Un bus scolaire disparaît durant sa tournée matinale. Jack et son équipe suspectent deux étudiants turbulants, Doug et Richard Carrol, ainsi que leur père, Bob, d'être les ravisseurs. Seule piste pour retrouver les étudiants kidnappés : les photos que l'un d'eux envoie à sa mère à l'aide de son téléphone portable. Dans l'intervalle, Samantha tente de se remettre de sa blessure, en cherchant du réconfort auprès de Martin...

Le père Henry Stephens a disparu. Atteint d'une cirrhose du foie, il doit subir une greffe de toute urgence et l'équipe de Jack n'a que quelques heures pour le retrouver. L'enquête révèle que le prêtre vertueux trempait en fait dans de sombres affaires...

Whitney Ridder, une ravissante jeune femme qui semble avoir tout pour être heureuse, disparaît de la maison de son riche fiancé au milieu d'une réception. Mais derrière les apparences d'une réussite tant sentimentale que professionnelle, Jack et son équipe découvrent que Ridder était un escroc utilisant une fausse identité.

Jack et son équipe recherchent une brillante mais complexe violoniste russe de 14 ans, Natasha Tzetcovich, qui a disparu après les répétitions pour un important concert. Ils découvrent que Natasha éprouvait des crises de panique suscitées par la pression qu'exerçaient sur elle ses parents.

La nouvelle disparition à laquelle est confronté Jack lui rappelle une douloureuse affaire. Douze ans auparavant, il avait en effet pourchassé un serial killer, Randy Thorton, qui avait assassiné cinq femmes ! La nouvelle victime leur ressemble étrangement...

Jack et son équipe enquêtent sur la disparition d'un jeune adolescent, Ethan Sawyer, a priori sans histoire. Ils vont découvrir qu'il a en fait abandonné ses études après avoir surpris une partouze entre sa copine et des amis. Mais sa copine déclare avoir été violée...

Un jeune hispanique est enlevé dans une rue d'Harlem. Jack et son équipe sont stupéfaits que personne ne dépose d'avis de recherche. Après enquête, ils découvrent que le garçon, Nelson Rodriguez, était suivi par un pédophile du quartier et qu'il pourrait aussi tremper dans quelques affaires louches...

Jack et son équipe recherchent un pompier dévoué et respecté qui s'est récemment illustré en sauvant deux de ses coéquipiers d'un immeuble en flammes. Après cet acte de bravoure, Scott Marshall n'est pourtant jamais rentré à la caserne...

Une jeune neurochirurgienne de talent, Lianna Sardo, trente-neuf ans, disparaît un soir alors qu'elle faisait un jogging avec son mari, le Docteur Evan Mayhew. Selon lui, sa femme semblait extrêmement nerveuse depuis un mois. Il oriente l'équipe du FBI vers deux suspects : l'ex-ami de sa femme et un médecin contre qui elle a témoigné dans une affaire de malversation. En enquêtant sur la vie de la disparue, l'équipe du FBI va découvrir une personne que l'entourage de la victime ne semble pas reconnaître.

Luke Horton semble être un homme comblé par son mariage et le bébé que sa femme attend de lui. Mais un soir, il disparaît lors d'une réunion d'anciens élèves de son lycée. Jack et son équipe retrouvent des traces de son sang sur le lieu de sa disparition. Les agents du FBI découvrent également que le jeune homme fait l'objet d'une enquête pour irrégularités financières à son travail, et qu'il entretient une liaison avec son patron...

Un paparazzi de trente-huit ans, Brian Owen, disparaît alors qu'il était en train de traquer une star de basket-ball devant son hôtel. L'enquête révèle que le photographe en avait assez de son métier et souhaitait revenir à sa première passion : les photos de reportage. Selon un ex-confrère journaliste, il était sur un gros coup !

Un avocat de vingt six ans, Joe Gibbson, a disparu depuis dix heures. Selon son entourage, l'homme se sentait traqué par l'un de ses clients, Petersen, qu'il jugeait particulièrement dangereux. Par ailleurs, on retrouve dans ses papiers des informations ayant trait à une fillette prénommée Alice qu'il souhaite absolument sauver. Après recherches, il s'avère qu'Alice a été enlevée quelques années plus tôt. De plus Petersen n'existe pas... Selon la sœur de Joe Gibbson, le jeune homme est un schizophrène paranoïaque.

