L'histoire se passe une vingtaine d'années après les aventures de SG-1. La nouvelle équipe est composée du Major Gus Bonner, de sa nièce Stacey experte en arts martiaux, d'Ec'co mécanicien hors pair, de Seattle une jeune indienne qui peut lire dans les pensées et de l'inexpérimenté RJ Harrison, aussi indiscipliné que courageux.

Face à une nouvelle race agressive, quatre recrues et un vétéran du SGC sont accusés de trahison et voient leur code pour rentrer sur Terre annulé. Or, ils découvrent une étrange créature qui pourrait bien être un Ancien. Ils voyagent donc de planètes en planètes, espérant trouver un moyen de rentrer chez eux tout en évitant leurs ennemis qui, eux aussi, sont intéressés par la créature.