RIDER KABUTO是幪面超人诞生35周年纪念作品，采用昔日昆虫(巨型甲虫角日语KABUTOMUSHI)的设计，配合如幪面超人555般充满金属机械感，当中新颖的战斗场面采用了有如Matrix的拍摄手法，大量CG增加了速度感及观感， KABUTO的技能及必杀，更显其更潇酒有型。

故事讲述涉谷被掉下的宇宙硕石毁灭，七年后出现的宇宙生物WORM四处杀害人类，纵使日本特别组织ZECT出动也徒然，成员加贺美新知道只有开发的腰带能与宇宙生物匹敌，但给拥有静头脑且身手敏捷的天道总司，取得甲虫形态KABUTO ZECTOR的控制权变身幪面超人KABUTO把WORM打败。

随着七年前与岩石掉下毁灭涉谷的宇宙生物WORM，基本形态为绿色的「蛹」，统一的外貌有一双手掩盖面孔，遇见过的人类便能模拟对方面貌、行为及声音，在人类社会杀害及侵略活动，纵使ZECT军事武器也未能使WORM损伤。从「蛹」进化脱皮为成虫，而外貌变化各有不同，活动及破坏能力也大大提升，并可进行超越人类感知能力的加速运动性，此现象被称为「CLOCK UP」。

Using the Masked Rider System developed by the secret organization of ZECT, Tendo Soji fights the Worm, extraterrestrial life forms that murder and mimic human beings.

西暦1999年10月19日、地球に飛来し日本・シブヤに落下した巨大隕石によりその周辺地域は壊滅した。そして7年後の西暦2006年、人間を殺害しその人間に擬態する宇宙生命体・ワームが出現。ワームに対抗するため、人類は秘密組織ZECTを結成し、ワームに対抗するためマスクドライダーシステムを開発した。そんなある日、ZECTの見習い隊員・加賀美新は、自らを「天の道を往き、総てを司る男」と称する妙な男・天道総司と出会う。その頃ワームが出没し、追い詰められていくZECT隊員たちを見た加賀美はライダーになって戦うことを決意する。しかしカブトゼクターは加賀美ではなく、天道の手中に納まった。天道は何故か持っていたライダーベルトにカブトゼクターをセットして変身、仮面ライダーカブトとなり戦うのであった。

Siete años antes del arranque de la serie, un meteorito se estrelló contra el distrito de Shibuya, en Tokio. Del meteorito surgieron unas formas de vida alienígenas llamadas Worms. Estas criaturas monstruosas tienen la capacidad de adoptar la forma de los humanos que matan y absorber sus recuerdos. Una organización llamada ZECT se ha formado para enfrentarse a esta amenaza y lo ha hecho durante los últimos siete años mientras la población permanecía ajena al incidente salvo las víctimas de Shibuya, zona que se acordonó para que no entrara nadie. En la actualidad, un joven oficial de ZECT, Kagami Arata, que perdió a su hermano menor hace dos años tras un ataque de los Worms, ha obtenido el permiso de probar la última tecnología de asalto contra los Worms que, utilizando un cinturón y un insecto robótico como llave llamado Zecter le permitirá transformarse en Kamen Rider. Sin embargo, en el primer asalto, se presenta otro joven, que no pertenece a ZECT, pero que tiene un dispositivo similar al suyo, y el Zecter decide elegir a este joven en lugar de a Arata para transformarle en Kamen Rider Kabuto. Todos en ZECT se preguntan quién es el nuevo Kamen Rider y cómo y de dónde sacó ese cinturón. Solo Arata descubre su identidad y mantiene el secreto por el momento. Se trata de Sōji Tendō, un joven de 21 años que vive con su hermana menor, al que se le da extraordinariamente bien preparar platos de alta cocina. Arata, por su parte, también mantiene una doble vida, combinando su trabajo en ZECT con otro trabajo a medio tiempo en un restaurante, el Bistro Lasalle, junto a su compañera Hiyori, una muchacha de carácter muy reservado y de pasado incierto, que no sabe nada del trabajo de Arata en ZECT, pero que tiene pesadillas con una criatura similar a Kabuto que mató hace años a sus padres.