Terwijl het einde van de zomervakantie nadert, herneemt het leven in Tree Hill stilaan zijn gewone gangetje. Drie maanden na de felle brand bij Scott Motors is de garage bijna volledig opnieuw opgebouwd. Dan revalideert nog steeds van de wonden die hij opliep, maar hij herinnert zich amper iets van het voorval. Dit weerhoudt hem echter niet om zijn zoektocht naar de brandstichter verder te zetten. Zijn vrouw Deb heeft de hoop op een verzoening opgegeven en ze vraagt voor de tweede keer de scheiding aan. Ondertussen onderzoekt Peyton het verhaal van de vrouw die beweert dat ze haar biologische moeder is en proberen Lucas en Brooke hun relatie over een andere boeg te gooien.

Brooke organiseert een fuif op het strand om het einde van de zomer op gepaste wijze te vieren, maar haar vrienden delen haar feeststemming niet. Nathan is teruggekeerd naar Tree Hill om een oplossing te vinden voor zijn huwelijksproblemen, maar hij ontdekt dat hij nog niet klaar is om met Haley te praten. Bovendien leeft hij nog steeds op voet van oorlog met zijn broer Lucas. Die heeft nog meer zorgen aan zijn hoofd: hij heeft bijzonder veel moeite met de regels die Brooke voor hun losse relatie heeft opgesteld. Peyton neemt het haar vader kwalijk dat hij jarenlang zweeg over het bestaan van haar biologische moeder, maar anderzijds aarzelt ze om de vrouw te leren kennen.

Op de eerste dag van het nieuwe schooljaar heeft Haley het niet onder de markt: Nathan gunt haar amper een blik en ze wordt voortdurend gepest door haar klasgenotes. Dan Scott zorgt voor opschudding op deze eerste schooldag. Hij stelt zich vragen bij het beleid van coach Durham en hij vraagt de schoolraad om diens functie dringend te herzien. Lucas doet een schokkende ontdekking over de moeder van Peyton en hij overweegt zijn vriendin hiervan op de hoogte te brengen. Ondertussen denkt Dan te weten wie hem probeerde te vermoorden door brand te stichten in zijn autozaak.

Wanneer Karen een gemaskerd bal organiseert in haar nachtclub Tric, ziet Haley dit als de uitgelezen kans om Nathan opnieuw voor zich te winnen. Het is echter lang niet zeker of Nathan zal opdagen. Brooke hoopt Lucas te verleiden op het feestje, maar ze wil hem het allesbehalve gemakkelijk maken. Peyton heeft weinig zin in de verkleedpartij: zij heeft andere zorgen aan haar hoofd. Ze weet niet of ze de banden wil aanhalen met haar biologische moeder, uit vrees opnieuw gekwetst te worden. Ondertussen laat Dan zijn vrouw Deb weten dat hij zijn zinnen gezet heeft op de burgemeestersjerp van Tree Hill en dat een echtscheidingsprocedure niet binnen zijn plannen past. Hij stelt Deb voor een ultimatum, maar al snel wordt duidelijk dat ook zij het spel hard kan spelen.

De start van het nieuwe basketbalseizoen van The Ravens nadert met rasse schreden. Het hele team telt vol ongeduld af naar de officiële ploegvoorstelling, maar de voorbereiding op het nieuwe seizoen verloopt niet van een leien dakje. Coach Durham heeft Nathan benoemd tot kapitein en die maakt meteen gebruik van zijn nieuwe functie om Lucas een lesje te leren. Ondertussen gaan Peyton en Brooke op zoek naar een nieuwe cheerleader. Hun zoektocht is van korte duur : Rachel, een nieuwe leerlinge van Tree Hill High, maakt meteen indruk en ze vervoegt het team. Brooke krijgt echter spijt van haar keuze wanneer ze ontdekt dat het meisje een oogje heeft op Lucas.

