Jack et son équipe enquêtent sur la disparition d'une responsable marketing, Maggie Cartwright. Âgée de 28 ans, Maggie s'est évanouie dans la nature, laissant tout derrière elle. La dernière personne à l'avoir vue vivante est le portier de son immeuble...

Pour son anniversaire, Bob Feldman emmène son fils, Gabe, âgé de onze ans à un match de base-ball. Ils se rendent au Stadium en métro et pendant que Bob achète un billet, Gabe l'attend sur le quai. Mais lorsque le train arrive, la foule emporte l'enfant dans le wagon. Avant même que Bob l'ait atteint, les portes se referment. Gabe, loin de l'attendre à la station suivante, semble avoir disparu...

Emily et Duncan Muller regagnent leur voiture sur le parking d'un centre commercial lorsque ce dernier réalise qu'il a oublié sa carte de crédit dans le magasin. Il n'a pas fait trois pas pour aller la rechercher qu'il entend sa femme crier. Il se précipite et ne retrouve à l'endroit où était stationné leur 4x4 que les paquets qu'Emily portait. Des témoins affirment qu'un homme a forcé la jeune femme à monter dans la voiture avant de prendre le volant et de s'enfuir. Une heure plus tard, le service des personnes disparues est sur les lieux. Une femme qui a assisté à l'enlèvement dit avoir eu le sentiment qu'Emily connaissait son agresseur...

Tracy partage un appartement avec une autre jeune femme, Eve. Du fait de leurs emplois du temps respectifs, elles ne font que se croiser et se connaissent peu. Un matin, en partant à son travail, Tracy interpelle Eve à travers la porte de sa chambre et lui demande de remettre de l'ordre. Mais à son retour, rien n'a changé. La jeune femme ne trouve qu'une valise déjà faite, comme si sa colocataire était sur le départ. Et le chat n'a visiblement pas été nourri depuis des jours. C'est ce détail qui incite Tracy à prévenir l'équipe de Jack. Les enquêteurs s'aperçoivent que la jolie Eve, qui voulait devenir mannequin, n'a pas utilisé son téléphone portable depuis une semaine...

Dans le parc du pensionnat Spalding, des collégiens boivent de la bière et fument. Andy Deaver, 17 ans, participe timidement à cette petite fête à laquelle l'arrivée intempestive du proviseur met fin. Ce même soir, Andy appelle ses parents avant de quitter l'internat. Mais il n'arrivera jamais chez lui. Sa voiture est découverte sur une route, un pneu crevé. Malone éprouve d'emblée quelque défiance envers le proviseur, Graham Spalding. Cet ancien vétérinaire, divorcé sans enfants, a succédé à son père qui avait créé l'Académie Spalding. Il est mis sous surveillance. L'équipe apprend bientôt qu'il avait déposé une demande de permis pour construire une pièce attenante à sa maison. Là, Taylor découvre en sous-sol un laboratoire photo : les tirages sont des portraits d'élèves et des images pédophiles. Mais le juge refuse d'intervenir car l'équipe n'avait pas de mandat de perquisition...

Patrick Kent, le gendre d'un riche financier new-yorkais dont il est le bras droit, se rend régulièrement à San Diego. Il dispose d'une voiture sur place et arrive toujours à la dernière minute à l'aéroport. Mais cette fois, seules ses valises sont montées dans l'avion. L'homme s'est volatilisé peu après avoir acheté un journal. Alertés dès le lendemain par le beau-père du disparu, Jack et son équipe commencent leur enquête : les bagages sont vides et la voiture de fonction n'est plus là. De même, personne ne reconnaît être l'auteur de l'appel passé depuis le siège de l'entreprise et reçu par Kent peu avant l'embarquement...

Deux nourrices discutent sur un banc dans un parc, tout en surveillant Abby et Jessie, les petites filles dont elles ont la charge. L'arrivée d'une de leurs amies distrait un instant leur attention. Abby, trois ans, disparaît. Sa mère est le procureur Angela Buckman, connue de Jack. Du fait de son métier, elle a déjà reçu des menaces, notamment du frère d'un condamné, huit jours avant l'enlèvement. Mais d'autres pistes apparaissent. Le visa de Rosa, la nourrice dévouée, venait d'expirer. Et une ancienne maîtresse de Matthew, le père d'Abby, l'avait recontacté récemment. C'est alors qu'un homme demande une rançon de 150 000 dollars...

