Seth, a fine estate, ancora non si è deciso a tornare a casa e Kirsten, preoccupatissima, litiga con Sandy, chiedendogli di riportarlo a casa; anche Summer si è arrabbiata molto per la partenza improvvisa del fidanzato e si consola uscendo con Zach. Sandy decide di chiedere aiuto a Ryan per convincerlo a tornare, ma questi decide di non partire per non ferire Teresa. Anche Marissa se la passa male: non riesce ad andare avanti senza bere ogni giorno; Caleb inoltre teme la bancarotta ed è ossessionato dall'idea di essere spiato. Ryan alla fine decide di andare a Portland, perché è lì, e più precisamente a casa di Luke Ward, che Seth si è rifugiato.

Seth e Ryan temono il rientro a scuola dal momento che devono affrontare le loro ex ragazze: Summer è ancora molto arrabbiata e non vuole avere a che fare con Seth, Marissa invece è contenta del ritorno di Ryan, sebbene si senta in colpa per aver intrapreso una relazione clandestina con DJ, il giardiniere. Hailey sta ancora con Jimmy, assieme al quale ha passato una bellissima estate, ora però non sa come dirgli di aver ricevuto un'offerta di lavoro dal Giappone; quando glielo comunica questi le chiede di sposarlo, ma lei deciderà di partire ugualmente. Quando Julie scopre che il marito è indagato minaccia Sandy dicendogli che se Caleb finisce in bancarotta anche Kirsten farà la stessa fine.

A scuola Ryan conosce, in un modo un po' avventuroso, Lindsay, una nuova arrivata, con la quale sulle prime riesce solo a litigare; Seth invece, dopo essersi autoconvinto di essere egoista, decide di farsi assumere in un bar pur di recuperare dei biglietti per un concerto che vuole regalare a Summer e al suo nuovo fidanzato; qui conosce Alex, la ragazza che supervisiona il locale. Sandy si licenzia dal suo studio poiché gli voleva impedire di rappresentare legalmente il suocero. Zach si dimostra molto comprensivo decidendo di non andare al concerto per dare la possibilità a Summer e Seth di chiarirsi e a lei di capire chi è che vuole davvero. Caleb comunica alla figlia e a Sandy di voler dare le dimissioni e di aver deciso di nominare Julie nuovo presidente del Newport Group.

Seth è deciso a trovarsi una nuova fidanzata e punta Lindsay, chiedendo a Ryan di organizzargli un appuntamento con lei; Lindsay accetta, ma solo perché pensava che Ryan le stesse chiedendo un appuntamento con lui, anche Ryan ci resta male quando lei acconsente ugualmente. Caleb è ancora indagato, ma non si decide a dire a Sandy il perché dei versamenti sul conto di un membro del consiglio, fatto che fa pensare ad una corruzione. Marissa decide di scusarsi con DJ e gli chiede di vedersi, mentre Seth, sorpreso dal fatto che Lindsay abbia accettato, chiede a Ryan di uscire con loro e supplica Alex di accompagnarlo. Julie inizia a rendersi conto delle difficoltà del dirigere un'azienda e chiede aiuto a Jimmy che le consiglia di conquistare i clienti come solo lei sa fare.

A scuola viene organizzata l'ennesima festa e nessuno sa chi invitare; una cosa per Zach è certa: a Summer piace ancora Seth dal momento che ci litiga in continuazione. Ryan è deciso a procedere con calma con Lindsay, ma questa dice fin dall'inizio che preferisce restargli amica per paura dell'imbarazzo che ci sarebbe se mai si dovessero lasciare; anche Seth ci resta male quando Alex gli dice che per lei un bacio non significa nulla. Marissa decide di non invitare DJ per non far scoprire la loro relazione alla madre, ma i suoi piani sfumano quando lei li trova in camera insieme. Nel frattempo, con il processo in avvicinamento, Sandy è deciso a scoprire le macchinazioni e i segreti di Caleb che non è più rintracciabile.

