Nella terza stagione ci sono molti cambiamenti, per quanto riguarda le relazioni e il potere all'interno della società dei personaggi: Marissa viene espulsa dalla Harbour School e la famiglia Cooper, rimasta con pochi soldi, è costretta a trasferirsi in un parcheggio per roulotte, mentre Marissa inizia a perdere il controllo, abusando di alcol e droghe. Gli altri personaggi pensano al college, con Seth e Summer in competizione per un posto alla Brown University e Ryan che accarezza l'idea di un'educazione post-secondaria, incoraggiato da Sandy e Kirsten ad andare a Berkeley. I progetti di Ryan vengono però messi da parte quando, nel finale della stagione, mentre accompagna Marissa all'aeroporto, finisce fuori strada a causa di Kevin Volchok (l'ultima storia d'amore di Marissa andata storta): nell'incidente Ryan si salva ma Marissa le muore tra le braccia.

トレイを銃で撃ってしまったマリッサ。シーズン3は、この事件によって起こる様々な波紋からストーリーが展開していくのだが、一番大きい出来事は、マリッサがニューポート・ユニオン校という公立高校に転校すること。セレブなお嬢様のマリッサが、仲間と離れ独りぼっちになって、私立のハーバー校とは全く雰囲気の違う公立校に馴染むことができるのか!?　そこで待ち受けているものとは!?

Ryan, Marissa, Seth and Summer are about to begin their senior year at Harbor High. But while everyone else celebrates the last days of summer, a dark cloud hangs over the foursome. Trey, Ryan's brother, still clings to life two months after the shooting and the cops want to know who really shot him. Meanwhile, Julie Cooper and Jimmy are determined to protect Marissa at whatever cost. And while Sandy, Seth and Ryan try to fend for themselves at home, Kirsten, still recovering in her plush rehab by the sea, forms a friendship with fellow recovering alcoholic Charlotte, who like all things in the O.C. may not be everything she appears to be.

Ryan, Marissa, Seth en Summer beginnen aan hun laatste jaar op Harbor High. Maar terwijl iedereen de laatste zomerdagen viert, hangt er een donkere wolk boven het viertal. Trey, Ryans broer, klampt zich twee maanden na de schietpartij nog steeds vast aan het leven en de politie wil weten wie hem echt heeft neergeschoten. Ondertussen zijn Julie Cooper en Jimmy vastbesloten om Marissa koste wat kost te beschermen. En terwijl Sandy, Seth en Ryan thuis voor zichzelf proberen te zorgen, vormt Kirsten, die nog steeds aan het herstellen is in haar luxe afkickkliniek aan zee, een vriendschap met mede herstellende alcoholist Charlotte, die misschien niet alles is wat ze lijkt te zijn.

O complexo de herói de Ryan se transforma em uma receita certa para o desastre. O relacionamento de Seth e Summer fica a perigo graças à mania que Seth tem de editar a verdade. À medida que Kirsten tenta reconstruir sua vida, Sandy assume a liderança do Newport Group e herda um legado de escândalo deixado por Caleb Nichol. Marissa perde o controle depois que sua irmã mais nova, Kaitlin – com uma ajuda de Julie Cooper – volta para casa para recomeçar. E por falar em Julie Cooper, ela trocou seu palácio pelos bairros menos nobres de O.C..

3ª temporada começa com Marissa sendo expulsa da escola Harbor. A família Cooper, fica sem dinheiro e é forçada a se mudar para um parque de trailers. Vida de Marissa começa a ficar fora de controle. Os outros personagens olham para a faculdade, com Seth e Summer ambos competindo por uma vaga na Universidade Brown. A moral Sandy torna-se ameaçada quando ele assume a antiga posição de Caleb como chefe do Grupo Newport, perseguindo um projeto para estabelecer a habitação de baixa renda, em Newport. Ryan também tenta resolver seus relacionamentos individuais com sua mãe e sua amiga de infância Theresa Diaz. Marissa morre no fim da terceira temporada mudando drasticamente os rumos da série.