Un garçon possède le don de donner vie à ses dessins lorsqu'il dessine de la main gauche.

Une petite fille abandonnée par ses parents doit vivre dans un entrepôt dans le noir absolu, ne pouvant supporter la lumière. Le petit garçon qui s'en occupe finit par développer la même intolérance à la lumière.

Un garçon entend des voix incessamment, et des cornes poussent sur sa tête. Il s'épuise peu à peu, comme sa mère qui est morte d'épuisement.

Ginko a entendu une rumeur autour d'un homme qui a des rêves prophétiques de temps en temps. Il soupçonne que des mushis vivent dans ses rêves. Il donne à l'homme un médicament pour les garder sous contrôle. Quand Ginko revient, le village est déserté.

L'homme lui raconte alors ce qui s'est passé pendant qu'il était absent.

Ginko rencontre dans la forêt une fille qui vit dans un marais voyageur.

L'ancienne amie d'un petit garçon est devenue l'idole d'une île : considérée comme la déesse de la vie, elle semble avoir le pouvoir de vieillir et de rajeunir tous les jours, et de guérir les maladies de chacun.

Ginko rencontre un homme qui poursuit les arcs-en-ciel pour les capturer, comme son père l'avait fait avant lui, mais au détriment de ses relations familiales.

Un jeune homme attend sur une plage que sa femme revienne depuis près de trois ans : son bateau s'est perdu dans le brouillard, mais aucune épave n'a jamais été retrouvée malgré les forts courants amenant vers la côte.

Ginko arrive dans un village où, étrangement, chaque catastrophe naturelle laissant désemparés les villages voisins mène à une récolte exceptionnelle. Parallèlement, un villageois meurt à chaque fois que cela arrive.

Des enfants tombent gravement malade lorsqu'ils dérobent une pierre à encre dans la collection d'Adashino.

Ginko rencontre le gardien d'une montagne, qu'il ne semble pas pouvoir quitter pour le bien du village vivant à son pied, qui la considère comme la montagne sacrée.

Un garçon vient de perdre sa mère en forêt, et est recueilli par Nui, une Mushishi à qui il manque un œil et qui a les cheveux blancs à cause des mushi vivant dans le lac avoisinant.

Une petite fille est tombée d'un pont il y a trois ans, et a chuté dans un précipice. Elle est revenue contre toute attente, mais ne dit rien et semble entièrement hors du monde.

Ginko croise un homme qui, avec sa famille, ne peuvent quitter la forêt. Lorsqu'ils essaient d'en sortir, ils se retrouvent à leur point de départ irrémédiablement, ainsi que ceux qui sont avec eux.

Un petit garçon disparaît tous les hivers pour aller dans un endroit où le printemps apparaît bien plus tôt. Il reste alors endormi jusqu'à ce que le printemps arrive dans son village.

La mère d'un petit garçon perd entièrement la mémoire, y compris des connaissances les plus élémentaires.

Les Uromatori créent des trous dans l'espace : c'est la base de la communication à distance des mushishi. Malheureusement, la sœur d'une petite fille s'est perdue dans l'un de ces trous.

Ginko tombe sur un manteau fait avec des matériaux de la montagne, et qui semble regorger de mushi : il se met en quête de son propriétaire.

Ginko retrouve une fille qui a été happée par le ciel lorsqu'elle a voulu attraper une étoile. Lorsqu'elle revient, elle devient chaque fois plus légère, et n'arrive plus à rester sur terre.

Une femme nommée Aki a découvert une tache verte sur sa robe de mariée. Un an plus tard, elle a donné naissance à un garçon qui, devenu adulte, porte les mêmes marques sur son corps. Il s'avère qu'à l'origine, le garçon n'est pas né en tant qu'humain, mais sous la forme d'un blob vert informe, qui s'est ensuite transformé en humain. Son mari demande l'aide de Ginko, mais il est incapable de sauver son fils car c'est l'œuvre d'un "Watahaki".

Ginko arrive sur une île où il se renseigne sur des soi-disant "renaissances", mais sans succès. La nuit, il rencontre une femme qui est capable de voir une lumière étrange dans la mer. Elle lui explique ce que sont les "renaissances" : lorsqu'une personne est sur le point de mourir, elle peut être emmenée au plus profond du Ryuugu, où elle renaît.

Dans une région montagneuse et froide, Ginko se promène dans la plaine enneigée lorsqu'il entend un son résonner dans l'air froid et qu'il remarque de la rouille sur un arbre. Ginko entre dans une ville voisine et découvre que la rouille recouvre tout, y compris les gens. Le chef du village explique à Ginko qu'il s'agit d'une maladie qui affecte la ville depuis 14 ans, que les gens perdent peu à peu les mouvements de leurs membres et qu'on dit qu'une fille appelée Shige en est la cause.

Ginko rencontre un autre Mushishi, une jeune femme du nom de Yahagi. Dans le village où elle vit, une nouvelle variété de Mushi pousse dans les champs de la montagne. La situation devient si grave que les habitants du village sont en danger et, en dernier recours, ils envisagent de brûler toute la montagne, mais Ginko ne pense pas que ce soit la bonne solution.

Après avoir atteint une ville, Ginko tombe sur un "biwa hoshi" nommé Amane, qui chante des chansons sur les Mushi et elle est immédiatement capable de dire qu'il est un Mushishi. Elle le force donc à passer une nuit dans une auberge où elle lui révèle plus tard qu'elle a vu un "Ganpuku", un Mushi très rare qui permet à son hôte de voir de mieux en mieux jusqu'à ce qu'il meure.

Taku est un jeune garçon qui s'est toujours demandé qui étaient les gens qui passaient toujours dans les montagnes pendant la saison des pluies. Un jour, il rencontre un garçon nommé Isaza, alors qu'il pêche du poisson. Il semble que Taku ne soit pas le seul à pouvoir voir le Komiyaku dans les montagnes, mais Isaza semble en savoir beaucoup plus que lui sur la montagne.