Si sta avvicinando il Natale e Seth organizza come ogni anno il Chrismukkah senza l'entusiasmo di tutti gli altri membri della famiglia; nel frattempo Julie e Jimmy si sono riavvicinati. Sandy cerca di convincere Renee, la madre di Lindsay, a confessare tutto, ma lei si rifiuta per non far soffrire la figlia. Il giorno della cena in famiglia sono invitati, per errore, proprio tutti: la famiglia Cooper-Nichol con Jimmy e Marissa, Lindsay e perfino Summer; parlando con Sandy, Seth e Ryan scoprono che Lindsay è la figlia illegittima di Caleb e ne restano sconvolti; decidono così di annullare l'invito per lei, Summer e Marissa, ma non riescono nel loro intento visto l'entusiasmo delle ragazze. La sera del Chrismukkah Renee e Caleb decidono di rivelare la verità e Lindsay, Kirsten e Julie non la prendono molto bene.

Ryan non sa più se considerare Lindsay sua parente o fidanzata e Kirsten, non sapendo della relazione tra i due, non aiuta volendo ammetterla in famiglia; Lindsay però sembra ben intenzionata a continuare la loro storia nonostante tutto. Zach a scuola confida a Seth di aver baciato una sua ex fidanzata e di non saper come comportarsi con Summer, lui gli consiglia di rivelarle tutto con sincerità. Nel frattempo la storia tra Julie e Jimmy continua nonostante la caduta di tutte le accuse a carico di Caleb; Marissa e DJ li scoprono durante uno dei loro incontri amorosi con grande rabbia di lei. Seth invece non sa come conquistare una volta per tutte Alex che lo considera soltanto un ragazzo "gentile". Marissa litiga con Jimmy riguardo alla storia con la madre e lui decide di trasferirsi per non ferire nessuno e ricadere negli stessi errori, decisione che Marissa non prenderà bene.

Ryan decide di mettere a conoscenza Kirsten della sua relazione con Lindsay, ma lei, che sta imparando a conoscere la sorella, gli chiede ancora un po' di tempo. Seth passa la notte da Alex e per questo Sandy lo mette in punizione, Summer ne viene a conoscenza e, gelosa, decide che anche per lei e Zach è venuto il momento di fare l'amore. Sandy e Kirsten invece sono in partenza per festeggiare il loro anniversario di cui lui si è completamente dimenticato. Kirsten scopre Ryan e Lindsay che si baciano e decide che non è il caso di partire, mentre Sandy vede Seth che tenta di svignarsela dalla finestra per andare da Alex; decide così di andare a parlare direttamente con lei per chiederle di provare a "raddrizzare" il figlio.

L'ex di Alex è arrivato in città e Seth non si dà pace temendo che i due decidano di rimettersi insieme; anche Lindsay teme il paragone con Marissa, sempre impeccabile e con la quale Ryan è riuscito a mantenere un buon rapporto. Kirsten invece, per far tornare in piedi l'azienda di famiglia decide di mettersi in affari con Sandy al quale era stato affidato l'incarico di occuparsi della costruzione di alcune villette; Julie però non è d'accordo preferendo a quest'idea quella di creare un giornale che sia la voce di Newport Beach: infine la seconda idea avrà la meglio nonostante il parere contrario di Caleb. Summer preoccupata per il fatto di essere riuscita a stare con Zach per ben sei mesi decide di organizzare una serata tra donne con Marissa e Lindsay.

Seth si sente confuso riguardo alla situazione con Alex dal momento che la sua ex è ancora a casa sua, ma non riesce a scucirle nulla riguardo ai suoi rapporti personali; Sandy invece, messosi in proprio, inizia ad organizzare la nuova situazione lavorativa. Lindsay, curiosa di conoscere il padre, spera di poterlo incontrare e per questo motivo Ryan decide di intercedere senza successo dal momento che i due non riescono a superare la reciproca antipatia. Al nuovo studio si presenta Max, professore di legge di Sandy, che gli chiede un favore: deve aiutarlo a trovare Rebecca, sua figlia nonché ex fidanzata di Sandy; questa, 22 anni prima è fuggita in Canada a seguito di un incidente nucleare da lei provocato. Seth e Zach, con grande scontento di una trascurata Summer, mettono in piedi l'idea di creare un fumetto autobiografico prendendo spunto dalle vicende di Orange County.

