Na de hartaanval van Dan keren Keith en Lucas terug naar Tree Hill. Peyton en Brooke maken het weer goed. Deb is woedend dat er een nieuwe mevrouw Scott is: Haley, de vrouw van haar zoon.

Tijd voor een feestje! Lucas, Peyton en Brooke geven een receptie voor het nieuwe paar. deb en Dan lijken wel van karakter te zijn gewisseld. Zij schopt continu heibel en hij is de vriendelijkheid zelve.

Een vrijgezellenfeestje ná de bruiloft? Tim bestelt een vat bier en een stripper, dus regelt Brooke een meidenfeestje voor Haley. Nathen gaat werken bij Keith, die zolang de zaken van zijn broer waarneemt.

Nu hij weer opknapt, probeert Dan als vanouds weer iedereen te manipuleren. Hij is niet de enige die van het rechte pad afdwaalt. Brooke pleegt winkeldiefstal als haar eens zo rijke ouders bijna failliet gaan.

Felix daagt de tieners van Tree Hill uit tot het uithalen van allerlei stunts. Ook de volwassenen zijn overmoedig. Karen daat uit met haar docent bedrijfswetenschap en een knappe klant flirt met Keith.

Tree Hill begint op de Ark van Noach te lijken. Lucas en Anna, Brooke en Felix, Haley en Nathan, Jules en Keith, Karen en Andy, Deb en Dan - allemaal met z'n tweetjes.

Iedereen die meetelt is bij de opening van Karen's club Tric. Peyton regelt de optredens. Brooke wordt dronken. Lucas en Felix gaan op de vuist. Het publiek is dolenthousiast bij Haley's eerste optreden.

Op een pyjamafeestje wisselen de meisjes geheimen uit. Onderweg naar een basketbalwedstrijd tobben Nathan en Lucas over hun vaders hartafwijking, die erfelijk is. Nathan laat zich testen, Lucas wil dat niet.

Lucas gaat met Anna naar het semi-formal, maar het einde van de avond brengt hij door met Brooke. Haley is te laat op het formal, Nathan wordt boos als hij te weten komt dat ze aan het samenwerken was met Chris. Ondertussen ligt Payton in de knoop door de druk die ze voelt om drugs te nemen.

Nathan maakt zich zorgen over de gezondheid van Lucas. Hij vertelt Karen dat Lucas de harttest niet genomen heeft. Dan biedt Keith een job aan als vicepresident. Op school wordt Payton geconfronteerd met de roddels dat ze lesbisch zou zijn. Hierdoor komt haar vriendschap met Anna onder spanning te staan. Nathan en Haley beginnen uit elkaar te groeien.

Haley is verrast als haar oudere zus Taylor naar huis komt, maar niet zo erg als Nathan. Hij en Taylor hebben een verleden. Brooke en Felix beslissen om een koppel te worden. Jake gaat bij Payton op bezoek en ze nemen samen een beslissing. Anna vertelt Lucas een geheim.

Nathan vertelt Haley over zijn verleden met haar zus Taylor, maar Haley blijft mailen met Chris zonder dit aan Nathan te vertellen. Taylor ziet de mails. Karen is er niet akkoord mee dat Lucas zijn HCM-test niet wil nemen. Keith vraagt Jules of ze met hem wil trouwen. Boooke vecht voor betere werkgelegenheden op haar nieuwe werk. Lucas beslist om samen met Keith de HCM-test te nemen.

Als Michelle Branch en Jessica Harp (the wrechers) optreden in TRIC, beseft Haley haar droom om een muziekcarrière uit te beginnen. Ondertussen beslist Lucas om bij Dan te gaan wonen, hierdoor komen zowel zijn relatie met karen als Nathan onder spanning te staan. Pauton en Jake hun vriendschap wordt sterken. Lucas krijgt zijn HCM resultaten.

Terwijl het huwelijk van Nathan en Haley steeds slechter wordt, beland Nathan in een emotionele crisis en hervalt hij in oude gewoonten. Karen probeert uit te zoeken waarom Lucas bij Dan is gaan wonen. Payton en Jake hun relatie wordt steeds sterker.

Het is tijd voor een time capsule project op Tree Hill High, en iedereen deelt z'n meeste intieme geheimen voor een anonieme video camera. Nathan wordt steeds bozer vanwege Haley's vertrek, en beland zelfs in de gevangenis - samen met Lucas. Peyton en Jake beginnen steeds meer voor elkaar te voelen, terwijl Felix een feestje organiseert om Brooke's nieuwe positie als president van de leerlingenraad te vieren.

Keith wordt gewelddadig als hij erachter dat Jules door Dan was ingehuurd. Anna komt erachter dat Felix degene was die 'Dyke' had geschilderd op het kluisje van Peyton's en licht de school in. Ondertussen reist Nathan af naar Atlanta om Haley naar huis te halen.

Na zijn bezoek aan Haley gaat Nathan nog even langs bij Taylor voor wat plezier. Anna bezoek van haar ex-vriendinnetje en besluit uit de kast te komen voor haar ouders. Lucas en Andy werken samen tegen Dan. Karen is streng voor Brooke en Peyton en Jake blijven Jenny verstoppen voor Nicki.

Nathan's oom Cooper komt langs in Tree Hill en neemt Nathan en Lucas mee naar de racebaan, waar ze uitgedaagd worden tot een wedstrijdje door Nathan's jeugdvriendin Daytona. Ondertussen wordt Deb's misbruik van medicijnen steeds erger en wordt Andy's relatie met Karen tijdens de les onthult door Dan.

Na zijn ongeluk beland Nathan in een coma waar hij droomt van zijn leven als Dan bij Karen en Lucas was gebleven in plaats van met Deb te gaan trouwen. Nadat Nathan bijkomt uit zijn coma, belt hij Haley op om te vertellen dat ze niet naar huis moet komen.

Nathan is ontslagen uit het ziekenhuis en vind bij thuiskomst een stapel onbetaalde rekeningen en een uitzettingsbevel. Peyton en Brooke organiseren een benefietavond in Tric om geld voor Nathan op te halen. Dan is degene die Nathan uiteindelijk helpt, maar zijn hulp is niet vrijblijvend: hij wilt dat Nathan's huwelijk met Haley wordt ontbonden.

In het eerste deel van de twee uur durende seizoensfinale, raakt de sfeer tussen Lucas en Brooke verhit wanneer ze naar New York gaat om een nachtje bij Haley op bezoek te gaan. Peyton is opgetogen als ze het voor elkaar krijgt de band Jimmy Eat World in Tric te laten spelen en Jake vrijgelaten wordt. Ondertussen vraagt Andy aan Karen om te zomer in Nieuw Zeeland te spenderen.

In het tweede deel van de twee uur durende seizoensfinale, besluiten Nathan en Deb samen om Dan voorgoed te verlaten, wat niet helemaal zo gaat als gepland. Peyton wordt verrast, terwijl Karen besluit de zomervakantie in Nieuw Zeeland te spenderen. Dan's veelvuldige bedrog en misleidingen zorgen ervoor dat iemand zijn autobedrijf in de fik steekt, terwijl hij nog binnen is.