Un an est passé depuis que Lucas et Peyton ont quitté Tree Hill, et le reste de l'équipe continue d'avancer vers leurs objectifs. Nathan vient de terminer sa première année de NBA, Brooke continue de gérer Clothes Over Bro's alors qu'Haley a récupéré le label de musique.

Alors qu'elle enregistre un nouvel album, Haley va avoir besoin de l'aide de Mia pour sauver Red Bedroom Records. Brooke, à l'aide de Milicent, cherche de nouveaux visages pour sa nouvelle campagne de publicité.

Alors que Clay et Nathan s'inquiètent au sujet du scandale qui empire, Haley commence à douter de Nathan et à penser que les accusations de Renee pourraient être vraies. Alex fait une proposition à Julian.

La peur de Nathan devient réalité quand le scandale est révélé au grand jour. Haley discute avec Quinn à propos de son mari David. Un défilé de mode amène quelqu'un à prendre des responsabilités, pendant qu'une autre personne agit d'une façon qui pourrait lui coûter sa carrière.

Haley se retrouve sous la lumière des projecteurs, alors que le scandale concernant Nathan prend de l'ampleur. Pendant ce temps, Brooke permet à Julian de continuer de travailler avec Alex; Millicent décroche un nouvel emploi; et Clay et Quinn se rapprochent.

Alors qu' Haley décide de régler le problème de Renee à sa manière, la carrière de Nathan est menacée. Julian donne à Alex une nouvelle chance et Brooke renoue avec Chase. Millie fait le point sur sa carrière et Clay se confie à Quinn.

Dan propose à Renee d'intervenir dans son émission, laissant Nathan et Haley impuissants face à l'annonce de la grossesse de Renee au monde entier. Quinn se demande ce qui n'a pas marché avec son mari David et l'ex-petite amie de Clay, Sara, lui rend visite. Brooke avoue à Julian ce qu'elle veut vraiment.

Julian part en weekend avec Nathan et ses amis, il doit lutter pour s'intégrer. Pendant ce temps, Kevin aide Clay a surmonter sa perte tragique. Par ailleurs, Dan et Rachel renouent avec leur passé.

Haley est de retour sur scène et Brooke apprend une nouvelle qui va changer sa vie. Pendant ce temps Dan revient à Tree Hill au regret de Nathan, qui est sur le point de signer en NBA grâce à Clay, son agent.

La carrière de Nathan à la NBA est en péril. De son côté Clay voit sa vie professionnelle pâtir de sa relation de plus en plus sérieuse avec Quinn.

Brooke est poussée dans ses limites lorsque Julian divulgue un secret à Alex. Nathan et Haley font face à de difficiles décisions au sujet de leurs carrières tandis que Jamie apprend la vérité qui se cache derrière le travail de Skill à Los Angeles. Clay se bat pour sauver sa propre carrière comme agent. Pendant ce temps, Millie sort de prison et se retrouve soutenue par un allié inattendu.

Nathan et Haley s'apprêtent à quitter Tree hill! Clay tente pourtant de renouer des liens avec Nathan avec l'aide de Quinn, ceci dans le but de s'occuper à nouveau de sa carrière. Après la crise d'Alex, Brooke tente d'être compréhensive envers Julian. Les problèmes de Millie mettent en péril sa relation avec Micro; tandis que Dan fera une choquante révélation...

La famille Scott rejoint Haley dans la dernière partie de la tournée, alors que Brooke et Julian se remettent ensemble après 6 semaines de pause. Clay et Quinn essaiyentde comprendre comment avancer après la déclaration d'amour de Clay. Alex tente de se réconcilier avec elle-même et avec les gens qu'elle a laissé tomber.

Nathan tente de calmer Haley après le retour de Taylor qui est accompagnée de l'ex mari de Quinn. Julian se plie en quatre pour Alex durant le tournage de leur film tandis que Brooke s'épenche sur l'épaule d'Alexandre pour soulager son chagrin. Pendant ce temps, Clay obtient une chance de prouver son engagement envers Quinn lors d'un dîner avec Taylor et David.

Dans le chaos autour d'une soirée années 80 pour les anciens élèves du lycée, l'anniversaire d'Haley est oublié, Jamie est laissé tout seul à la maison tandis que Nathan et Clay se retrouvent à 300 km de Tree Hill. Dans le même temps, l'arrivée de Brooke avec Alexander à la soirée force Julian à revivre son adolescence ringarde.

