Dan hat das Feuer mit schweren Verbrennungen überlebt, da ihn ein Unbekannter aus dem Autohaus gerettet hat. Er ist davon besessen, herauszufinden, wer ihn töten wollte und will Rache. Bereits vor dem Brand in Dans Autohaus ist Haley nach Tree Hill zurückgekehrt. Sie will wieder mit Nathan zusammen sein, aber dieser kann ihr nicht mehr vertrauen und verbringt wie geplant den Sommer im Basketball-Camp. Peyton erfährt von ihrem Vater, dass sie adoptiert, und Ellie tatsächlich ihre leibliche Mutter ist.

Nathan ist vom Basketball-Sommercamp zurückgekehrt. Er vermeidet Haley, die wieder mit ihm zusammen sein will und versucht ihre Ehe zu retten. Als die beiden schließlich reden teilt Nathan ihr mit, dass er Zeit brauche, bis er ihr verzeihen kann. Peyton ist sauer, als sie erfährt, dass Ellie bereits vor Jahren Kontakt zu ihr aufnehmen wollte, ihr Vater das aber verhindert hatte.

Haley hat nach ihrer langen Abwesenheit Schwierigkeiten, sich wieder in den Schulalltag einzufinden. Peyton erfährt, dass Ellie an Krebs leidet. Bei den Drogen, die sie gekauft hatte, handelte es sich um Marijuana, das sie aus medizinischen Gründen konsumiert. Um ihren Gefühlen bezüglich Ellie Luft zu machen, startet Peyton einen Podcast, in dem sie über ihr Leben redet.

Brooke weist Luke an, auch mit anderen Frauen auszugehen. Als er jedoch mit der neuen Schülerin Rachel Gatina ausgeht, wird sie furchtbar eifersüchtig. Sie fühlt sich durch Rachel bedroht, die als neues Mitglied des Cheerleading-Teams durch großes Talent auffällt und Brooke ihren Platz als Kapitänin streitig zu machen droht. Brooke überredet schließlich Haley, ebenfalls Cheerleaderin zu werden, damit sie Rachel feuern kann.

Whitey bestraft das Basketball-Team für ihr Verhalten bei der Eröffnungs-Zeremonie der Basketball-Saison, indem er sie im Training extra hart rannimmt. Lucas bemerkt, dass er Schwierigkeiten hat, mit seinen Teamkollegen mitzuhalten. Er findet heraus, dass das an den Herzmedikamenten liegt, die er einnehmen muss.

Alle Cheerleader haben Verabredungen mit den Jungs, die sie in der „Traumfreund-Wahl“ ausgewählt haben. Rachel verbringt Zeit mit Lucas im Park, Peyton und Mouth besuchen Mouths an Alzheimer erkrankten Großvater und die Cheerleaderin Bevin sieht sich zusammen mit Lukes Kumpel Skills den Film Wie ein einziger Tag an.

Brooke bereut ihre Nacht mit Chris Keller und hat Angst, Luke gegenüberzutreten. Zu allem Überfluss erfährt sie auch, dass sie für ihre Kleidungsentwürfe nicht bezahlt werden wird, da sie nur als Verkäuferin angestellt ist. Um gegen diese Praxis ein Zeichen zu setzen, stiehlt sie zusammen mit Peyton alle Kleidungsstücke, die auf ihren Entwürfen basieren.

Brooke muss die Kleidung, die sie und Peyton gestohlen haben, wieder zurückgeben und verliert ihre Anstellung. Daraufhin startet sie ihre eigene Modelinie „Clothes Over Bro's“, und beginnt, von ihr entworfene Kleidung über das Internet zu vertreiben. Unterdessen gelingt es Dan, die Bürgermeisterwahl knapp für sich zu entscheiden. Luke konfrontiert Deb mit dem Wissen, dass sie es war, die versucht hat Dan umzubringen.

Brookes Website ist erfolgreicher als sie erwartet hatte, und so hat sie Schwierigkeiten, genug Kleider zu schneidern, um alle Bestellungen erfüllen zu können. Sie lässt sich von ihren Freunden helfen, ist aber enttäuscht, weil Lucas keine Zeit für sie hat.

Die Ravens verlieren auch das zweite Spiel der Saison, da sie Aufgrund von Spannungen im Team nicht richtig zusammenarbeiten. Um den Teamgeist zu fördern lässt Whitey sie bis auf weiteres in einer alten, heruntergekommenen Sporthalle spielen, die sie zunächst gemeinsam wieder herrichten müssen.

