De inwoners van Tree Hill zijn zwaar aangeslagen door het auto-ongeval dat plaatsvond vlak na het huwelijksfeest van Haley en Nathan. Haley is onder de indruk van de heldhaftige reactie van haar man, die zijn eigen leven op het spel zette om zijn oom Cooper en Rachel van een wisse dood te redden. Het blijft voorlopig echter koffiedik kijken of zijn reddingspoging iets heeft uitgehaald, want zowel Nathan als Cooper en Rachel verkeren nog steeds in levensgevaar.

Brooke beleeft weinig plezier aan haar achttiende verjaardag , haar feestje wordt bijna volledig overschaduwd door het auto-ongeval, dat zwaar blijft wegen op het dagelijkse leven in Tree Hill. Bovendien is haar ruzie met Peyton en Lucas nog lang niet bekoeld. Ondertussen leert Lucas leven met het feit dat zijn moeder opnieuw zwanger is. Maar Deb is niet de enige vrouw in zijn omgeving die een kindje verwacht…

Peyton ontmoet haar halfbroer Derek voor de allereerste keer. Het klikt vrijwel meteen. Haley vermoedt dat Rachel haar pijlen gericht heeft op Nathan. Ze is echter niet van plan om Rachel zomaar haar gang te laten gaan. De breuk tussen Lucas en Brooke lijkt definitief na een nieuwe woordenwisseling op een feestje na een basketbalwedstrijd…

De roddel dat Brooke zwanger zou zijn, verspreidt zich als een lopend vuurtje door Tree Hill. Nathan lijkt het ongeval nog niet helemaal verwerkt te hebben. Volledig tegen de zin van Haley in besluit hij zich een motor aan te schaffen. Ondertussen is Peyton erin geslaagd hip-hop zanger Lupe Fiasco te strikken voor een optreden in haar nachtclub Tric.

Lucas ontdekt dat Dereks interesse in Peyton verder reikt dan hij laat blijken. De geruchten rond de vermeende zwangerschap van Brooke blijven aanhouden. Terwijl Nathan zijn moeder probeert te overhalen af te kicken van haar pillenverslaving, krijgt hij verrassend nieuws: de prestigieuze universiteit van Duke wil hem maar al te graag inlijven en doet hem een concreet voorstel…

Nathans financiële problemen dwingen hem toenadering te zoeken tot zijn vader. Lucas keert ondanks zijn hartaandoening terug in het basketbalteam van Tree Hill High. Peyton voelt zich eenzaam, maar ze ontvangt troost uit onverwachte hoek.

Rachel belandt op de cover van het populaire mannenblad Maxim en dat zorgt voor opschudding op Tree Hill High. Wanneer Lucas ontdekt waarom Nathan op de voet gevolgd wordt door Daunte, komt hij plots voor een hartverscheurende keuze te staan: hij moet kiezen tussen de toekomst van zijn broer en zijn liefde voor basketbal.

Derek probeert Peyton te overtuigen haar geluk te wagen bij Lucas. Zelfs als Peyton zichzelf zover kan brengen dat ze toenadering zoekt tot haar ex-vriendje, moet ze rekening houden met een concurrente: Brooke vraagt Lucas immers om hun relatie een nieuwe kans te geven. Ondertussen stelt Daunte steeds hogere eisen aan Nathan.

Whiteys definitief afscheid als coach van de Ravens komt steeds dichterbij en dat laat niemand in Tree Hill onbewogen. De druk om het nationaal kampioenschap te winnen is nog nooit zo groot geweest, wat voor extra spanningen zorgt tussen Lucas en Nathan. Haley ontdekt het geslacht van haar baby.

Lucas kan zijn ogen amper geloven wanneer hij het bezoek krijgt van zijn dood gewaande oom Keith. Het leven van Haley en dat van haar ongeboren baby hangt aan een zijden draadje wanneer ze plots geconfronteerd wordt met ernstige zwangerschapscomplicaties.