William, un jeune homme sans histoires, travaille dans un fast-food du Bronx pour payer ses études et aider sa petit sœur Tasha, placée dans un foyer spécialisé à cause de son comportement instable. Un soir, alors que son patron le laisse partir plus tôt pour qu'il puisse préparer ses examens, William disparaît. Quelques heures plus tôt, il avait eu une altercation avec un jeune du quartier. Élève studieux mais anxieux, William semblait pourtant être heureux avec sa famille adoptive. Très vite, l'équipe de Jack Malone découvre un sac rempli de billets de banque dans la chambre de Tasha...

Le Dr Samir Anwar a quitté l'hôpital au cours d'une garde, et n'a pas réapparu depuis. En troisième année d'internat, il était très apprécié par les patients et ses supérieurs. Ses origines saoudiennes éveillent les soupçons des enquêteurs qui envisagent, d'emblée, la piste terroriste. Selon un témoignage, Samir a eu, le jour de sa disparition, une altercation avec son médecin-chef, qui lui refusait une lettre de recommandation pour le Centre d’épistémologie. De plus, quatre fioles contenant un virus mortel ont été dérobées durant l'un de ses stages, dans un laboratoire de biotechnologie. Serait-il un agent dormant ? L'équipe de Jack examine sa vie privée. Excepté sa petite amie américaine, il n'a aucun lien dans le pays. Mais la caméra d'un distributeur de billets l'a filmé en compagnie d'un homme, récemment renvoyé de l'hôpital pour vol...

Dans un joli quartier de la banlieue new-yorkaise, Greg Prichard et sa fille de 6 ans, Kyla, montent en voiture sous le regard de Sarah, la maman. Une journée qui commence comme les autres. Mais quelques heures plus tard, ni Greg ni Kyla ne sont arrivés à destination : sa teinturerie pour le père, l'école pour l'enfant. Sarah contacte le Service des personnes disparues. Très vite, une employée de Greg écorne l'image de la famille unie : son patron avait une maîtresse, affirme-t-elle. Plus troublant, Jack et son équipe découvrent qu'il n'a jamais rempli de déclaration d'impôts avant 1990, date à laquelle son numéro de sécurité sociale a été créé...

Collégienne âgée de 13 ans, Annie Miller coule des jours heureux à Ravenwood, une bourgade de Long Island. Passionnée de vidéo, elle s'amuse à réaliser, avec sa meilleure amie Siobhan, des mini-reportages sur leurs émois d'adolescentes... Ce matin-là, Annie, très en retard, rate le bus scolaire. Depuis lors, la jeune fille est introuvable. Les policiers découvrent, six pâtés de maisons plus loin, son caméscope abandonné sur le bitume... En quête d'indices, Samantha visionne, sans relâche, les vidéos tournées par les deux amies. Elle découvre ainsi qu'Annie ne quittait pas d'une semelle son parrain, Derek...

Le 3 juillet 1996. La famille Collins campe dans un parc. Chet Collins laisse son fils de deux ans seul un instant, pour aller embrasser sa femme et sa fille qui dorment sous une autre tente. A son retour, l'enfant a disparu... Six ans plus tard, le FBI n'a toujours aucune piste mais Jack Malone est resté en contact avec le père qui poursuit inlassablement ses recherches. Or depuis une semaine, celui-ci semble s'être volatilisé. Il a manqué le jour de visite à sa fille et c'est son épouse, dont il vit séparé, qui a donné l'alerte. Aux dires de ses proches, Collins était un homme brisé et dépressif. L'équipe apprend qu'il a été renvoyé de son travail et s'est procuré une arme. Criblé de dettes, il a pourtant engagé un détective privé. Les informations fournies par ce dernier permettent de centrer les recherches sur un inconnu accompagné d'un chien, qui aurait déjà tenté d'attirer de jeunes enfants dans les bois...

Linda Schmitt, hôtesse de l'air, prépare sa valise en pleurant. 'Les hommes ne sont pas toujours ceux qu'on croit', dit-elle à sa colocataire. Et elle promet d'expliquer son chagrin à son retour. Pour l'heure, elle doit partir travailler... Le surlendemain, la police trouve sa voiture abandonnée très loin de l'aéroport. Le siège est tâché de sang et il y a un collant noué à l'arrière. Les enquêteurs découvrent que Linda était une ancienne alcoolique et qu'elle fréquentait les sites internet de rencontres. Sa mère parle d'une récente liaison qui la rendait très heureuse...

Jack Malone et son équipe enquêtent sur une jeune mariée, Audrey Rose, qui a disparu le jour de son mariage avec Charlie Beckworth, alors que 200 personnes assistaient au dîner. Une de ses chaussures est retrouvée dans les locaux de service. Un employé a vu un homme pousser Audrey dans sa voiture garée devant la sortie de derrière. Et peu avant la cérémonie, son "futur" mari lui avait rendu visite car il la trouvait très stressée...

