一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时，收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂（Ghost Eyecon）后，来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物，甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身，成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂，投身于影响世界命运的战斗中。

Takeru Tenkuuji was murdered by evil Ganma. He has to collect fifteen Eyecons to bring himself back to life. With learning the souls of heroes inside of Eyecons, he saves the people around.

何処からか地上に姿を現した謎の幽霊型怪人・眼魔が英雄の魂を宿したゴースト眼魂を求めて活動を開始した。幽霊退治を担うゴーストハンター・天空寺龍は偶然現れた眼魔と戦うが敗れてしまい、息子・天空寺タケルに宮本武蔵が持っていた刀の鍔を託し息絶えてしまう。

それから10年が経った2015年。大天空寺の跡取りとなったタケルは龍と同じゴーストハンターを目指そうとするもゴースト=幽霊が見えないことに悩んでいたが18歳を迎えた日、大天空寺に指定郵便の小包が届く。その中には龍の遺品である眼魂(アイコン)が入っており、触れたタケルは幽霊の姿が見えるようになった。その直後、刀眼魔と槍眼魔が大天空寺を襲撃し、タケルは幼馴染・月村アカリと住職代理・山ノ内御成を守るために眼魂を狙う2体の眼魔と戦うが、命を落としてしまう。

死後の世界でタケルは仙人と名乗る謎の老人と出会う。眼魂を見た仙人はタケルが戦いの運命に足を踏み入れていると悟り、彼を仮面ライダーとして蘇らせようと考える。それを受け入れたタケルはゴーストとして現世に戻ると龍から授かった眼魂と仙人から与えられたゴーストドライバーで仮面ライダーゴーストに変身。仙人の分身・ユルセンの指導を受けながら戦い、槍眼魔と刀眼魔を撃破する。しかし、ゴーストとして留まれるのは99日間でそれまでに英雄の魂が封じられた15個の眼魂を集め生者として蘇らなければならない。タケルは眼魂を集めるため、そして自分の運命に向き合うためにアカリや御成たちと共に眼魔が起こす怪事件に挑む。

Takeru Tenkūji, cuyo padre era un cazafantasmas que murió hace 10 años, muere a manos de un monstruo diabólico llamado Ganma cuando intenta proteger de su ataque a su amiga Akari Tsukimura. Un misterioso ermitaño trae de vuelta a la vida a Takeru y le entrega el cinturón de transformación Ghost Driver y unas Eyecons. El ermitaño le dice a Takeru que tiene 99 días para reunir las 15 Eyecons que faltan para volver a la vida permanentemente, y que debe luchar contra Ganma como Kamen Rider Ghost para obtenerlas. Le ayuda el sacerdote shinto Onari, que en el pasado ayudó a su padre como cazafantasmas, así como Akari, amiga de Takeru desde la infancia, que siempre busca razones más científicas para sus encuentros sobrenaturales. En su camino están Makoto Fukami, otro joven con un Ghost Driver que se puede transformar en Kamen Rider Specter , y los Ganma liderados por Alain y su misterioso benefactor.