Lucas is hersteld van zijn hartaanval en keert terug naar school. Zijn bijna dood ervaring heeft ervoor gezorgd dat hij alles vanuit een ander perspectief is gaan bekijken. Zijn enige doel is nu het hart van Peyton veroveren. Terwijl Haley ontdekt dat Nathan verantwoordelijk was voor haar ongeval, bedenken Brooke en Rachel een plan om de vragen van hun wiskunde-examen te bemachtigen.

De laatstejaars van Tree Hill High zijn amper één week verwijderd van dé gebeurtenis van het jaar: hun galabal. Haley maakt zich steeds meer zorgen over haar verwondingen en vreest dat ze het feest zal moeten missen. Skills en Mouth helpen Nathan op een originele manier met het inzamelen van geld: ze laten zich betalen voor een striptease.

Een schoolopdracht brengt de diepste geheimen en verlangens van de leerlingen van Tree Hill High aan het licht. Nathan heeft het bijzonder moeilijk met de zelfmoordpoging van zijn moeder. Skills staat voor een belangrijke keuze die de rest van zijn leven kunnen bepalen. Hij besluit Haley om advies te vragen. Brooke slaagt er niet in onopgemerkt te spieken tijdens haar wiskunde-examen , haar nieuwe klasgenoot Chase heeft haar door…

Haley confronteert Brooke met de gestolen examenvragen. Peyton en Brooke blazen hun vriendschap langzaam nieuw leven in. Ook de band tussen Peyton en Lucas wordt opnieuw inniger. Ondertussen organiseert Nathan een wilde feest voor alle laatstejaars in het huis van zijn moeder. Het feestje dreigt hem echter zuur op te breken, want daar duikt plots een pikante videotape uit zijn verleden op…

De gevolgen van Nathans feestje hebben diepe sporen nagelaten in Tree Hill. Haley eist dat Nathan haar een lijstje geeft met al zijn seksuele veroveringen. Rachel krijgt de schuld voor de gestolen examenvragen en wordt geschorst door de schoolraad.

Lucas ontdekt wie getuige was van de moord op zijn oom Keith één jaar geleden. Ondertussen wordt Peyton geconfronteerd met de minder aangename gevolgen van haar beslissing om het galabal niet bij te wonen. Nathan en Haley gaan wel naar het bal, ze beloven elkaar voor één avond hun zorgen aan de kant te schuiven en zijn van plan volop te genieten van het feest.

Wanneer het onbezonnen uitstapje van Rachel en Mouth hopeloos de mist ingaat, reizen de tieners van Tree Hill ter plaatse om hen te redden. Tijdens deze reis krijgen Haley en Nathan een nieuwe kans om alsnog van hun galabal te genieten en groeien Lucas en Peyton nog dichter naar elkaar toe.

Nathan vreest voor zijn toekomst; zijn fouten uit het verleden lijken hem en Haley niet los te laten. Lucas neemt contact op met de mysterieuze getuige van de moord op zijn oom en krijgt een schokkende bekentenis te horen. Brooke blaast haar vriendschap met Peyton nieuw leven in, nadat haar wegen kruisen met die van Chase…

Te mooi om te vergeten, het jaarboek wordt getekend, met boodschappen die in toon variëren van hartgrondig tot hartverscheurend. Mouth krijgt de kans om te laten zien dat hij een goede vriend is en Lucas stevent af op een schokkende confrontatie met Dan.

Vaarwel, Tree Hill High. De diploma-uitreiking betekent voor iedereen het begin van een nieuw leven: van Nathan die moet wennen aan een toekomst zonder basketbal, tot Brooke die de liefde een nieuwe kans geeft, en de familie Scott die een nieuw gezinslid verwelkomt.

Haley baart Nathan's zoon: James 'Jamie' Lucas Scott. Nadat Karen bijna sterft bij het baren van Keith's dochter Lily, geeft Dan toe dat hij Keith heeft vermoord en gaat de gevangenis in.