Brooke is het beu dat de cheerleaders elkaar voortdurend in de haren vliegen omwille van dezelfde jongen. Ze besluit een gloednieuw systeem uit te denken dat dit probleem in de toekomst moet voorkomen. Elke cheerleader mag één jongen van Tree Hill High uitkiezen, waar de andere meisjes uit de buurt van moeten blijven. Hiermee hoopt ze Lucas aan zich te binden, maar dat blijkt moeilijker dan ze dacht. Ondertussen heeft Lucas het bijzonder moeilijk om de zware fysieke trainingen van het basketbalteam vol te houden. Dit is een rechtstreeks gevolg van de medicatie voor zijn hartziekte, maar hij weigert de handdoek in de ring te gooien.

De cheerleaders van het basketbalteam van Tree Hill High gaan elk op date met de jongen die ze hebben uitgekozen. Terwijl Brooke noodgedwongen een koppel vormt met Chris, krijgt Haley de kans om wat tijd met Nathan door te brengen. Lucas is zwaar ontgoocheld dat Brooke niet voor hem koos en besluit dan maar af te spreken met diens grote rivale Rachel. Ondanks Rachels verwoede pogingen om hem te verleiden, slaagt hij er maar niet in Brooke uit zijn hoofd te zetten. Ondertussen gaan Karen en Deb van start met hun lastercampagne tegen Dan, maar ze komen al snel in een bijzonder netelige situatie terecht.

Alle ogen zijn gericht op het basketbalteam, dat zich voorbereidt op zijn eerste wedstrijd van het nieuwe seizoen. Door zijn problemen met Brooke kan Lucas zich amper op zijn spel concentreren. Dat is de andere spelers niet ontgaan: Nathan beschuldigt zijn broer ervan de zwakste schakel in het team te zijn. Peyton en Haley schuiven hun meningverschillen aan de kant om Brooke te steunen en wraak te nemen op Chris. Ondertussen gaat Dan volop verder met het openlijk beschimpen van zijn rivale Karen. Die laat zich echter niet kisten en dat levert vrijwel meteen resultaten op: volgens de laatste verkiezingspolls wordt haar aanhang steeds groter.

Nathan ontdekt dat Chris al het geld om Haley's demo te betalen heeft vergokt. Chris kan hem echter overtuigen samen een poging te ondernemen het bedrag terug te winnen op een pokertornooi. Ondertussen stijgt de verkiezingskoorts in Tree Hill. Dan is er vrij gerust in: hij confronteert zijn tegenstandster Karen met bezwarend videomateriaal en hij vermoedt dat ze, nog voor alle stemmen geteld zijn, de handdoek in de ring zal gooien. Brooke zoekt toenadering tot Lucas, maar die weigert nog steeds met haar te praten. Brooke besluit haar gedachten te verzetten en met de hulp van haar vriendinnen stort ze zich volledig op de kledinglijn die ze wil ontwerpen.

Peyton vraagt Lucas om een belangrijke gunst: ze hoopt dat hij haar vergezelt op haar zoektocht naar haar biologische moeder Ellie, die ondertussen ergens in River City zou wonen. Lucas zegt onmiddellijk toe, maar dat is niet helemaal naar de zin van Brooke. Die heeft het immers bijzonder moeilijk om Lucas opnieuw blindelings te vertrouwen. Bovendien kan ze zijn hulp zelf goed gebruiken: de lancering van haar eigen online kledingwinkel is een regelrecht succes, de bestellingen stromen binnen, maar ze raakt in tijdsnood. Ondertussen krijgt Nathan een onrustwekkend telefoontje van zijn moeder. Deb vraagt hem haar zo snel mogelijk te ontmoeten: ze moet hem namelijk iets vertellen over de moordpoging op zijn vader.

Keith keert onverwacht terug naar Tree Hill. Hij heeft gehoord dat Dan hem verdenkt van de aanslag op zijn leven en hij besluit de confrontatie met zijn broer aan te gaan. Hij heeft immers niets te verbergen. Dan denkt daar echter anders over en hij is vastberaden de zaak tot op het bot uit te spitten. Ondertussen lijden de Tree Hill Ravens hun tweede opeenvolgende nederlaag. Coach Whitey heeft geen medelijden met zijn spelers en legt hen een zware straf op: ze moeten hun trainingen en wedstrijden voortaan afwerken in een oude, bouwvallige gymzaal.

