故事是发生在前作《初音岛Ⅱ》剧情结束的20年之后，初音岛风见学园的非官方新闻部向官方新闻部发起了挑战，为了让毕业祭特刊更加受到欢迎，部长森园立夏决定以魔法主题，前往调查“永不凋零的樱花树”的当晚，樱花树瞬间盛开了，于此同时，一封内容奇怪、发件人不明的手机邮件，同时送到了官方新闻部的每一个成员的手机上，就这样，男主角芳乃清隆和五位少女开启了一段奇异而又温馨的故事

On the island of Hatsune, where the spring scenery lasts all year round, stands a large cherry tree that never withers. The mysterious cherry tree, rumored to grant any wish, is the symbol of Hatsune Island. However, one day, it suddenly turns into an ordinary tree... The scent of spring enhances this slightly bittersweet tale of Sakura and the Kazami Academy Newspaper Club.

初音島。春の景色がいつまでも続くこの島に一本の大きな桜の木があった。それは枯れることのない桜の木ーー。どんな願いでも叶えてくれると噂されたその不思議な桜は 初音島を象徴する存在だった。しかしある日を境に普通の桜になってしまう……。風見学園公式新聞部と"さくら"を巡るちょっと甘くて、少し切ない春の香りの物語。