Keith wird aus Mangel an Beweisen wieder freigelassen, sehr zum Unmut von Dan, der nach wie vor von Keiths Schuld überzeugt ist. Brooke stellt fest, dass die Modenschau in New York am selben Wochenende wie der jährliche Cheerleading-Wettbewerb ist.

Über Tree Hill zieht ein großes Unwetter, dass einen Stromausfall verursacht. Nathan und Haley nutzen die Zeit, um über ihre gemeinsame Zukunft zu reden. Sie beschließen, sich an denselben Unis zu bewerben und auf jeden Fall auf dieselbe Uni zu gehen.

Die Ravens haben ein Auswärtsspiel, vor dem auch der jährliche Cheerleading-Wettbewerb stattfindet. Brookes Plan, sowohl an der Modenschau als auch beim Cheerleading-Wettbewerb teilzunehmen geht nicht auf, da die Präsentation ihrer Entwürfe verschoben wurde.

An der Tree Hill Highschool gibt es Aufregung, als die Zeitkapsel von einem Unbekannten verfrüht geöffnet, und die darin enthaltenen Videobotschaften im Internet veröffentlicht werden. In einer Videobotschaft redet sich der unscheinbare Jimmy Edwards seinen Frust von der Seele und spricht schlecht über seine Mitschüler

Jimmy Edwards bringt eine Pistole mit an die Schule und feuert einen Schuss ab. Die Schule wird evakuiert, aber es gelingt ihm mehrere seiner Mitschüler als Geisel zu nehmen, darunter Haley, Nathan, Mouth, Skills und Rachel. Die Diabetikerin Abby Brown lässt er gehen, da sie an Unterzucker leidet.

In Tree Hill versucht jeder auf seine Weise, die schrecklichen Ereignisse in der Schule zu verarbeiten. Lucas hat eine furchtbare Wut auf Jimmy Edwards und Karen ist wegen Keiths Tod vollkommen am Boden zerstört. Dan wird von Schuldgefühlen geplagt und von Erinnerungen an seinen Bruder heimgesucht, verdrängt diese jedoch.

Rachel lädt alle ihre Mitschüler die Keith nahestanden zu einem Wochenendausflug in das Ferienhaus ihrer Familie ein, damit diese auf andere Gedanken kommen können. Dort versucht sie die Wogen zu Mouth etwas zu glätten, der ihr Schuld an Jimmys und Keiths Tod gibt, da sie die Zeitkapsel veröffentlicht hat.

Peyton will mehr Zeit mit Pete verbringen, was jedoch wegen seinem Rockstar-Leben schwierig ist. Ihr Vater ist zudem nicht gerade darüber erfreut, dass die Beiden miteinander ausgehen. Er fragt sie, ob Pete wirklich der Mann ist, mit dem Peyton zusammensein will. Peyton wird klar, dass dem nicht der Fall ist.

Peyton verbringt ein Wochenende mit Jake und Jenny. Jake erklärt ihr, dass gegenwärtig Nickis Eltern das Sorgerecht für Jenny haben, da das Drama zwischen ihm und Nicki nicht gut für Jenny sei. Peyton wird traurig darüber, dass sie nur kurze Zeit mit Jake zusammen sein kann und ihn bald wieder verlassen muss.

Jake bekommt mit, dass Peyton im Schlaf „Ich liebe dich, Lucas“ murmelt. Ihm wird klar, dass Peyton nicht ihn, sondern Lucas will; Er macht mit ihr Schluss und Peyton kehrt nach Tree Hill zurück. Lucas überlegt, was er mit seinem Leben anfangen soll, jetzt da er nicht mehr Basketball spielen kann. Er beschließt, Literatur zu studieren und Schriftsteller zu werden.

Deb erfährt von Dan, dass dieser glaubt, es wäre Keith gewesen, der versucht hat ihn umzubringen. Da sie nicht will, dass Keiths Andenken so beschmutzt wird, gesteht sie Dan, dass es in Wahrheit sie war, die das Feuer gelegt hat. Dan ist erschüttert, wird ihm doch klar, dass er seinen Bruder grundlos ermordet hat. Brooke ist wütend auf Peyton wegen deren Gefühle für Lucas.