Deux mois se sont écoulés ! Trey est dans le coma, et les autorités ne sont pas satisfaites des témoignages des quatre amis. Ils soupçonnent Marissa de mentir pour protéger Ryan, l'homme qu'elle aime. Et les antécédents du jeune homme ne plaident pas en sa faveur... Toujours au centre de désintoxication, Kirsten n'est pas sûre d'être prête à retrouver les siens... Quant à Julie, elle est déterminée à préserver sa famille retrouvée...

Julie prévient Sandy qu'une pétition circule pour que Ryan et Marissa soient exclus de l'école. Ils tentent alors de convaincre madame le proviseur que leurs enfants doivent poursuivre leurs études à Harbor. Mais celle-ci leur explique qu'un conseiller a été dépêché par le Conseil pour décider du sort des deux ados... Quant à Jimmy, tout semble aller très bien pour lui. Il s'est réconcilié avec Julie, et le couple désire former à nouveau une famille unie auprès de leurs enfants. En fait, les apparences sont trompeuses car Cooper connaît encore quelques problèmes financiers...

Sa fille ayant été renvoyée de Harbor, Julie tente de la convaincre de prendre un nouveau départ en allant au pensionnat de sa soeur... Jimmy a le couteau sous la gorge financièrement. Il cherche à savoir quand se fera la lecture du testament de Caleb. Cet héritage est sa seule chance de régler ses problèmes d'argent... Sandy demande à Ryan de prendre ses distances avec Marissa et de penser un peu plus à son avenir... Quant à Seth et Summer, ils se voient contraints par le conseiller Dean Hess de prêter main forte au club de théâtre sous la direction de Taylor Townsend...

Sa famille étant ruinée, Marissa entre à l'école publique de Newport Union, un territoire inconnu où elle n'a pas d'amis. Ryan, de son côté, travaillera désormais ses cours chez lui par correspondance. Le couple saura-t-il surmonter cette séparation ?... Remplaçante de Marissa au poste d'organisatrice d'événements du lycée, Summer découvre le travail et les responsabilités qui vont avec... En retenue, Seth doit se plier aux quatre volontés du conseiller qui l'affecte à des tâches ingrates... Julie apprend que la maison et les meubles vont être saisis pour rembourser les dettes. Elle a 48 heures pour quitter les lieux...

Marissa, qui suit désormais les cours dans une école publique, présente Ryan à ses nouveaux amis... Sandy obtient l'autorisation du Principal pour que Ryan puisse se rendre à Harbor afin de rencontrer les différentes universités. Mais les études du jeune homme risquent fort d'être compromises vu que le conseiller Hess a joint une note à son dossier en détaillant son comportement violent... Sans le sou, Julie tente de trouver une porte de sortie...

Volchok provoque Ryan en duel. Il veut sa revanche, mais Ryan semble résolu à rester calme. Face à l'indifférence de son adversaire, Volchok multiplie les provocations jusqu'à trouver son point sensible... Sandy prend ses fonctions à la tête de Newport Group. Matt l'informe qu'ils doivent virer 9 personnes... Kirsten organise la soirée de charité avec Julie et Charlotte. Cette dernière prévoit de s'enfuir avec son complice et petit ami en emportant l'argent... Déterminée à séduire Cohen, Taylor tente de semer le trouble au sein du couple que forment Seth et Summer...

Ryan, Summer, Seth, et Marissa discutent de leur avenir. Ils doivent rencontrer le conseiller d'orientation de leur lycée et faire connaître leurs voeux concernant les universités qu'ils souhaitent intégrer. Marissa, pour sa part, n'envisage pas d'entrer à l'université. La décision surprend tous ses amis. Quant à Summer, elle réalise que les choix de Seth et les siens n'ont rien de commun et que l'avenir pourrait bien les séparer... Julie ne peut se résoudre à avouer à Kirsten ses problèmes financiers...

Encore convalescent, Johnny réintègre son domicile. Sa mère travaillant, il n'y a personne pour s'occuper de lui. Marissa décide alors de jouer les infirmières. Toutes ces attentions touchent le jeune homme et le confortent dans ses sentiments envers Marissa... Julie et Kirsten décident de monter leur propre affaire d'organisation de fêtes et d'évènements... Seth panique lorsqu'il apprend que Summer aurait des aptitudes qui pourraient lui ouvrir les portes d'entrée à l'université de Brown. Serait-elle finalement plus intelligente que lui ?... Matt propose d'engager Ryan comme stagiaire à Newport Group...

John ne pourra se faire opérer du genou car l'assurance maladie de sa mère ne couvre pas l'opération. Ryan, Summer, Seth, et Marissa tentent de trouver un moyen d'aider le jeune homme. Seth suggère de d'organiser la Bar Mitzvah de Ryan et ainsi récolter de l'argent pour l'intervention médicale...