Sandy decide di tenere all'oscuro Kirsten del fatto che si deve incontrare, per questioni legali, con Rebecca; Ryan invece le chiede aiuto riguardo alla questione Caleb-Lindsay e lei decide di organizzare una cena in casa che finirà male dal momento che durante un litigio con Ryan Caleb avrà un infarto. Nel frattempo il progetto del fumetto si evolve, con tanto di incontro con un editore amico del padre di Zach: la prospettiva di lavorare fianco a fianco per così tanto tempo però impensierisce Seth e Summer soprattutto quando questa deve posare in costume per farsi disegnare da lui. In ospedale, ormai fuori pericolo, Caleb si scusa con le figlie e sembra un uomo nuovo.

Seth è preoccupato all'idea di andare a San Diego con Zach e Summer dal momento che pensa di nuovo a lei e pare che questo sia reciproco; Sandy invece viene a sapere che Kirsten ha scoperto tutto riguardo a Rebecca e si rassegna a passare un pessimo San Valentino. Caleb viene dimesso e Julie torna dal suo viaggio in Europa; Seth, Summer e Zach invece partono per San Diego pieni di aspettative. Julie si fa odiare immediatamente da Marissa obbligandola ad andare a cena insieme mentre Sandy, per non peggiorare la situazione con la moglie, decide di affidare il caso di Rebecca ad un altro avvocato. Caleb, per fare un favore alle figlie, decide di chiarirsi una volta per tutte con Ryan, ma come al solito il discorso sfocia in un litigio.

Seth è ossessionato dall'idea che Summer e Zach abbiano fatto l'amore ed ha tutte le intenzioni di scoprirlo ed arriva perfino a chiederlo direttamente all'amico; Caleb invece annuncia di voler riconoscere Lindsay come figlia legittima. Kirsten nel frattempo riceve una visita dell'FBI, ma non rivela nulla riguardo Rebecca. Marissa invece non riesce a confidare a Summer la sua relazione con Alex; Julie, incattivita dalla decisione di Caleb, propone un test del DNA e ne parla anche con Renee, la madre di Lindsay. Summer, non appena viene a sapere di quello che Seth ha chiesto al fidanzato va da lui infuriata, ma poi, gli confessa che non hanno fatto nulla lasciandolo sorpreso e soddisfatto. Kirsten decide di affrontare Rebecca chiedendole di non rovinare tutta la vita costruita insieme a Sandy; lei finalmente capirà di doversene andare e lo farà senza dire nulla a Sandy.

È una giornata eccezionalmente piovosa per la California, il tempo sembra riflettere l'emotività generale: Seth e Ryan sono giù di morale perché non sentono più le rispettive fidanzata ed ex e Sandy e Kirsten non riescono più a dialogare. Lindsay comunica a Ryan di aver deciso di non fare il test del DNA e di volersi trasferire a Chicago, ma lui riesce a convincerla a provarci lo stesso. Marissa invece trova il coraggio per dire a sua madre di stare con Alex e lei non la prende bene. Sandy, in seguito ad una sua telefonata, raggiunge Rebecca per convincerla a tornare a Newport e questo fa infuriare ancora di più Kirsten che si ritrova in ufficio a bere scotch e fumare sigari assieme a Julie. Seth decide di ricomprare la sua barca, la Summer Breeze, per riconquistare la sua amata e va da Alex per farsi riassumere, a casa sua incontra Marissa in accappatoio e resta sconvolto scoprendo che stanno insieme.