Brooke et Julian tentent d'accorder leurs vies personnelles et professionnelles. Nathan et Haley reçoivent une visite surprise. Clay apporte son soutien à Quinn pendant qu'Alex s'intéresse à Alexander. Millie essaye toujours de résister aux tentations.

La relation de Brooke et Julian est instable et le tournage du film n'arrange rien. Nathan essaye d'aider Haley face à la situation de sa mère, Lydia. Miranda essaye de convaincre Grubbs de la laisser produire son album.

Brooke est furieuse après avoir trouvé Alex dans la chambre de Julian. L'état de santé de Lydia empire. Haley et Quinn tentent de retrouver Taylor. Nathan prépare Jamie à la mort de sa grand-mère.Pendant ce temps, Katie drague ouvertement Clay.

Haley doit faire face à la mort de sa mère alors que Julian et Brooke apprenent chacun une surprise plus que stupéfiante. Quant à Skills, il découvre ce qu'il s'est passé entre Lauren et Micro.

Nathan aide Haley à surmonter la mort de Lydia. Brooke doit, quant à elle, gérer la relation amoureuse de sa mère et d'Alexander. Alex découvre quelque chose à propos de Josh qui pourrait bien compromettre le film de Julian. Quinn et Clay se retrouvent confrontés à une Katie plutôt instable.

Le film de Julian et Alex est enfin terminé. Alors qu'Haley s'enfonce de plus en plus dans une dépressions, Clay se voit obligé de traiter avec Katie.

Tout le monde est parti en Utah pour assister à la première du film de Julian. Haley, qui a sombré dans une dépression depuis la mort de sa mère, décide d'accompagner sa famille et ses amis.

Le groupe revient de son voyage en Utah. Brooke et Julian se sont fiancés. Haley apprend qu'elle est enceinte, tandis que son mari doit partir au camp d'entraînement. Clay et Quinn sont agressés et abattus par Katie.

Clay et Quinn découvrent qu'on a tiré sur eux, ils combattent pour survivre. Haley et Nathan tente de gérer la situation. Julian fait du babysitting tandis que les ennuis judiciaires continuent pour Brooke.

Nathan doit faire un choix concernant sa carrière. Brooke et Julian s'occupent de Jamie alors que Victoria et Millie pensent à un plan pour COB.

Brooke doit faire face aux problèmes financiers de COB. Nathan et Haley ont finalement pris une décision concernant la carrière de . Pendant ce temps, Julian entame un nouveau projet de film. Alex et Chase passent l'après-midi ensemble.

Victoria et Brooke essayent de règler les ennuis financiers de COB mais n'arrivent pas à s'entendre. Nathan pense quitter la NBA alors que Chase apprend un secret concernant Alex. Clay est sorti de l'hôpital

Halloween approche ! Une visite inattendue surprend Brooke et Julian. Nathan se lance dans une nouvelle carrière. Clay et Quinn doivent gérer leur retour à la maison sur la plage. Haley et Mia organisent une soirée Open Mic au Tric.

Brooke essaye de créer des liens avec Sylvia, la mère de Julian. Nathan se retrouve submergé de travail avec son nouveau job tandis que les capacités d'Haley sont mises à l'épreuve. Skills revient à Tree Hill et il n'est pas seul...

Alors qu'il est de passage à Atlanta, Nathan voit sa nouvelle carrière prendre un nouveau tournant. Haley tente de consoler Jamie au sujet de son appareil dentaire. Chase prend enfin une décision entre Alex et Mia.

C'est Thanksgiving à Tree Hill, l'occasion pour nos amis de se retrouver tous ensemble autour de leur famille chez Nathan et Haley

Au programme : chute libre pour Julian et Brooke, organisation d'un concert au Tric pour Haley ! Kid Cudy sera à l'affiche de ce concert. Quinn, quant à elle, profite d'une escapade hors de la ville pour rendre visite à une connaissance.

Une tempête s'abbat sur Tree Hill, tout le monde est en danger...

Après une nuit de folie en ville pour son enterrement de vie de jeune fille, Brooke et les filles tentent de reconstituer la nuit qu'elle ont eu.

Le jour du mariage de Brooke et Julian est enfin arrivé. Les rêves deviennent réalités, les secrets sont dévoilés et des rapprochements sont inévitables.

Brooke, Quinn et Haley décident d'utiliser leurs talents pour la bonne cause. En attendant, Julian prend un travail de réalisateur et dépanne un ami. Chase devient le mentor de Chuck.