Keith wordt door de politie van Tree Hill op de rooster gelegd over de moordpoging op Dan. Bij gebrek aan bewijzen moeten ze hem al snel weer vrijlaten. Keith laat de dreiging van een mogelijke terugkeer naar de gevangenis niet aan zijn hart komen: hij geniet met volle teugen van zijn prille relatie met Karen. Ondertussen worden de laatstejaars van Tree Hill High door een studiebegeleider geïnterviewd over hun toekomstplannen.

Een hevige storm veroorzaakt een grootschalige stroompanne in Tree Hill. Door het zware onweer zijn vele inwoners genoodzaakt de nacht bij elkaar door te brengen: Ellie moet haar vertrek uit Tree Hill met enkele uren uitstellen en dit geeft Peyton de kans vrijuit met haar biologische moeder te praten over haar ziekte.

Brooke kan Haley en Peyton overhalen om samen met haar naar de prestigieuze Rogue Vogue-modeshow in New York te gaan, om vervolgens naar Charlotte te reizen en er deel te nemen aan een cheerleaderwedstrijd. Zodra ze in New York aankomen, dreigt haar nauwgezet weekendschema echter in het water te vallen. De presentatie van Brookes ontwerpen is door omstandigheden uitgesteld tot de volgende dag, waardoor die nu samenvalt met de cheerleaderwedstrijd.

Wanneer de tijdscapsule van vorig jaar wordt geopend, moeten Lucas en Mouth de woede van iemand uit hun verleden trotseren.

Er staan levens op het spel wanneer een leerling een wapen mee naar school brengt. Brooke slaagt erin in volle verwarring te ontsnappen, maar ze laat wel Peyton achter.

Tree Hill verzamelt om gezamenlijk het schietincident te verwerken. Dan heeft het moeilijk met het feit dat hij Keith heeft vermoord.

Lucas bevindt zich voor het eerst sinds de dood van Keith terug op het veld, maar vindt het onmogelijk om te spelen. Brooke wil wraak nemen op Rachel.

Terwijl Peyton tijd doorbrengt met Jake en zijn dochtertje in Savannah, nemen Nathan en de Tree Hill Ravens deel aan een belangrijk basketbaltornooi. Inzet van het tornooi is een plaats in de play-offs van het staatskampioenschap. Zonder de aanwezigheid van Lucas in het team, komt alle druk nu op de schouders van Nathan te liggen. Die druk wordt er - naarmate het tornooi vordert - zeker niet minder op: de topspeler van een rivaliserende ploeg doet zijn uiterste best om Haley te versieren en ook Dan laat opnieuw van zich horen. Ondertussen beramen Mouth en Brooke een plan om wraak te nemen op Rachel. Maar al snel wordt duidelijk dat ze zelf niets moeten ondernemen. Rachels leugens klaren deze klus voor hen.

Haley en Nathans huwelijksdag komt steeds dichterbij. Brooke is in de wolken met de rol als erebruidsmeisje en ze werkt dag en nacht aan Haley's trouwkleed. Die is echter niet helemaal tevreden met het resultaat. Ze weet alleen niet hoe ze deze boodschap tactvol aan haar vriendin kan overbrengen. Ondertussen keert Peyton ontgoocheld terug van haar bezoek aan Jake. Die heeft haar spontaan huwelijksaanzoek afgewezen omdat hij zich niet van de indruk kan ontdoen dat Peyton nog steeds iets voelt voor Lucas. Als ze heel eerlijk is met zichzelf, komt ze tot dezelfde vaststelling.

Nathan wordt badend in het zweet wakker op de dag van zijn huwelijk. Hij heeft gedroomd dat Haley om het leven komt bij een verschrikkelijk auto-ongeval en hij maakt zich zorgen over het goede verloop van deze belangrijke dag. Nathan wordt echter meteen gerustgesteld door Lucas, die er persoonlijk over waakt dat de toekomstige echtgenote van zijn broer veilig en wel op het huwelijk aankomt. Toch verloopt het trouwfeest niet geheel rimpelloos. Rachel wil tot het uiterste gaan om Cooper terug te winnen en er heerst een gespannen sfeer tussen Peyton en Brooke, wiens vriendschap zwaar op de proef gesteld wordt.