe de scientifiques qui construisent secrètement une fusée afin d'échapper à la tyrannie d'Aku. Quand ils découvrent l'histoire de Jack, ils décident de l'aider à retourner dans le passé.

Jack, aidé par une habile guerrière qui cache un sombre secret, part à la recherche d'un cristal avec des propriétés magiques.

Jack apprend l'existence d'un puits à souhait placé au sommet d'une tour et gardé par trois archers imbattables. Il décide de tenter sa chance et utiliser son souhait pour retourner à son époque.

Malgré la grosse récompense sur sa tête, aucun chasseur de primes n'arrive à battre le samouraï. Aku décide donc de créer un double maléfique de Jack afin de l'éliminer.

Jack s'aventure dans les profondeurs de l'océan après avoir entendu parler d'un portail temporel qui se trouverait à Oceanis, une cité sous-marine.

Après avoir réussi à passer une grotte remplie de pièges, Jack fait face à un monstre de lave géant qui était jadis un guerrier viking vivant de jours heureux.

Jack reçoit la proposition de rejoindre un groupe de gangsters au « Cabaret du Singe Bleu ». Il accepte afin de pouvoir se rapprocher d'Aku. Les gangsters prévoient de voler quelque chose qu'Aku n'arrive pas à obtenir : le légendaire bijoux de Neptune, gardé par la Terre, le Vent et le Feu.

Le samouraï est devenu un héros très populaire auprès des enfants. Aku décide donc de raconter ses propres contes où Jack est présenté comme le grand méchant.