Jeux de sexe, secrets et lacets entrent en jeux pour les couples de Tree Hill qui fêtent la Saint Valentin.

Alors que les filles organisent une baby-shower surprise pour Haley, les gars participent aux essais pour l'équipe de baseball de Jamie. En attendant, Brooke et Julian poursuivent les demarches d'adoption…tandis que Micro prépare Millicent pour son premier jour de travail.

Alors que la date d'accouchement d'Haley approche, elle s'assure que tous ses amis et sa famille seront prêts pour l'arrivée du bébé. Brooke et Julian se préparent également à devenir une famille, pendant que Chuck se rapproche de Chase pour l'aider avec un problème.

C'est le jour J où la fille de Nathan et Haley et le futur enfant de Brooke et Julian vont naître. Réunis à l'hôpital, tous se remémorent de bon et mauvais moments du passé qui leur ont tous permis d'avancer dans cette vie. Nous pouvons revoir la naissance de Jamie et quelques autres grands moments apparus tout au long de la série... Quelques uns de ces moments seront répertoriés dans un livre que Jamie va écrire à sa petite sœur Lydia. Sauf que le petit-ami de Chloe et père du futur enfant de Brooke & Julian arrive à l'hôpital pour élever ce bébé : Chloe change d'avis et Brooke ne sera pas encore mère... Du côté d'Haley, tout se passe à merveille et Brooke, avec Julian, feront semblants...

Alors que Brooke est anéantie concernant l'annulation de son adoption du bébé de Chloe, Julian est aussi très déboussolé mais devant Brooke il essaie d'être fort. Pendant que Quinn organise un concert au Tric avec Alex en première partie des "Oli & The Moon", Haley décide de suivre ce concert par une caméra pour rester chez elle avec sa fille Lydia. Jamie et Clay vont aider Nathan car celui-ci est convaincu que le responsable de l'accident de Brooke et Jamie lors de la tempête est son professeur August Kellerman. Ce-dernier admet les faits et démissionne de son poste de titulaire à l'université après 30 ans d'enseignement. Mais Nathan se trouve avoir tort et il s'en rendra compte trop tard... Ian Kellerman profitera de son nouveau contrat avec Clay et Nathan. De plus, Victoria Davis donne conseil à sa fille Brooke car elle a reçu une offre pour revenir à "Clothes Over Bros" et Julian pense partir avec elle à New York... Pour finir, il y a Skills, Marvin qui souhaitent profiter encore du Rivercourt en compagnie de Millicent car le terrain sera détruit pour y implanter des appartements...

Tout au long de l'épisode, nous pouvons suivre le déroulement du match de baseball de l'équipe de Jamie, Chuck et Madison. De plus, nous pouvons voir Brooke se préparer à partir pour New York en donnant l'écrito du café de Karen à Haley. Nathan est bouleversé à l'idée qu'il se soit trompé sur le coupable de l'accident de Brooke et Jamie. En effet, le coupable n'est pas August Kellerman mais bien son fils Ian qu'il veut protéger. Julian, avec Clay et Nathan, décide de régler ses comptes avec Ian en l'amenant sur le pont de l'accident et en le "torturant". Quinn projette une semaine à Porto Rico avec Clay et va se faire recouvrir le corps d'un bronzage par spray. Clay essaie de gagner du temps sur le match de baseball pour éviter leur rendez-vous... Chase essaye d'entrer dans l'Air Force mais il doit effectuer un contrôle de dopage qui risque d'être compromettant. Alex veut l'aider mais elle ne donnera pas sa propre urine à cause de ses problèmes de drogue... Elle donnera en fait l'urine de Brooke et qui se révèlera être enceinte : elle n'ira donc pas à New York...

Quinn part à Porto Rico pour passer le casting à propos d'un job de photographie. Pour ce séjour, elle décide d'emmener Brooke, Alex et Lauren avec elle. Mais seulement Brooke ne pourra pas faire la fête comme une dingue vu qu'elle est enceinte, sauf qu'Alex est la seule à le savoir... Brooke finira par le dire à Haley. Haley est de retour à l'ancienne boutique de Brooke et se met au boulot afin de faire renaître le café de Karen... Marvin et Millie se mettent au travail pour faire un reportage sur le Rivercourt car des personnes vont surveiller Millie pour lui proposer un job lors d'une matinale... Nathan et Jamie décident d'aller camper au Rivercourt pour trouver un oiseau issu d'une espèce protégée pour faire annuler la destruction de l'endroit qui leur tient à coeur. Ils emmènent avec eux Julian, Chase et Chuck où Julian filmera toutes les scènes. Ils essaient aussi de convaincre Clay de participer à l'aventure mais celui-ci reste dans son fauteuil avec ses magasines et ses bières... Julian révèlera son secret à Nathan et Chase révèlera son secret à propos de l'Air Force...