Dans un hôpital psychiatrique, Claire Metcalf est enfermée par un aide-soignant dans une chambre d'isolement. Mais lorsqu'il revient la chercher, elle ne s'y trouve plus. Jack et son équipe sont chargés de retrouver la jeune fille. Au cours de leur enquête, ils recoupent des informations contradictoires sur son état de santé mental. Son copain et un infirmier affirment même qu'elle n'a strictement rien...

John 'Bull' Carver, lieutenant-colonel dans l'armée américaine est obligé de prendre sa retraite après 34 ans de services. Pour l'occasion, ses camarades de régiment organisent un dîner en son honneur. Mais à la fin de la soirée, il disparaît, peu après avoir donné un mystérieux coup de téléphone. Très vite, l'équipe de Jack découvre que l'ex-officier avait eu une altercation avec Sykes, un ancien camarade de la guerre du Vietnam. Or, ce dernier se tire une balle dans la tête pratiquement sous les yeux de Samantha et Danny venus lui rendre visite...

Journaliste à Canal 6 Infos, Delia Rivers enquête sur les malversations de Freddy Cattan, un patron véreux de boîte de nuit lié à la mafia. Grâce à l'une de ses sources, elle découvre que le malfrat est impliqué dans un homicide : le reportage fait l'effet d'une bombe ! Après la diffusion du sujet, Delia tente de joindre son ami Jack Malone à qui elle désire demander un conseil professionnel. Puis, elle salue sa productrice et s'engouffre dans l'ascenseur de la rédaction. Delia est, depuis lors, introuvable... Jack et son équipe se saisissent de l'affaire. Tandis que Samantha traque le mystérieux informateur, Jack découvre que la disparue planchait sur un sujet très polémique relatif à la peine de mort...

Professeur idéaliste, Josh Abrams enseigne les sciences dans un lycée du Bronx. Ce fougueux trentenaire a tissé avec ses élèves des relations très étroites... Un soir, Josh, la mine inquiète, quitte précipitamment l'établissement. Il ne s'y présentera pas le lendemain... Chargé d'élucider cette disparition, Martin interroge les étudiants du professeur. Une jeune fille lui confie que Josh s'était disputé, deux jours plus tôt, avec Neils Williams, un petit revendeur de drogue. Il lui avait confisqué ses sachets et arraché le nom de son fournisseur... De son côté, Jack découvre que Josh, fondateur d'un site internet renommé, est à la tête d'une fortune colossale...

Dante Jones est un jeune boxeur à l'avenir très prometteur. Quelques minutes avant un combat important, son entraîneur sort du vestiaire : il ne le reverra plus jamais. Chargé de retrouver le boxeur disparu, l'équipe du FBI découvre que son frère, Andre, avait parié sur l'issue du combat. Quelques instants plus tard, Andre est retrouvé assassiné...

Graham Spalding, un proviseur de lycée, est accusé d'avoir abusé sexuellement d'Andy Deaver, l'un de ses étudiants. Jack Malone et Martin Fitzgerald, qui contribuèrent à son arrestation, assistent à son procès... Pendant ce temps, au siège du FBI, Vivian apprend que le corps d'une jeune femme, vêtue d'un sweat-shirt rouge des New-York Giants, vient d'être découvert à quelques kilomètres de Manhattan. Il s'agit peut-être de Carry Wilkins, disparue cinq mois plus tôt... Jason Farell, un représentant de l'Office de responsabilité professionnelle, débarque dans les locaux. Il informe les inspecteurs que Washington vient d'ouvrir une enquête sur l'affaire Samir Anwar...

Sydney Harrison traverse le hall de l'immeuble où elle travaille. Elle discute un instant avec un collègue, puis monte dans l'ascenseur. Là, un homme appuie sur le bouton pour descendre au sous-sol et rabat soudainement sa cagoule sur son visage... Une demande de rançon est faite par émail. Jack Malone et son équipe ouvrent l'enquête. L'assistante de Sydney doit apporter l'argent dans une librairie, alors que Samantha est déjà sur les lieux...

Samantha est toujours dans la librairie. En essayant de s'interposer entre Mashburn et l'otage, elle a pris une balle dans la cuisse. Elle est alors contrainte de dire à Mashburn qu'elle est un agent du FBI. Elle perd énormément de sang, mais Mashburn refuse de la laisser sortir et demande qu'un médecin vienne. Jack va alors parler à Barry devant la librairie et lui propose de prendre la place de Samantha...