在未确认生命体4号（假面骑士空我）消灭未确认生命体（古朗基）两年后，虽然未确认生命体的威胁已经消失，和平的日子却无法长久地维持下去。 世界各地，再度出现人类离奇死亡案件，这次残杀人们的凶手，似乎是拥有人类所无法匹敌的神秘种族。 警方称之为——Unknown（未知生命体）。 与之前的未确认生命体视屠杀人类为游戏的行径不同，Unknown都有选择地对超能力者下手，由于无法确认超能力者，一头雾水的警方完全不知道该如何应付。

主角津上翔一是一个失忆的开朗少年，被美杉教授带回家，与美杉教授的儿子正太、侄女真鱼一起生活。 但隐藏在翔一天真笑容背后的，其实是神秘的变身英雄——AgitΩ。每当Unknown现身残杀人类，他便会自动感应并变身成为谜之战士。然后随着暗之力的进化，Unknown杀人的频率越来越密集，AgitΩ好像感应到自己的一步步进化。 就像播下的种子般，总有一天会发芽。由人类所化身成的AgitΩ们如雨后春笋般出现了。心急于抹杀这些AgitΩ的暗之力一面为伤害自己的孩子而痛苦着，一面更积极地进行杀害特定人类的计划。 不甘心生存的希望与未来就这样被剥夺的翔一变身为更强悍的形态。

没想要遭到AgitΩ们抵抗的黑衣青年终于被惹恼，决定消灭掉已经不再在乎他的孩子——人类，要将世界重造。 要相信人类到什么程度呢？ 人类，到底有多少可能性呢？

A man with amnesia, Tsugami Shoichi, is awoken to his powers of Agito. With Hikawa Makoto (man who equips G3) and Ashihara Ryo (transforms into Gills), he is at the mercy of his destiny.

不可能犯罪によって人々が変死する事件が発生。それは正体不明の怪人「アンノウン」によるものだった。警視庁「未確認生命体対策班」に所属する氷川誠は、G3と呼ばれるパワードスーツを装着して迎撃にあたるが、怪人の驚異的な力に翻弄され、追い詰められてしまう。そして窮地のG3の前に、金色の戦士「アギト」が現れる……。記憶喪失の青年・津上翔一と水泳選手・葦原涼の身体に起こる異変。アギト、アンノウン、オーパーツの謎。新たな戦いの幕開けと共に、翔一に秘められた過去が明らかにされていく。

Hace mucho tiempo, existían entidades gemelas; uno siendo el OverLord de la luz, mientras que el otro OverLord era el de la oscuridad. Estos "hermanos" gemelos coexistieron en armonía por un tiempo, creando finalmente nuestro mundo. Sin embargo, ninguno de los dos pudo ponerse de acuerdo sobre quién reinaría sobre su creación y se libró una batalla por el control. Al final, el OverLord de la Oscuridad triunfó sobre el OverLord de la luz. Pero con su último aliento, el OverLord de la luz otorgó su esencia a la humanidad: las semillas de Agito, con la esperanza de que un día evolucionarían más allá del control de su hermano, dándoselas personalmente a los pasajeros a bordo del barco Akatsuki. Después de bendecirlos con el poder, el barco fue atacado por el El del Agua enviado por el OverLord de la Oscuridad, temiendo que su hermano les otorgara las semillas de Agito a los pasajeros.En la actualidad un hombre llamado Shōichi Tsugami no tiene aparentemente ningún recuerdo. No sabe quién es, de dónde vino, o cómo llegó a estas peculiares circunstancias. Tsugami, aparentemente por ninguna razón, se transforma en un poderoso superhumano, Kamen Rider Agito, siempre ante la presencia del crimen. El mal primario que él combate es una raza de superpoderosos hombres bestia, referidos como Unknown, que han sido responsables de una serie de asesinatos alrededor de Tokio.En respuesta a esta amenaza, el departamento del policía saca su arma más novedosa, el poderoso Kamen Rider G3. G3 y Agito no saben si deben unirse y derrotar a los Unknowns, sus enemigos comunes; o combatirse, manteniendo los misterios que los tienen separados. En última instancia, aún más misterios se revelan con la aparición de Kamen Rider Gills, que está en una búsqueda para destapar el misterio del por qué su padre se suicidó. Estos misterios y otros chocan, con el destino de Tokyo y del universo entero en manos de Agito

Un hombre llamado Shoichi Tsugami ha perdido la memoria. No sabe quién es, de dónde vino o cómo llegó a sus peculiares circunstancias.

Tsugami, aparentemente sin razón, se transforma en un poderoso sobrehumano, Agito, cada vez que está en presencia de los seres a los que la policía llama "Desconocidos", una raza de poderosos monstruos que han estado causando asesinatos en Tokio, teniendo como objetivo a ciertas personas.

Estos misterios y otros chocan, ya que la verdadera naturaleza de Agito determinaría en última instancia el destino de la humanidad.