Ryan non riesce a risollevarsi dopo la partenza di Lindsay e così decide di raggiungerla, Seth però lo convince a svagarsi con lui, Summer e Marissa al centro commerciale; i 4 vi si ritroveranno chiusi dentro e passeranno la notte a divertirsi; Marissa inoltre confessa a Summer che Ryan gli piace ancora moltissimo. Anche Caleb sembra sinceramente dispiaciuto per la lontananza di Lindsay e passa un pomeriggio assieme a Sandy cercando di recuperare un anello che Kirsten ha perso: i due finalmente si ricredono l'uno riguardo all'altro. Si presenta in ufficio Lance, ex fidanzato di Julie, per ricattarla con una cassetta porno, girata assieme a lui in gioventù. Nel frattempo Seth litiga con Summer a causa di una cartolina che Zach le ha spedito e di cui lui non sapeva nulla.

Julie e Kirsten, per la stesura del Newport Living devono collaborare con Carter Buckley, un famoso curatore di riviste; la prima però viene ancora ricattata da Lance che promette di mettere sul web il film prima della pubblicazione del giornale. Seth invece fa di tutto per far riavvicinare Ryan e Marissa sperando di tornare il quartetto dell'anno prima: propone così ai due di lavorare insieme per organizzare una festa scolastica; ciò farà ingelosire Alex che percepisce l'affetto che lega ancora i due. Julie decide di chiedere un aiuto legale a Sandy per risolvere la questione e gli confessa tutto; allo stesso tempo cerca di riavvicinarsi alla figlia che però non collabora. Tutti litigano: Ryan e Alex per Marissa, Ryan e Seth per il fatto che quest'ultimo si è fissato con l'idea di farli tornare insieme.

Ryan riceve una telefonata dal fratello Trey: l'indomani verrà scarcerato; lui e Sandy così vanno in prigione e quest'ultimo decide di ospitarlo a casa loro per qualche giorno; Ryan però non è entusiasta all'idea. Nel frattempo Zach è tornato, solare come sempre, e confessa a Seth che in Italia ha conosciuto una ragazza, Francesca, con la quale è scoccato il colpo di fulmine. Julie confessa a Caleb del film porno e lui dice di voler pagare senza fare una piega, lasciandola sorpresa; sul lavoro le pare che Kirsten abbia una cotta per Carter e pensa sia un moto di ripicca nei confronti della vicenda con Rebecca. Andati a fare shopping Trey viene accusato di aver rubato un orologio e, innocente, ha uno scatto di rabbia e per poco non picchia il commesso; tornato a casa si decide a cercare seriamente un lavoro lasciando credere di essere diventato un bravo ragazzo.

Sandy si fa incastrare da Kirsten e accetta di diventare il presidente onorario di un'asta di beneficenza che si svolgerà a Newport, Trey lo aiuta con i preparativi, non avendo trovato un lavoro. Caleb e Julie, per far stemperare un po' l'atmosfera riguardo al film porno decidono di partire per l'Europa e Marissa passerà un po' di giorni a casa Cohen tra la curiosità di tutta la famiglia sul suo rapporto con Ryan. Tutti si impegnano al massimo per la riuscita dell'asta, perfino Seth e Zach che conoscono Carter che gli propone di rimettere in piedi il loro progetto "Atomic County"; Summer però non è d'accordo. Marissa nel frattempo accompagna Trey alla ricerca di un appartamento e, trovatolo, questi ha bisogno di trovare i soldi per l'affitto anticipato e la caparra.

Trey si scusa con Ryan prima di trasferirsi nel nuovo appartamento, ma i due non riescono a chiarirsi, i rapporti tra i due sembrano destinati a scomparire; Seth e Zach invece sono sempre più entusiasti all'idea della loro "Graphic Novel" nonostante l'indifferenza di Summer. Carter chiede aiuto legale a Sandy riguardo ad una querela in seguito alla prima uscita del "Newport Living"; i due scoprono così di avere in comune la passione per il surf. Zach e Seth incontrano Reed Carlson, colei che li aiuterà con la pubblicazione e scoprono che si tratta di una donna. Marissa va a trovare Trey nel nuovo appartamento e scopre che presto sarà il suo compleanno: decide così di organizzare una festa a sorpresa, ma quando lo comunica a Ryan lui le chiede di lasciar perdere. Julie, tornata dall'Italia, sembra stia nascondendo qualcosa.

