Cooper, Rachel und auch Nathan, der bei der Rettungsaktion beinahe ertrunken wäre, werden ins Krankenhaus eingeliefert. Nathan und Rachel erholen sich rasch, aber Coopers Leben hängt am seidenen Faden. Rachel macht sich furchtbare Sorgen um ihn, und weicht praktisch nicht von seinem Krankenbett.

Es ist Brookes 18. Geburtstag und sie fühlt sich einsam, weil sie diesen nicht wie üblich mit ihrer besten Freundin verbringen kann. Peyton verbringt stattdessen wieder mehr und mehr Zeit mit Lucas. Cooper erwacht aus seinem Koma und verlässt kurz darauf Tree Hill, um Rachel Abstand zu geben, dass sie über ihn hinwegkommen kann. Skills beschließt, den Tree Hill Ravens beizutreten.

Skills hat sein erstes Spiel bei den Ravens, und hilft dem Team zum Sieg. Nathan hat während des Spiels Probleme, sich zu konzentrieren. Er ist mit seinen Gedanken immer noch bei dem Unfall, bei dem er beinahe ertrunken wäre als er Rachel und Cooper aus dem Auto befreit hat.

An der Schule geht das Gerücht herum, dass Brooke schwanger wäre. Sofort wird sie von Shelley Simon angesprochen, die Gründerin der „Clean Teens“, einer Gruppe von Schülern, die einen Eid geleistet haben, keinen vorehelichen Sex zu haben.

Nathan erhält ein volles Stipendium für seine Traum-Uni, die Duke University. Als Haley ihm kurz darauf gesteht, dass sie schwanger ist, ist er nicht gerade begeistert. Dan rät ihm, auf jeden Fall auf die Duke zu gehen, aber Nathan beschließt schließlich, auf jeden Fall für Haley da zu sein, und die Entscheidung, auf welche Uni er gehen will zusammen mit ihr zu treffen.

Peyton ist nach ihrem Stalker-Angriff ziemlich durch den Wind und hat Angst, alleine zu sein, da ihr Stalker immer noch auf freien Fuß ist. Luke sorgt sich um sie und überredet ihren echten Bruder Derek, ihm dabei zu helfen, ihr beizustehen.

Brooke stellt ihre Modelinie Clothes Over Bro’s auf einer Modenschau vor und lässt sich dabei von Mouth helfen. Der wird von einem Model eingeladen, mit ihr zu feiern, leht aber wegen Gigi ab. Nick versucht, sich an Rachel ranzumachen, woraufhin diese dafür sorgt, dass Nick suspendiert wird.

Daunte verlangt von Nathan, dass er das Finale der State Championship verliert. Er droht ihm, durch offenlegen ihres gemeinsamen Wettbetrugs im vorherigen Spiel, Nathans Karriere zu beenden. Als der sich dennoch weigert droht Daunte ihm und Haley Gewalt an.

Vor dem Finale der State Championship erfährt Luke von Nathan, dass dieser gezwungen wird, das Spiel zu verlieren. Luke will ihm das nicht durchgehen lassen und verzichtet darauf, seine Herzmedikamente einzunehmen, da die seine Leistung drosseln.

Luke und Haley werden ins Krankenhaus gebracht. Beide sind in einem kritischen Zustand. Nathan wird von Schuldgefühlen geplagt; Zusammen mit Brooke, Peyton und Karen bangt er im Krankenhaus um die Beiden und das ungeborene Kind

Nathan will nicht, dass Dan an seiner Stelle verurteilt wird, und plant, zu gestehen, dass es tatsächlich er war, der auf Daunte eingeprügelt hat. Zunächst gesteht er aber erstmal Haley alles – auch den Wettbetrug den er mit Daunte begangen hat. Die ist schockiert und geht erstmal auf Abstand, vergibt ihm aber schließlich.

Brooke schafft eine Eins in Mathe, aber ihre Freude ist nur kurz, da der Diebstahl des Tests aufgeflogen ist. Rachel wird bei den Clean Teens herausgeschmissen, weil sie sich ganz und gar nicht keusch verhalten hat. Brooke möchte jedoch weiterhin bei den Clean Teens bleiben, weil sie vom neuesten Mitglied, Chase Adams, angetan ist

Zum Ende des Schuljahres bekommt die Abschlussklasse der Tree Hill High von ihrem Lehrer eine ungewöhnliche Aufgabe gestellt. Laut ihm teilen sich Schüler grob in Kategorien ein. Man ist entweder ein Sportass, ein Streber, eine Ballkönigin, ein Einzelgänger oder ein Flittchen.

Brooke hat ein schlechtes Gewissen wegen des Mathe-Tests und will schon alles gestehen, aber dann erhält sie ein Angebot von Victoria’s Secret, dass Clothes over Bro’s ein Teil der Victoria’s-Secret-Modelinie PINK werden könnte. Aber nur, wenn Brooke ihren Abschluss schafft.

Lucas will Peyton zum Abschlussball abholen, aber sie öffnet ihm nicht die Tür. In dem Glauben, sie habe wegen des Streites mit Brooke noch immer keine Lust, geht er alleine zum Ball. Nicht wissend, dass Peyton im Haus von ihrem Stalker gefangen gehalten wird. Der erklärt ihr, dass er selbst es war, der sie angerufen hat, um ihr mitzuteilen, dass er von der Polizei gefasst worden sei, um sie in Sicherheit zu wiegen

Nachdem er eine Weile mit Rachel unterwegs war, hinterlässt Mouth Skills plötzlich eine Nachricht, dass er in Honey Grove, Texas sei und Hilfe bräuchte. Spontan wird beschlossen, als Gruppe gemeinsam hinzufahren, um Mouth abzuholen. Auf dem Weg hat ihr Auto eine Panne, aber wie der Zufall so spielt kommt Chris Keller in seinem Tourbus vorbei und bietet an, sie nach Honey Grove zu bringen.

Luke spürt Abby auf und will von ihr Klarheit über Keiths Tod. Bevor sie ihm etwas sagen kann, wird er jedoch von Abbys Mutter weggeschickt, die Abby beschützen will. Peyton wird noch immer von Erinnerungen an Ian Banks geplagt, ihren Stalker. Gemeinsam mit Brooke besucht sie ihn im Gefängnis, um sich ihrer Angst zu stellen.

Zum Ende des Schuljahres werden die Jahrbücher verteilt. Mouth ist sauer, dass Jimmy Edwards in diesem nicht erwähnt wird, und klebt in eines der Jahrbücher eine Seite mit Bildern von Jimmy ein. Dieses Jahrbuch übergibt er dann Jimmys Mutter, nachdem er seine Mitschüler freundliche Botschaften hat reinschreiben lassen.

Lucas bringt seine Mutter in Krankenhaus, wo festgestellt wird, dass sie wegen des Stresses in Verbindung mit ihrer Schwangerschaft einen Anfall hatte und sich nun in einem kritischen Zustand befindet. Um sie besser behandeln zu können, wird per Kaiserschnitt ihre Tochter zur Welt gebracht. Deb findet heraus, dass Luke ihre Waffe gestohlen hat, und will wissen, was das sollte.

Während Haley ihren Sohn zur Welt bringt verschlechtert sich Karens Zustand. Als ihr Herz aussetzt, begegnet sie Keith im Jenseits wieder. Der schickt sie jedoch wieder zu ihrer gemeinsamen Tochter in Diesseits. Unterdessen begiebt sich Dan zur Polizei und gesteht seinen Mord an Keith.