Nostalgiques, la bande passe la dernière soirée de vacances ensemble avant d'être à nouveau séparée par les études. Ryan, Summer et Seth se mettent d'accord pour trouver un moyen de réintégrer Marissa au lycée pour le dernier semestre... Julie se rapproche du Dr Neil Roberts, le père de Summer. Les deux parents partagent la même difficulté d'avouer une vérité à leur enfant...

Les vacances d'hiver sont arrivées et Kaitlin Cooper est de retour à Newport Beach... Le temps pour sa mère et sa soeur de la découvrir sous un nouveau jour !

Kaitlin décide de sortir avec Johnny dans le seul but de rendre Marissa jalouse. Seth devient nostalgique pendant qu'il prépare son entretien pour Brown.

Le projet de Matt et Sandy rencontre quelques soucis tandis que celui de Kirsten et Julie semble sombrer... Marissa dévoile ses sentiments à Johnny et Summer découvre la vérité sur Seth...

Kaitlin se prépare à retourner à son internat, Ryan doute quelque peu de sa relation avec Marissa après avoir aidé Sadie et Kirsten et Julie préparent une fête pour la Saint Valentin...

Lorsque Ryan et Sadie partent à la recherche d'une personne de la famille de Johnny, ils terminent à Chino, ce qui a pour effet de les rapprocher. Marissa se sent coupable de la mort de Johnny tandis que Seth et Summer apprennent la vérité sur Julie et le Dr Roberts...

Ryan songe sérieusement à ne pas convier Marissa à sa fête d'anniversaire vu qu'ils ont rompu, Sandy lui conseille néanmoins d'inviter un parent. Après des mois de secrets à tenter de dissimuler la vérité, Julie et Neil décident d'avouer leur relation à Summer et Marissa...

Lorsqu'une vieille connaissance revient à Newport, Ryan décide de l'aider ce qui lui cause quelques soucis avec Sadie. Summer et Seth rencontrent un nouveau problème avec leur pièce de théâtre, Taylor décide de les aider. Sandy doit faire face à de nouveaux problèmes au sein du Newport Group et Marissa réalise qu'elle se retrouve toute seule...

Julie et Neil annoncent leurs fiançailles, les Cooper déménagent donc chez eux. Pendant ce temps Marissa semble complètement s'éloigner du groupe en restant proche de Volchok et sa bande, ce qui ne plaît guère à Summer. Ryan décide de faire évoluer sa relation avec Sadie mais Seth lui barre la route en lui rappelant que Marissa va mal. Les choses ne s'arrangent pas non plus du côté du Newport Group... Kirsten fait une surprise à son fils en lui proposant de sortir s'amuser ensemble.

Lorsque les lettres d'acceptations et de rejets des facultés arrivent à Newport Beach, la bande doit décider ce qu'elle va faire pour l'année prochaine. Ryan et Sadie ne savent pas quoi faire après le lycée, pendant ce temps Taylor organise une fête pour fêter -comme il se doit- le futur à l'université. Marissa et Summer décident d'arranger leurs problèmes.

Ryan décide d'aller chercher sa mère pour l'inviter à sa fête de remise des diplômes. Taylor et Summer travaillent ensemble afin de découvrir ce que Seth est en train de cacher, lorsque la vérité éclate, la jolie brune se retrouve bouleversée... Marissa finit par réaliser que Volchok et sa bande ne sont pas de bonne compagnie. Sandy réalise qu'il peut résoudre ses problèmes avec Matt, ce qui a pour effet d'attrister Kirsten...

La remise des diplômes est proche et la bande décide de quitter Newport afin de découvrir leurs futures universités à Berkeley et Brown. Lorsque Kirsten dépose les garçons à l'aéroport, elle est surprise d'apercevoir Thérésa en compagnie d'un petit garçon ayant un air familier... A Brown, Seth retrouve Anna, serait-ce la fin du couple Seth/Summer ? Kirsten doit également faire face à une de ses vieilles habitudes...

Le bal de promo d'Harbor permet de faire ressurgir le bon comme le mauvais côté de chacun. Taylor frappe quelqu'un lors du bal tandis que Summer découvre son cavalier surprise. Seth et Anna arrivent également au bal dans l'espoir de remettre le grappin sur Summer tandis que Ryan invite une ex inattendue... Une des filles est élue Reine de promo et Taylor découvre que tout l'argent qu'elle a récolté lors de la soirée a été volé ! Ryan revient alors à ses vieilles habitudes...

Ryan et Volchok concluent à un accord après le bal de promo. Sandy est désigné "Homme de l'année" ce qui n'arrange pas ses affaires avec son implication dans l'hôpital... Marissa rend visite à Kaitlin au pensionnat et Seth visite le Newport Group ce qui lui joue des tours...

Le jour de la remise des diplômes est enfin arrivé. Toute la bande sort et célèbre ce grand événement. Marissa ira passer tout l'été à naviguer avec son père, Seth est finalement accepté à son école mais pour le second semestre. Summer décide néanmoins d'aller à Brown à la rentrée. Pendant ce temps Volchok prépare sa vengeance...