Un gourou, Will Sterling, adepte de la pensée positive, est enlevé alors qu'il se rendait à l'aéroport dans une voiture avec chauffeur. Très vite, sa femme avoue qu'il s'agit d'un faux enlèvement. Mais le présumé kidnappeur est retrouvé bâillonné et ligoté dans la cave de sa maison ! Et la victime reste introuvable. De plus, il s'avère que Will Sterling a volé l'identité d'un homme dans le coma pour mener à bien ses affaires...

Jesse Prince, une ex-flic devenue chasseur de primes, disparaît après s'être fait tirer dessus devant la maison d'un fugitif. Jack et son équipe pensent qu'elle est tombée dans un traquenard. Aussi cherchent-ils les suspects parmi les anciennes affaires dont s'est occupée la jeune femme. La découverte de sa voiture, criblée de balles et tachée de sang, perturbera particulièrement Jack qui se souvient avoir connue Jesse à l'époque où elle était flic...

Jack et son équipe sont à la recherche d'Eric Miller, un garçon de 12 ans qui a été vu pour la dernière fois dans les toilettes de son école. Son sang a été retrouvé sur le miroir, qui aurait été brisé au cours d'une bagarre. L'enquête démontre qu'Eric se désespérait de ne pas être intégré parmi une bande branchée... Ses camarades l'auraient blessé en guise de représailles.

Il y a quatre ans, disparaissait Jessica Raab. Les recherches que menaient Vivian pour identifier les empreintes retrouvées sur la porte de la jeune femme portent enfin leurs fruits : ce sont celles d'un fugitif qui a récemment attaqué une femme dans un motel. Vivian persuade Jack et toute l'équipe de reprendre l'enquête.

Le première classe, Kevin Grant, qui a fait la guerre en Irak a disparu depuis vingt-sept heures. Il venait d'être rapatrié après avoir été blessé à Tikkrit. Le jour de sa disparition une vidéo de surveillance le montre en train de braquer une banque.

Un homme au chômage disparaît en revenant de la banque où il devait faire des opérations pour le compte du salon de coiffure de son épouse. Danny est mêlé à la vie de son frère, prisonnier, et hésite à venir témoigner pour sa libération conditionnelle. Martin ne cesse de se remémorer l'affaire Reyes...

L'équipe recherche Julie Cochran, une jeune femme résidant à Manhattan, qui a disparu au petit matin. Les enquêteurs soupçonnent son petit ami avant de découvrir que celui-ci à un frère jumeau qui pourrait être lié à cette affaire.

Sam aide Martin à rechercher sa tante qui a disparu de chez elle. De son côté, Jack apprend que son père est atteint de la maladie d'Alzheimer et il décide d'essayer de faire la paix avec lui avant qu'il ne soit trop tard.

L'équipe recherche Mark Wilson, un père de famille qui disparaît alors qu'il essayait de prouver l'innocence de son fils, Ricky, un condamné à mort qui doit être exécuté dans deux jours. Les agents pensent qu'il s'est peut être suicidé en désespoir de cause, mais rapidement ils se demandent s'il n'avait pas raison au sujet de l'innocence de son fils...

Malone et son équipe recherchent Jim Cooper, un entraîneur de football qui a disparu après avoir été renvoyé à cause des résultats catastrophiques de la saison. De son côté, Jack apprend que sa femme vient de se voir offrir un poste très intéressant à Chicago.

Jack et son équipe enquêtent afin de déterminer si Serene Barnes n'aurait pas été enlevée, en 1991 à l'âge de trois ans, pour être adoptée par ses parents actuels. Par ailleurs, Jack annonce à tout le monde qu'il a décidé de suivre sa femme à Chicago.

Jack se prépare à déménager à Chicago. La disparition d'une mère et de ses deux enfants sera son ultime enquête. Ils montaient à bord d'un yacht quand ils ont été aperçus pour la dernière fois. Or, le bateau a été retrouvé flottant à la dérive avec, à bord, le capitaine... mort.