Ryan e Seth decidono di trovare i veri responsabili dell'incidente della festa ed iniziano ad indagare a scuola con l'aiuto di Marissa che chiede a Jess, la ragazza che è svenuta alla festa, di trovarle un "aggancio" per avere della droga. Sandy invece è occupato nella difesa di Trey e Carter e Kirsten vanno da soli ad una degustazione di vini per lavoro. Il progetto di "Atomic County" procede fin troppo velocemente e Reed invita Zach, Seth e Summer ad una festa indetta dal gruppo editoriale; Caleb, tornato dall'Italia, comunica a Julie che i suoi avvocati la contatteranno presto per parlare del divorzio e lei va a parlarne con Lance che si propone per ucciderlo, ma lei rifiuta e, salutandolo lo bacia, venendo immortalata da un fotografo che il marito le ha messo alle calcagna.

Trey cerca di chiarire con Marissa, ma lei non è disposta a perdonarlo; Seth invece, non sapendo che lei ne è già a conoscenza, decide di confessare a Summer l'episodio di Miami. Sandy si accorge che Kirsten beve molto e se ne preoccupa; Ryan invece, dal comportamento di Marissa, capisce che c'è qualcosa che non va. Seth e Zach si lanciano l'ennesima sfida per la conquista di Summer che non ha le idee ben chiare su cosa fare. Julie cerca in tutti i modi di salvare il suo matrimonio, ma Caleb non collabora dal momento che ha appena ricevuto gli scatti fatti di nascosto alla moglie in compagnia di Lance. Jess, per vendicarsi delle attenzioni che Trey ha per Marissa cerca di affascinare Ryan, che però non ci sta; Sandy invece parla con Kirsten riguardo al bere e i due litigano.

A scuola si sta organizzando il ballo di fine anno e Summer ha intenzione di andarci per essere eletta reginetta dell'anno: dice così a Seth e Zach di decidere tra di loro chi dovrà accompagnarla; Reed invece comunica ai due che il famoso regista George Lucas intende girare un film su "Atomic County" ma che solo uno di loro potrà andare all'appuntamento con lui. Ryan decide di scoprire cosa succede tra Trey e Marissa, ma lei non gli dice nulla e lui sembra sparito. Caleb rimprovera la figlia e i due litigano poiché l'alcolismo è un problema che riguardava anche la madre di Kirsten e lei da a lui tutte le colpe dei loro problemi famigliari. Jess mette la pulce nell'orecchio a Ryan chiedendogli se non gli dà fastidio che il fratello gli passi i suoi scarti e dicendogli che lui è tornato a Chino; andato dal fratello questi gli racconta che è stata Marissa a provarci con lui e glielo giura lasciandolo sconvolto.

Sono in atto i preparativi per il funerale di Caleb e sia Jimmy che Hailey tornano a casa per parteciparvi; Sandy invece è preoccupato per la moglie ed ha intenzione di farla ricoverare in un centro specializzato per farla disintossicare, anche Seth se ne accorge ed è molto preoccupato, sentendosi in colpa per non essersene accorto prima. Jess coinvolge Trey in un losco affare che vede coinvolti droga e pistole; Ryan lo scopre e il giorno dopo gli ordina di andarsene da Newport. Kirsten, al buffet dopo il funerale, dà spettacolo ubriacandosi e tutti capiscono che è arrivato il momento di farla aiutare da specialisti; quando lei scopre di dover avere un colloquio con un dottore si arrabbia, ma alla fine, grazie soprattutto all'intervento di Seth, si convince che è arrivato il momento di farsi aiutare e parte per il centro.