L'épisode raconte l'histoire de la bande de Tree Hill durant un an complet. Haley et Brooke ouvrent la nouvelle version du Karen's Café avec Marvin et Millie en reporter sur les lieux pour l'occasion. Jamie commence à être de plus en plus distant de Madison et il le regrette. Quinn achètera un nouveau fauteuil à Clay. De plus, Clay et Nathan partiront sur la route pour trouver les nouveaux talents de demain. Nathan finira par retourner voir son père Dan pour lui donner une photo de Lydia et la balle de baseball qui a donné une double victoire à Jamie. Brooke apprend qu'elle va avoir des jumeaux mais elle va avoir un léger accident au café et devra accoucher prématurément. Les fils de Julian et Brooke s'appelleront Davis et Jude. Julian reçoit les critiques de son dernier film : il a été apprécié. Chase est dans l'Air Force, il apprend qu'Alex a vu un autre mec et va en parler avec Mia qu'il rencontrera lors de sa tournée... Lors du retour de Chase, Chuck sera heureux de le revoir et Alex sera bel et bien présente pour vivre avec lui. Millie reçoit une offre pour co-animer une grosse émission à Charlotte, Marvin commence à parler de Skills à Jerry mais Millie refusera de partir. Au final, tout se finit merveilleusement bien, tout le monde est heureux et ce season finale se termine avec l'image de Jamie avec un ballon de basket et un sweat gris (scott body shop) du garage de son grand oncle keith sur le pont que fréquentait Lucas autrefois et que l'on vois au début du generique de One Tree Hill...

Alors que Brooke et Julian commencent à se faire à leur nouvelle vie avec les enfants, Haley et Nathan se retrouvent à devoir gérer des problèmes similaires. Ils ne le savent pas encore, mais des visages venus du passé pourraient bien venir menacer leurs projets futurs. Pendant ce temps, un problème mystérieux va se poser pour Clay et Quinn...

Brooke discute d'une nouvelle entreprise avec son père, tandis que Julian propose son propre investissement. Quinn convainc Clay d'obtenir de l'aide. Millie se bat pour être honnête avec Mouth. Pendant ce temps, Chris Keller fait à Alex une offre qu'elle ne peut pas être en mesure de refuser. Nathan part volontairement en Europe pour trouver des nouveaux clients pour "Fortitude", laissant Dan avec Haley et Jamie.

Dan propose son aide à Haley au Karen's Cafe. Pendant ce temps, Quinn découvre que Clay lui cache quelque chose. Chase tente de réparer un cœur brisé. Brooke est déçue de son déjeuner avec son père. Julian fait une erreur qui change sa vie.

Alors que Julian se bat avec sa culpabilité d'avoir oublie son fils dans la voiture, Brooke aide Haley à faire face à un nouveau café rival, et son propriétaire difficile. Pendant ce temps, la nouvelle copine de Chase a un secret compliqué, et Quinn prend des mesures extrêmes pour aider Clay à réaliser qu'il va plus mal que ce qu'il ne croit. Marvin a décidé de faire attention a son poids.

Alors que Quinn distrait Jamie, Haley recherche Nathan. Clay reçoit enfin des réponses concernant son état. Pendant ce temps, Julian tente de reprendre une vie normale, tandis que Brooke essaye de donner une chance à Tara.

Dan fait appel à Julian pour l'aider à trouver Nathan. Mouth met Clay au courant à propos de Nathan, alors qu'Haley explique la disparition de Nathan à Jamie. Brooke trouve une idée pour faire venir des clients dans un Karen's Café vide, et Chris Keller confronte Chase à propos de Tara... À la fin de l’épisode les malfaiteurs qui ont kidnappé Nathan lui disent qu'ils le tueront tôt ou tard, et Haley voit sa fille faire ses premiers pas.

Haley recherche de l’aide auprès de Lucas pendant que Nathan fait une tentative d'évasion qui échoue. Brooke décide de faire face à son ancien agresseur (et celui qui a tué Quentin), Xavier, et pense pouvoir lui accorder son pardon. Julian découvre un indice qui aide Dan dans ses recherches mais se rend conte que la situation est pire qu'il ne le pensait.

Alors que Dan continue ses recherches, Haley doit aller identifier un corps à la morgue. Heureusement, il ne s'agissait pas de Nathan. Clay fait un pas en avant lorsque son medecin lui rappelle un évènement important dans sa vie. Brooke et Julian font face au retour de Xavier. Chase quant à lui compromet sa carrière de pilote lorsqu'il défend Chuck face à son père violent.

Haley est prête à tout pour retrouver Nathan quitte à se mettre en danger et faire confiance à Dan. Brooke et Julian aimeraient que Xavier ne s'approche plus d'eux mais l'effet inverse va se produire, mettant en danger la petite famille. Après avoir été arrêté, Chase doit être jugé pour savoir si oui ou non il ira en prison. Enfin, Clay atteint un nouveau stade avec Logan quand il lui avoue être son père.

Alors que Xavier veut en finir avec Brooke, Tara arrive à temps pour la sauver. Dan, Julian et Chris vont prendre d'énormes risques pour sauver Nathan. En effet, Dan s'embarque dans une véritable tuerie au sein de l’entrepôt où est caché Nathan et alors qu'il trouve enfin Nathan, il est venu le moment de prendre la fuite, mais cela est risqué puisqu'il reste encore deux hommes à abattre cachés quelque part. Mais pris par l'épuisement, Nathan fait tomber son fusil et le bruit attire Dimitri qui arrive et tire sur Nathan. Dan se jette alors sur lui, avant de prendre la balle dans le dos. Après avoir abattu Dimitri, Nathan se retrouve impuissant face au policier corrompu. Julian intervient et sauve ainsi son ami. Haley reçoit un appel qui accroît son espoir.

Nathan enfin retrouvé par Dan et Julian, sort de ce périple saint et sauf contrairement à son père, dont la vie s’accroche dans l'équilibre. Ils se dirigent tous trois vers l’hôpital, Nathan retrouve enfin Haley et ses enfants. Le médecin annonce par ailleurs à Nathan que son père ne s'en sortira pas et qu'il cèdera à ses blessures dans peu de temps malgré les efforts déployés par les chirurgiens pour le sauver.Nous pouvons voir à partir de ce moment que la petite famille Scott pardonne à Dan ses erreurs du passé. Une partie du moins car on peut voir que Nathan s'en veut de ne pas avoir parlé à son père durant toutes ces années et ne sait pas quoi lui dire, ni comment le laisser partir. Il ira malgré tout à son chevet pour lui parler et lui dire qu'il l'aime, lorsque Dan cède à ses blessures devant les yeux de son fils. C'est à cet instant que nous pouvons voir Keith apparaître et parler à Dan, on comprend alors que Dan vient de mourir. Quant à Brooke, elle est étonnée de voir son père arriver chez elle après l'attaque de Xavier. Cette visite lui semble bizarre, et ses doutes vont se confirmer par la suite car son père n'est venu la voir que pour le bien de l'entreprise Baker Man. Suite à ça Brooke va mettre à la porte son propre père, en colère et déçue. En parallèle Julian veut réaliser le livre écrit par Lucas et en faire une série. Clay et Quinn recréent des liens avec Logan, Clay rend visite aux parents de Sarah une première fois pour voir Logan, ce que les parents de Sarah refusent. Clay retournera par la suite chez eux et réussira à convaincre le père de Sarah, il verra alors son fils et discutera avec lui avant de le présenter à Quinn. Un épisode riche en émotion, puisqu'il se termine sur Dan et Keith partant tous deux dans la lumière.

Pendant qu'Haley se prépare au Festival de brûle bateau annuel de Tree Hill, Brooke voit ses parents se rapprocher, ce qui la met dans tout ses états, tandis que Julian essaie de donner un nouveau souffle à une idée passée . En effet, il est sur le point de produire le livre que Lucas à écrit. Micro et Millie apportent une modification à leur émission du matin. Clay et Quinn se préparent à la première nuit de Logan dans la maison de la plage.Clay est tellement amoureux de Quinn qu'il va la demander en mariage!

Clay & Quinn adoptent Logan puis se marriront, et la série de Julian commence a tourner. Chaque habitant de Tree Hill a des flashbacks d'eux au Lycée. Haley parle de sa cachette avec Lucas à Jamie. Un bond dans le futur est effectué, et l'on voit Jamie en train de jouer dans le gymnase du lycée. Les enfants ont grandi et Micro est marié avec Millie, celle-ci attendant leur 1er enfant.